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- PDB-6mpa: Crystal structure of BlMan5B in complex with GlcNAc (soaking) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mpa
タイトルCrystal structure of BlMan5B in complex with GlcNAc (soaking)
要素BlMan5B
キーワードHYDROLASE / Family GH5 / subfamily 18 / beta-mannosidase
機能・相同性Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / CITRATE ANION / Glycosyl hydrolase
機能・相同性情報
生物種Bifidobacterium longum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lorizolla-Cordeiro, R. / Giuseppe, P.O. / Murakami, M.T.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2015/26982-0 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2016/00740-2 ブラジル
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2019
タイトル: N-glycan Utilization by Bifidobacterium Gut Symbionts Involves a Specialist beta-Mannosidase.
著者: Cordeiro, R.L. / Pirolla, R.A.S. / Persinoti, G.F. / Gozzo, F.C. / de Giuseppe, P.O. / Murakami, M.T.
履歴
登録2018年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BlMan5B
B: BlMan5B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,7384
ポリマ－99,3272
非ポリマー4102
水11,079615
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area28200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.893, 101.378, 173.003
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid -1 through 22 or resid 24...
21(chain B and (resid -1 through 22 or resid 24...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERTRPTRP(chain A and (resid -1 through 22 or resid 24...AA-1 - 2219 - 42
12VALVALVALVAL(chain A and (resid -1 through 22 or resid 24...AA24 - 6444 - 84
13METMETSERSER(chain A and (resid -1 through 22 or resid 24...AA67 - 12787 - 147
14LYSLYSPROPRO(chain A and (resid -1 through 22 or resid 24...AA130 - 271150 - 291
15PHEPHEARGARG(chain A and (resid -1 through 22 or resid 24...AA273 - 336293 - 356
16THRTHRALAALA(chain A and (resid -1 through 22 or resid 24...AA338 - 346358 - 366
17VALVALLEULEU(chain A and (resid -1 through 22 or resid 24...AA348 - 358368 - 378
18ARGARGGLUGLU(chain A and (resid -1 through 22 or resid 24...AA360 - 406380 - 426
19VALVALASPASP(chain A and (resid -1 through 22 or resid 24...AA408 - 421428 - 441
21SERSERTRPTRP(chain B and (resid -1 through 22 or resid 24...BB-1 - 2219 - 42
22VALVALVALVAL(chain B and (resid -1 through 22 or resid 24...BB24 - 6444 - 84
23METMETSERSER(chain B and (resid -1 through 22 or resid 24...BB67 - 12787 - 147
24LYSLYSPROPRO(chain B and (resid -1 through 22 or resid 24...BB130 - 271150 - 291
25PHEPHEARGARG(chain B and (resid -1 through 22 or resid 24...BB273 - 336293 - 356
26THRTHRALAALA(chain B and (resid -1 through 22 or resid 24...BB338 - 346358 - 366
27VALVALLEULEU(chain B and (resid -1 through 22 or resid 24...BB348 - 358368 - 378
28ARGARGGLUGLU(chain B and (resid -1 through 22 or resid 24...BB360 - 406380 - 426
29VALVALASPASP(chain B and (resid -1 through 22 or resid 24...BB408 - 421428 - 441

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要素

#1: タンパク質 BlMan5B


分子量: 49663.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium longum (strain DJO10A) (バクテリア)
株: DJO10A / 遺伝子: BLD_0195 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B3DQP5
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 615 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.06 %
結晶化温度: 273.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM sodium citrate pH 4.5 and 12-16% PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→43.733 Å / Num. obs: 97455 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.394 % / Biso Wilson estimate: 29.64 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rrim(I) all: 0.135 / Χ2: 1.083 / Net I/σ(I): 11.13
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.9-2.016.1321.6071.08155290.5371.75799.7
2.01-2.156.3840.8562.07146560.750.932100
2.15-2.336.1460.543.19136960.8750.59100
2.33-2.556.7510.355.23125970.9480.379100
2.55-2.856.610.2098.48114380.9830.227100
2.85-3.296.1780.10915.14101610.9950.119100
3.29-4.026.8460.05729.7486490.9980.061100
4.02-5.676.1920.04336.4567930.9990.047100
5.67-43.7336.4820.03543.9239360.9990.03899.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→43.733 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2021 4830 4.96 %
Rwork0.1777 --
obs0.1789 97434 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 82.69 Å2 / Biso mean: 34.2081 Å2 / Biso min: 17.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→43.733 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6669 0 28 615 7312
Biso mean--49.39 41.6 -
残基数----854
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3789X-RAY DIFFRACTION7.912TORSIONAL
12B3789X-RAY DIFFRACTION7.912TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8999-1.92150.38311420.3263058320099
1.9215-1.94410.33871390.326730693208100
1.9441-1.96780.36691320.314530543186100
1.9678-1.99270.29511570.28230653222100
1.9927-2.01890.29061720.262530183190100
2.0189-2.04660.29641770.245330413218100
2.0466-2.07580.27031630.241430523215100
2.0758-2.10680.22231690.228430483217100
2.1068-2.13970.27631350.230130503185100
2.1397-2.17480.23581530.22630823235100
2.1748-2.21230.24891530.222330843237100
2.2123-2.25250.26371390.215630843223100
2.2525-2.29590.23141680.196830323200100
2.2959-2.34270.24221620.184230743236100
2.3427-2.39370.22431620.177730643226100
2.3937-2.44930.20751610.17830663227100
2.4493-2.51060.20871600.181631013261100
2.5106-2.57850.21751660.182730523218100
2.5785-2.65430.20691910.174630483239100
2.6543-2.740.21121710.170930873258100
2.74-2.83790.22281470.184530863233100
2.8379-2.95150.22671770.182930743251100
2.9515-3.08580.21671700.182631013271100
3.0858-3.24840.19971660.173930883254100
3.2484-3.45190.18421980.172330693267100
3.4519-3.71830.17661720.153831303302100
3.7183-4.09220.15381750.135331203295100
4.0922-4.68380.13181620.120531593321100
4.6838-5.89880.15081430.14932093352100
5.8988-43.7450.19591480.17143339348799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3768-0.3202-0.21520.70680.13360.9950.01570.04290.09220.03610.01930.1134-0.1286-0.1201-0.03620.2128-0.00250.01720.16820.02970.1946-19.78248.568-25.896
21.47170.04950.1511.5176-0.25561.33480.0492-0.1231-0.1060.2623-0.0538-0.27970.04430.19410.01120.2265-0.0105-0.03450.186-0.00630.207112.48715.777-20.471
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 19:421 )A19 - 421
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 19:429 )B19 - 429

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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