PDB-4i3h: A three-gate structure of topoisomerase IV from Streptococcus pne...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i3h

タイトル

A three-gate structure of topoisomerase IV from Streptococcus pneumoniae

要素

DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*AP*CP*GP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*GP*CP*CP*TP*TP*TP*G)-3')
Topoisomerase IV subunit B, DNA topoisomerase 4 subunit A chimera

キーワード

ISOMERASE/DNA / DNA unwinding /

supercoiling (DNA超らせん) / ISOMERASE-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity /

DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) /

extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change /

chromosome segregation /

染色体 /

DNA binding /

ATP binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.7 Å

データ登録者

Laponogov, I. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Crevel, I. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Structure of an 'open' clamp type II topoisomerase-DNA complex provides a mechanism for DNA capture and transport.
著者: Laponogov, I. / Veselkov, D.A. / Crevel, I.M. / Pan, X.S. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.

履歴

登録	2012年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月4日	Group: Database references
改定 1.2	2013年12月4日	Group: Database references
改定 1.3	2017年7月26日	Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / software / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i3h.cif.gz	864.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i3h.ent.gz	696.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i3h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/4i3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/4i3h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4juoC 1ei1S 3raeS 2nov 3foe 3fof 3k9f 3ksa 3ksb 3ltn 3rad 3raf 4gfh S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4h09-d 7chd-d 21722 5gzn-d 6elu-d 6mmn-d 6pe9-d 21663 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (3) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (20) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1) #84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (7) #8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #160 - 2013年4月アクチノマイシン (Actinomycin) 類似性 (1) #125 - 2010年5月パルボウイルス (Parvoviruses) 類似性 (1) #119 - 2009年11月人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (3)
#91 - 2007年7月
チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (20)
#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#180 - 2014年12月
TALエフェクター (TAL Effectors)
類似性 (1)
#84 - 2006年12月
トランスポザーゼ (Transposase)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#135 - 2011年3月
インテグラーゼ (Integrase)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#40 - 2003年4月
RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
類似性 (1)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#3 - 2000年3月
DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (1)
#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
類似性 (7)
#8 - 2000年8月
制限酵素 (Restriction Enzymes)
類似性 (1)
#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)
#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#23 - 2001年11月
DNA (DNA)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)
#160 - 2013年4月
アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)
#125 - 2010年5月
パルボウイルス (Parvoviruses)
類似性 (1)
#119 - 2009年11月
人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

E: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*AP*CP*GP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*G)-3')

F: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*GP*CP*CP*TP*TP*TP*G)-3')

A: Topoisomerase IV subunit B, DNA topoisomerase 4 subunit A chimera

B: Topoisomerase IV subunit B, DNA topoisomerase 4 subunit A chimera

G: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*AP*CP*GP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*G)-3')

H: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*GP*CP*CP*TP*TP*TP*G)-3')

ヘテロ分子

299 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.600, 160.600, 280.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

詳細

Asymmetric unit consists of one biological dimer formed by two chains: A and B

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPAPAPAPGPGPCPGPGPTPAPAPTPAPCPGPGPTPTPAPTPCPCPAPCPAPGPAPAPTPCPAPGPG)-3') 分子量: 10525.804 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: V-site DNA
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(CPCPTPGPAPTPTPCPTPGPTPGPGPAPTPAPAPCPCPGPTPAPTPTPAPCPCPGPCPCPTPTPTPG)-3') 分子量: 10391.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: V-site DNA
#3: タンパク質	Topoisomerase IV subunit B, DNA topoisomerase 4 subunit A chimera / 分子量: 128323.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: TIGR4 / 遺伝子: parE, parC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q3HZ71, UniProt: D6ZLV0, UniProt: Q59961*PLUS, EC: 5.99.1.-, EC: 5.99.1.3
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.34 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 4% isopropanol, 50 mM sodium citrate, 600 nL + 400 nL (protein + precipitant) drop ratio, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月23日
放射	モノクロメーター: Single bounce monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.7→72.19 Å / Num. all: 39884 / Num. obs: 39884 / % possible obs: 99.75 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 12.11 % / R_merge(I) obs: 0.124 / R_sym value: 0.124 / Net I/σ(I): 3.1256
反射シェル	解像度: 3.7→3.9 Å / 冗長度: 11.46 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.71 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
GDE		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3RAE,1EI1

