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- PDB-6sji: The structure of thiocyanate dehydrogenase from Thioalkalivibrio ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sji
タイトルThe structure of thiocyanate dehydrogenase from Thioalkalivibrio paradoxus mutant with His 482 replaced by Gln
要素thiocyanate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / THIOCYANATE DEHYDROGENASE / COPPER CENTERS
機能・相同性Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / metal ion binding / COPPER (II) ION / Twin-arginine translocation signal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Thioalkalivibrio paradoxus ARh 1 (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Polyakov, K.M. / Tikhonova, T.V. / Rakitina, T.V. / Osipov, E. / Popov, V.O.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Trinuclear copper biocatalytic center forms an active site of thiocyanate dehydrogenase.
著者: Tikhonova, T.V. / Sorokin, D.Y. / Hagen, W.R. / Khrenova, M.G. / Muyzer, G. / Rakitina, T.V. / Shabalin, I.G. / Trofimov, A.A. / Tsallagov, S.I. / Popov, V.O.
履歴
登録2019年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: thiocyanate dehydrogenase
B: thiocyanate dehydrogenase
J: thiocyanate dehydrogenase
K: thiocyanate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,70616
ポリマ－207,8464
非ポリマー86012
水21,3121183
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13960 Å2
ΔGint-211 kcal/mol
Surface area55740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.080, 160.410, 90.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.114, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
thiocyanate dehydrogenase


分子量: 51961.461 Da / 分子数: 4 / 変異: Q482H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thioalkalivibrio paradoxus ARh 1 (紅色硫黄細菌)
遺伝子: THITH_13335 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: W0DP94
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.45 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.17M Ammonium acetate, 0.085 M Sodium cacjdilate pH 6.5, 25.5 % v/v Polyatilen glycol 8000, 15% v/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.968623 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→90 Å / Num. obs: 176251 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.987 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 6.63
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.57 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 13136 / CC1/2: 0.824 / Rrim(I) all: 0.456 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158 2016/10/03精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OEX

5oex


解像度: 1.8→89.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 3.105 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.113 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1984 8761 -
Rwork0.1591 --
all0.161 --
obs-176251 96.253 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 23.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.112 Å20 Å2-1.128 Å2
2--0.176 Å20 Å2
3---0.032 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→89.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14585 0 24 1183 15792
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.01915094
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9371.94320558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.44751869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.67224.54674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.884152371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7391570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.22236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02111606
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.213902
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.220452
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1190.22420
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2530.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1390.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8972.187482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5383.2599346
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.01147.917611
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3363.53911211
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.39431.58323540
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded16.62959
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.8-1.8470.2726690.23125471351297.80940.229
1.847-1.8970.2366190.205122591317397.76060.208
1.897-1.9520.2346100.19118631278697.5520.192
1.952-2.0120.2315890.172116361248497.92530.174
2.012-2.0780.2196070.173111491203197.71420.176
2.078-2.1510.2095830.17106961168496.53370.171
2.151-2.2320.2315420.169103431122596.9710.166
2.232-2.3230.2365200.172100111087896.81010.167
2.323-2.4270.235000.17195711041896.66920.16
2.427-2.5450.2354690.1679128992596.69520.156
2.545-2.6830.2084170.178693944396.47360.158
2.683-2.8450.2044640.1648108896195.6590.152
2.845-3.0410.2213780.1697688843095.68210.164
3.041-3.2850.1973790.1577059782595.05430.159
3.285-3.5980.1723390.1416435719894.10950.15
3.598-4.0220.1613120.1335816653793.74330.147
4.022-4.6420.1412630.1175142579693.2540.131
4.642-5.6820.1442180.1334294487292.61080.151
5.682-8.0190.1841810.1573262380790.43870.17
8.019-89.970.1661020.1611790212888.90980.181

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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