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Yorodumi- PDB-6elu: Structure of Serum Resistance Associated protein from T. b. rhode... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6elu | ||||||
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Title | Structure of Serum Resistance Associated protein from T. b. rhodesiense | ||||||
Components |
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Keywords | ANTITOXIN / Tryanosome / innate immune evasion / sleeping sickness / apolipoprotein LI / SRA / trypanolytic factor. | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Trypanosoma brucei rhodesiense (eukaryote) Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Zoll, S. / Higgins, M.K. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Nat Microbiol / Year: 2018 Title: The structure of serum resistance-associated protein and its implications for human African trypanosomiasis. Authors: Zoll, S. / Lane-Serff, H. / Mehmood, S. / Schneider, J. / Robinson, C.V. / Carrington, M. / Higgins, M.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6elu.cif.gz | 936.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6elu.ent.gz | 780.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6elu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6elu_validation.pdf.gz | 517 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6elu_full_validation.pdf.gz | 556.2 KB | Display | |
Data in XML | 6elu_validation.xml.gz | 88.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6elu_validation.cif.gz | 124.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/6elu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/6elu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24399.113 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma brucei rhodesiense (eukaryote) Gene: SRA / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): T7 shuffle / References: UniProt: Q8T309 #2: Antibody | Mass: 24693.635 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Mus musculus (house mouse) #3: Antibody | Mass: 23944.270 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Mus musculus (house mouse) #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.1 Å3/Da / Density % sol: 60.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 20 mM sodium formate, 20 mM ammonium acetate, 20 mM sodium citrate tribasic dehydrate, 20 mM sodium potassium tartrate tetrahydrate, 20 mM sodium oxamate, 100 mM tris(base)/Bicine pH 8.5, ...Details: 20 mM sodium formate, 20 mM ammonium acetate, 20 mM sodium citrate tribasic dehydrate, 20 mM sodium potassium tartrate tetrahydrate, 20 mM sodium oxamate, 100 mM tris(base)/Bicine pH 8.5, 20% (v/v) PEG 500 MME, 10 % (w/v) PEG 20,000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.97625 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 7, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→48.431 Å / Num. obs: 310049 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 3.4 % / Net I/σ(I): 9.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3→48.431 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / Phase error: 23.66
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→48.431 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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