3rae

1ei1

解像度: 3.7→71.823 Å / SU ML: 0.87 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.92 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The second DNA dimer (chains E&F) has two alternative orientations related by crystallographic symmetry.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2485	2006	5.04 %
R_work	0.1855	-	-
obs	0.1886	39825	99.69 %
all	-	39884	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 66.569 Å² / k_sol: 0.262 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.8718 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	7.8718 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-12.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.7→71.823 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14849	1374	3	2	16228

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	16631
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.396	22931
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.903	5783
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	2700
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2783

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.7-3.7925	0.242	149	0.1818	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7925-3.8951	0.2446	139	0.1791	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8951-4.0097	0.238	154	0.168	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0097-4.1391	0.2386	129	0.1635	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1391-4.287	0.2329	135	0.1559	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
4.287-4.4586	0.2442	153	0.1468	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4586-4.6615	0.1923	127	0.1398	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6615-4.9072	0.2478	149	0.1468	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9072-5.2146	0.2114	138	0.164	2642	X-RAY DIFFRACTION	98
5.2146-5.6171	0.269	154	0.1773	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6171-6.1821	0.2628	134	0.1972	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1821-7.0759	0.2841	147	0.1957	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0759-8.9123	0.2452	147	0.1823	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
8.9123-71.8361	0.2729	151	0.255	2894	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9102	-0.8765	-3.3698	1.3593	2.6984	8.6472	0.1163	-0.5997	0.2249	0.1219	-0.0393	-0.1923	-0.5814	0.301	-0.0136	0.3896	-0.0099	-0.3258	0.5482	0.1088	0.3939	72.2768	-48.8049	71.2692
2	1.2187	0.5818	0.7505	0.4461	0.2775	1.6576	-0.0587	-0.2279	0.1932	0.1034	-0.3249	0.0425	-0.5638	0.107	0.0701	0.9625	-0.3042	-0.2003	1.1693	-0.2711	0.3211	59.4517	-36.0013	94.8546
