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- PDB-6g5m: The structure of thiocyanate dehydrogenase from Thioalkalivibrio ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g5m
タイトルThe structure of thiocyanate dehydrogenase from Thioalkalivibrio paradoxus complex with CU(I) ions.
要素thiocyanate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / THIOCYANATE DEHYDROGENASE / COPPER CENTERS
機能・相同性Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / metal ion binding / COPPER (II) ION / Twin-arginine translocation signal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Thioalkalivibrio paradoxus ARh 1 (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Polyakov, K.M. / Tsallagov, S.I. / Tikhkonova, T.V. / Popov, V.O.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science FoundationGrant 14-24-00172 ロシア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of thiocyanate dehydrogenase from Thioalkalivibrio paradoxus complex with CU(I) ions.
著者: Polyakov, K.M. / Tsallagov, S.I. / Tikhkonova, T.V. / Popov, V.O.
履歴
登録2018年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: thiocyanate dehydrogenase
B: thiocyanate dehydrogenase
C: thiocyanate dehydrogenase
D: thiocyanate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,81933
ポリマ－206,9774
非ポリマー1,84329
水16,430912
1
A: thiocyanate dehydrogenase
D: thiocyanate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,44217
ポリマ－103,4882
非ポリマー95315
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7300 Å2
ΔGint-210 kcal/mol
Surface area28220 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16150 Å2
ΔGint-402 kcal/mol
Surface area54750 Å2
手法PISA
3
B: thiocyanate dehydrogenase
C: thiocyanate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,37816
ポリマ－103,4882
非ポリマー89014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6970 Å2
ΔGint-187 kcal/mol
Surface area28410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.640, 162.370, 90.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
thiocyanate dehydrogenase


分子量: 51744.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thioalkalivibrio paradoxus ARh 1 (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: W0DP94
#2: 化合物...
ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 912 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.1 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PROTEIN SOLUTION: 10 MG/ML PROTEIN, 25 MM BORATE BUFFER (PH 9.5) Reservoir solution: 0.2 sodium malonate pH 6.0, 20% w/v PEG 3350. Prior to data collection crystal additionally treated by a ...詳細: PROTEIN SOLUTION: 10 MG/ML PROTEIN, 25 MM BORATE BUFFER (PH 9.5) Reservoir solution: 0.2 sodium malonate pH 6.0, 20% w/v PEG 3350. Prior to data collection crystal additionally treated by a mixture of 0.2 mM Cu(2+) and 5 mM ascorbate to increase copper incorporation.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.474
11L, -K, H20.526
反射解像度: 2.31→45.58 Å / Num. obs: 95620 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 2.53 % / CC1/2: 0.993 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 9.34
反射 シェル解像度: 2.31→2.45 Å / 冗長度: 2.32 % / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / Num. unique obs: 14701 / CC1/2: 0.741 / Rrim(I) all: 0.548 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5f30

5f30
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.31→45.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 4.426 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.043
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20622 4591 4.8 %RANDOM
Rwork0.1323 ---
obs0.13591 91028 95.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 37.564 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.73 Å2-0 Å2-0.71 Å2
2--18.54 Å20 Å2
3----8.81 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.31→45.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14516 0 29 912 15457
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.01914999
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1451.94220426
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.80551858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.95524.496665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.016152353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1381567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.22215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02111527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3993.7217452
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7275.5649304
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8328.7347547
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined24270
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded19.812515
LS精密化 シェル解像度: 2.309→2.369 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 307 -
Rwork0.198 6249 -
obs--89.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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