3	0.4189	-0.891	0.5872	5.3937	-1.6658	0.8717	-0.3092	-0.8475	0.1151	0.2555	0.3342	0.4664	-0.1033	-0.5034	-0.0533	0.27	0.0859	-0.0245	0.7017	0.3307	0.6492	67.6939	-38.0276	39.2041
4	0.2655	0.3311	-0.314	0.4743	-0.2511	0.6794	0.2139	0.0161	0.5123	-0.0989	0.0602	-0.3441	-0.2743	0.0441	-0.1101	0.2241	0.0324	0.1823	0.3329	0.2406	0.6368	70.8759	-21.5395	30.0523
5	2.5508	-0.2356	1.0229	2.3126	0.088	2.0103	-0.0428	-0.3194	0.0409	-0.2095	-0.3301	0.6463	-0.2484	-0.6105	0.2535	0.3444	0.2303	-0.1666	0.5201	-0.0501	0.4438	55.4384	-49.5329	50.0803
6	7.1572	-1.3092	-5.6334	1.1515	1.261	4.4885	-0.1283	-1.3294	-0.5002	0.3655	0.1849	0.3998	0.4213	0.2875	-0.1178	0.7361	-0.0063	-0.3472	0.74	0.1965	0.5921	71.33	-53.3323	83.9828
7	1.1841	1.1728	0.3557	3.2201	1.0561	2.4764	-0.2508	0.2645	-0.375	-0.0305	0.2331	0.1792	-0.0477	-0.1302	0.0183	0.4789	0.2377	-0.1388	0.636	-0.1681	0.7149	55.5355	-73.9764	22.8384
8	2.6131	0.093	1.3303	1.5858	1.32	3.078	-0.0209	-0.0332	-0.4354	0.0902	-0.1504	0.1353	-0.176	-0.1036	-0.2043	0.2288	0.0745	-0.1435	0.5304	0.2565	0.4655	72.6902	-64.7462	57.3981
9	1.7732	-0.6639	-0.2853	1.3284	-0.3317	0.8369	0.1647	0.3367	-0.2769	-0.226	-0.3509	-0.3602	0.2177	0.4326	0.1413	0.2154	0.3052	-0.2439	0.5617	-0.0682	0.5932	74.5495	-59.8597	41.579
10	3.0076	-0.7007	3.9513	0.859	-1.1287	6.444	-0.0694	-0.9055	-0.4941	0.4636	0.3446	0.1956	0.257	-0.2037	-0.2015	0.561	0.1547	0.2383	0.7117	0.0173	0.4415	24.1503	-30.484	77.2729
11	0.3977	0.0729	-0.1429	1.1759	-0.354	2.2339	-0.0154	-0.111	-0.0332	0.1722	-0.2632	-0.024	0.187	-0.1483	-0.1303	0.9842	-0.2707	-0.128	1.4926	0.2274	0.2637	43.1466	-41.8588	97.2901
12	3.6904	0.1427	-2.9773	6.8762	0.6588	3.1906	-0.0514	-0.1992	-0.7716	-0.1428	0.0723	-1.1255	0.1656	1.0142	-0.0212	0.3176	0.0007	0.1167	0.6448	-0.1882	0.7951	19.7416	-44.0244	45.5645
13	0.3294	0.9598	0.326	3.5135	1.8922	1.5711	0.3956	-0.0313	-0.6525	0.4599	0.1648	0.044	0.5515	-0.4363	-0.3753	0.5863	-0.2936	0.0201	0.6488	0.0912	1.0979	14.7987	-61.7952	39.3844
14	1.8291	-0.4001	-0.398	1.428	-0.6888	1.9765	-0.0716	-0.1402	0.1183	-0.3758	-0.2112	-0.5719	0.3998	0.4599	0.2455	0.4219	0.2421	0.167	0.4895	0.2211	0.4749	34.5558	-31.9158	52.2403
15	1.2388	-0.2014	1.6004	2.0728	0.3415	3.0039	-0.4495	-1.1833	0.4167	0.7316	0.3062	-0.1201	-0.4211	-0.3632	0.1258	1.0577	0.2558	0.3161	1.047	-0.1119	0.5283	27.4219	-24.7306	87.5527
16	0.6315	0.3686	0.0819	2.13	-0.7311	1.2152	0.0606	0.9464	0.4983	-0.3007	-0.0014	0.2238	0.0397	0.2998	0.0092	0.43	0.271	0.1116	0.8776	0.4838	0.6318	26.8335	-9.459	24.246
17	2.8145	-0.0625	-0.1749	2.0083	0.4435	2.8325	-0.1395	-0.7501	0.6182	0.116	0.0087	0.0749	0.2306	-0.3129	0.1335	0.328	0.1393	0.046	0.5738	-0.0216	0.4108	20.0351	-15.8673	62.1065
18	2.2303	-0.392	-0.1191	1.0651	0.2114	1.2519	0.0183	0.2293	0.1131	-0.061	-0.1122	0.2581	-0.0083	-0.2126	0.1322	0.2468	0.1982	0.2035	0.4398	0.1396	0.5345	13.7668	-21.925	48.323
19	2.9349	-3.724	-1.4624	5.1769	1.5117	5.1744	-0.1186	-1.0815	0.4657	0.877	-0.2178	-1.3345	-0.1054	1.3229	0.3518	0.5965	0.04	-0.1634	1.6563	0.5175	0.877	59.7942	-19.2229	49.1705
20	5.183	-1.6043	-0.6077	2.2215	0.4585	1.6046	0.1696	0.666	0.2235	-0.2621	-0.3909	-0.1704	-0.0133	0.2068	0.0053	0.393	0.2861	0.1951	0.9395	0.2513	0.4674	76.4094	-33.5748	24.9797
21	1.5831	-0.2888	-0.147	1.5595	-0.2023	0.8379	0.1304	0.3296	0.3069	0.0951	-0.0706	0.1581	-0.1145	-0.0689	-0.0913	0.1709	0.2082	0.1292	0.6879	0.3468	0.4608	57.228	-21.5647	25.6753
22	1.5952	-0.8292	1.9268	4.3794	0.2257	3.4754	-0.08	-1.4575	-0.1621	0.6658	0.0257	1.3629	-0.0021	-1.0832	0.0252	0.4129	0.0799	0.0583	1.5754	-0.3757	0.8511	28.6383	-60.1753	52.7087
23	2.2842	-0.2864	0.3939	0.3477	-0.2728	0.6782	0.1072	0.0679	-0.2509	-0.0739	-0.025	0.186	0.0839	-0.0879	0.092	0.2869	0.1475	-0.244	0.7457	-0.1997	1.0628	7.8948	-49.0144	34.668
24	2.634	-0.4395	-0.3096	1.8029	-0.1196	0.8147	0.4427	0.0966	-0.3608	-0.2324	-0.2079	0.2527	0.1319	0.0982	-0.0745	0.13	0.2427	-0.3228	0.4231	-0.2362	0.5987	26.5927	-61.5421	30.9116
25	4.8986	1.06	-0.4984	0.2219	-0.1118	0.0265	0.3102	1.7318	-0.1392	-0.4331	-0.2206	0.312	0.115	-0.1288	-0.0996	0.5797	0.3789	-0.0607	1.1565	0.0018	0.6953	42.1001	-41.4894	29.4742
26	1.2055	-1.026	-0.0173	2.211	0.0524	2.7686	0.04	-0.2027	0.1507	0.5084	-0.3802	-0.066	-0.1364	-0.7827	0.2269	0.4961	0.0054	-0.1704	0.998	-0.0059	0.1474	21.1915	27.6343	23.0567
27	2.6886	-2.3689	0.6534	3.0139	-0.0408	1.8935	-0.1077	-0.7153	-0.5398	0.4247	0.3042	-0.1323	0.3614	0.4709	-0.1774	0.5339	0.2649	0.0096	0.8539	0.1667	0.5902	61.9114	-111.6435	22.3869
28	1.4015	-0.772	0.2769	2.4471	0.2139	2.3643	0.1382	0.26	0.1495	-0.2982	-0.2647	-0.0373	0.3228	0.6139	0.0992	0.5568	0.1386	0.0125	0.7561	0.4088	0.4909	41.1276	5.6559	4.6774
29	2.609	-0.3977	-0.7586	3.2334	0.0887	2.815	-0.5705	-0.2121	-0.1248	0.3112	0.211	0.0262	-0.5991	-0.3328	0.3316	0.6336	0.1782	-0.2299	0.6087	0.0169	0.6037	38.7171	-89.2647	8.4458
30	2.2453	0.9607	3.8823	0.9138	1.767	6.7316	-0.1504	0.0963	0.8775	-0.0308	0.6224	0.0053	-0.0358	-0.0549	-0.4405	1.9629	0.1428	0.184	1.6066	-0.027	1.3936	79.1371	-79.8252	66.0498
31	2.4072	1.2409	-3.9407	0.6392	-2.0248	6.4598	-0.2205	-0.0292	-0.9511	0.0397	0.4705	-0.0675	-0.0076	-0.1274	-0.296	1.8002	0.1587	-0.1425	1.4982	0.0706	1.4763	81.6578	-80.8958	66.0264

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain "A" and resseq 1343:1382	A	1343 - 1382
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain "A" and resseq 1383:1429	A	1383 - 1429
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain "A" and resseq 1018:1030	A	1018 - 1030
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain "A" and resseq 1003:1017	A	1003 - 1017
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain "A" and resseq 1031:1154	A	1031 - 1154
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain "A" and resseq 1430:1455	A	1430 - 1455
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain "A" and resseq 1239:1322	A	1239 - 1322
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain "A" and resseq 1456:1482	A	1456 - 1482
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain "A" and ( resseq 1155:1238 or resseq 1323:1342 or resseq 1483:1484 or resid 1700 or resid 1901 )	A	1155 - 1238
10	X-RAY DIFFRACTION	9	chain "A" and ( resseq 1155:1238 or resseq 1323:1342 or resseq 1483:1484 or resid 1700 or resid 1901 )	A	1323 - 1342
11	X-RAY DIFFRACTION	9	chain "A" and ( resseq 1155:1238 or resseq 1323:1342 or resseq 1483:1484 or resid 1700 or resid 1901 )	A	1483 - 1484
12	X-RAY DIFFRACTION	10	chain "B" and resseq 1343:1382	B	1343 - 1382
13	X-RAY DIFFRACTION	11	chain "B" and resseq 1383:1429	B	1383 - 1429
14	X-RAY DIFFRACTION	12	chain "B" and resseq 1018:1030	B	1018 - 1030
15	X-RAY DIFFRACTION	13	chain "B" and resseq 1002:1017	B	1002 - 1017
16	X-RAY DIFFRACTION	14	chain "B" and resseq 1031:1154	B	1031 - 1154
17	X-RAY DIFFRACTION	15	chain "B" and resseq 1430:1455	B	1430 - 1455
18	X-RAY DIFFRACTION	16	chain "B" and resseq 1239:1322	B	1239 - 1322
19	X-RAY DIFFRACTION	17	chain "B" and resseq 1456:1482	B	1456 - 1482
20	X-RAY DIFFRACTION	18	chain "B" and ( resseq 1155:1238 or resseq 1323:1342 or resseq 1483:1484 or resid 1700 )	B	1155 - 1238
21	X-RAY DIFFRACTION	18	chain "B" and ( resseq 1155:1238 or resseq 1323:1342 or resseq 1483:1484 or resid 1700 )	B	1323 - 1342
22	X-RAY DIFFRACTION	18	chain "B" and ( resseq 1155:1238 or resseq 1323:1342 or resseq 1483:1484 or resid 1700 )	B	1483 - 1484
23	X-RAY DIFFRACTION	19	chain "A" and resseq 539:581	A	539 - 581
24	X-RAY DIFFRACTION	20	chain "A" and resseq 610:634	A	610 - 634
25	X-RAY DIFFRACTION	21	chain "A" and ( resseq 414:538 or resseq 582:609 or resseq 635:642 )	A	414 - 538
26	X-RAY DIFFRACTION	21	chain "A" and ( resseq 414:538 or resseq 582:609 or resseq 635:642 )	A	582 - 609
27	X-RAY DIFFRACTION	21	chain "A" and ( resseq 414:538 or resseq 582:609 or resseq 635:642 )	A	635 - 642
28	X-RAY DIFFRACTION	22	chain "B" and resseq 539:581	B	539 - 581
29	X-RAY DIFFRACTION	23	chain "B" and resseq 610:634	B	610 - 634
30	X-RAY DIFFRACTION	24	chain "B" and ( resseq 414:538 or resseq 582:609 or resseq 635:640 )	B	414 - 538
31	X-RAY DIFFRACTION	24	chain "B" and ( resseq 414:538 or resseq 582:609 or resseq 635:640 )	B	582 - 609
32	X-RAY DIFFRACTION	24	chain "B" and ( resseq 414:538 or resseq 582:609 or resseq 635:640 )	B	635 - 640
33	X-RAY DIFFRACTION	25	chain "G" or chain "H"	G	8 - 27
34	X-RAY DIFFRACTION	26	chain A and resid 24:220	A	24 - 220
35	X-RAY DIFFRACTION	27	chain B and resid 20:220	B	20 - 220
36	X-RAY DIFFRACTION	28	chain A and resid 221:396	A	221 - 396
37	X-RAY DIFFRACTION	29	chain B and resid 221:396	B	221 - 396
38	X-RAY DIFFRACTION	30	chain E	E	2 - 15
39	X-RAY DIFFRACTION	31	chain F	F	2 - 15

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)