[日本語] English
- PDB-5npk: 1.98A STRUCTURE OF THIOPHENE1 WITH S.AUREUS DNA GYRASE AND DNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5npk
タイトル1.98A STRUCTURE OF THIOPHENE1 WITH S.AUREUS DNA GYRASE AND DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
  • DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
キーワードISOMERASE / TYPE IIA TOPOISOMERASE / ANTIBACTERIAL / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #670 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal ...Rossmann fold - #670 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-94H / Chem-9JN / : / DNA / DNA (> 10) / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Bax, B.D. / Chan, P.F. / Stavenger, R.A.
資金援助1件
組織認可番号
Innovative Medicines Initiative Joint Undertaking115583
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / : 2017
タイトル: Thiophene antibacterials that allosterically stabilize DNA-cleavage complexes with DNA gyrase.
著者: Chan, P.F. / Germe, T. / Bax, B.D. / Huang, J. / Thalji, R.K. / Bacque, E. / Checchia, A. / Chen, D. / Cui, H. / Ding, X. / Ingraham, K. / McCloskey, L. / Raha, K. / Srikannathasan, V. / ...著者: Chan, P.F. / Germe, T. / Bax, B.D. / Huang, J. / Thalji, R.K. / Bacque, E. / Checchia, A. / Chen, D. / Cui, H. / Ding, X. / Ingraham, K. / McCloskey, L. / Raha, K. / Srikannathasan, V. / Maxwell, A. / Stavenger, R.A.
履歴
登録2017年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_validate_polymer_linkage
Item: _pdbx_validate_polymer_linkage.dist / _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_1 / _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_2
改定 1.22018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.32025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
D: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
E: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
b: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
d: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
e: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
f: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)341,50237
ポリマ-336,9768
非ポリマー4,52629
47,9922664
1
B: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
D: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
E: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,36517
ポリマ-168,4884
非ポリマー1,87713
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14810 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area56890 Å2
手法PISA
2
b: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
d: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
e: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
f: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,13720
ポリマ-168,4884
非ポリマー2,64916
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16660 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area57180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.442, 120.680, 168.899
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.050, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 8分子 BDbdEFef

#1: タンパク質
DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A


分子量: 78109.000 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
: N315 / 遺伝子: gyrB, SA0005, gyrA, SA0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P66937, UniProt: Q99XG5, EC: 5.99.1.3
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')


分子量: 6134.967 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 8種, 2693分子

#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : Mn
#4: 化合物
ChemComp-94H / ~{N}-[(1~{R})-2-azanyl-1-phenyl-ethyl]-4-(1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)thiophene-2-carboxamide


分子量: 362.448 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C20H18N4OS
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#9: 化合物 ChemComp-9JN / ~{N}-[(1~{S})-2-azanyl-1-phenyl-ethyl]-4-(1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)thiophene-2-carboxamide


分子量: 362.448 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C20H18N4OS
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2664 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
詳細

Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.2 / 詳細: 11 % PEG 5000 MME, 150 mM Bis-Tris pH 6.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.763
11h,-k,-l20.237
反射解像度: 1.98→19.97 Å / Num. obs: 245600 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 891144 / Scaling rejects: 3
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.673 / CC1/2: 0.542 / Rpim(I) all: 0.533 / Rrim(I) all: 0.866 / % possible all: 89.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.98→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 4.511 / SU ML: 0.071 / SU R Cruickshank DPI: 0.0306 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.027 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1832 12302 5 %RANDOM
Rwork0.1538 ---
obs0.1552 233267 98.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 207.01 Å2 / Biso mean: 37.577 Å2 / Biso min: 15.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.6 Å20 Å22.91 Å2
2--23.29 Å20 Å2
3----9.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21160 1483 304 2683 25630
Biso mean--43.18 45.7 -
残基数----2767
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01924907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8941.91334073
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.52452904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.51523.4431121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.678154207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.68515265
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.23688
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02118853
LS精密化 シェル解像度: 1.978→2.029 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 767 -
Rwork0.248 15099 -
all-15866 -
obs--86.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.068-0.39980.37270.69470.20640.56060.06850.1476-0.2185-0.1259-0.0135-0.07760.0408-0.0184-0.0550.2068-0.00610.0020.1466-0.07030.205228.683516.7829-20.5654
20.4380.125-0.06130.5134-0.16710.19870.0335-0.07460.09040.02420.00360.0664-0.00860.0103-0.03710.1579-0.00040.00520.1714-0.01180.163514.810946.57764.8355
32.227-0.89661.27640.7269-1.12671.7981-0.0602-0.0533-0.13830.04310.0850.00590.0029-0.1938-0.02470.2293-0.03250.03150.2826-0.01220.072116.322742.47937.0023
43.0647-0.6393-0.07040.4643-0.16160.4704-0.1373-0.1519-0.13950.0589-0.0226-0.02530.1045-0.06250.15980.24140.00370.02440.20450.01390.089533.6336.179248.5773
51.0372-0.7263-0.54740.77460.4350.9692-0.0350.0368-0.30860.0092-0.00330.12910.0928-0.06260.03830.1788-0.0297-0.03740.1448-0.02150.21479.84518.9178-12.3642
61.1721-0.4685-0.290.6515-0.06780.57360.10810.15940.24-0.1075-0.1002-0.0056-0.05830.0258-0.00790.20260.04330.04320.11030.08280.215247.458761.3118-21.8067
70.5601-0.17740.05550.3352-0.00110.11950.0165-0.0328-0.0084-0.021-0.0073-0.0218-0.0074-0.0003-0.00920.162-0.00040.00750.16350.00510.162864.048531.62292.314
81.01390.0194-1.06560.96820.51431.4576-0.0091-0.02930.08120.12530.1288-0.1108-0.00060.067-0.11970.18820.0271-0.05420.2168-0.03340.0865.586236.172434.0943
92.1434-0.8542-0.31832.10040.50990.4784-0.1432-0.14410.07230.17560.14250.0409-0.01770.10970.00070.21910.0478-0.02710.20430.0130.044249.715642.073347.7654
101.0746-1.03231.05760.9986-1.03751.3172-0.04030.08450.34190.0202-0.1051-0.3344-0.04640.10610.14540.1785-0.00690.08070.12230.07250.328667.21159.0168-15.5985
110.3779-0.2649-0.11490.26540.19920.3356-0.03520.06170.0365-0.07770.01550.0002-0.05840.03460.01970.2431-0.0229-0.03780.19030.0180.168616.428639.0466-16.5471
120.64640.082-0.04570.0657-0.12930.2852-0.01870.09810.0791-0.07750.02230.00230.145-0.0195-0.00360.23750.01830.04490.18610.01830.134459.293538.7823-18.8618
130.45610.2297-0.26681.3752-0.00250.3719-0.01640.05640.0715-0.21550.04680.10680.0625-0.0399-0.03040.2092-0.0069-0.05220.12490.03340.18714.36666.6439-22.4056
141.1961-0.2046-0.07431.3182-0.0621.1955-0.01020.2456-0.2355-0.284-0.00150.00550.175-0.07870.01170.26550.00440.00750.2021-0.09160.172261.683510.8984-24.2854
151.0029-0.3394-0.32960.6397-0.15990.5290.03060.11860.1764-0.1309-0.00760.11890.02730.0282-0.0230.18070.0046-0.0520.15330.04820.19785.155761.554563.37
160.4174-0.01690.15520.38570.04270.27290.03170.0005-0.04920.00850.0235-0.0320.01270.0022-0.05520.15090.0208-0.04220.1692-0.01480.156919.012231.982189.3871
173.0027-0.1268-1.6831.26411.19611.9670.00390.00110.01930.09320.0226-0.02670.0257-0.0064-0.02650.18830.0344-0.06240.22780.00560.065217.253336.2561121.3563
182.601-0.5667-0.13660.792-0.07060.4289-0.0643-0.19260.1190.12610.0159-0.0704-0.0879-0.00950.04850.20.0686-0.05010.2382-0.04270.04950.080442.3898133.1677
191.0806-0.68270.28090.513-0.3680.5981-0.01660.02140.2580.0031-0.0038-0.1391-0.04670.09570.02040.164-0.02080.00050.1890.00450.205423.642959.933471.5485
201.079-0.57250.20820.655-0.14030.76520.11710.0897-0.1984-0.1453-0.06060.0320.14430.0077-0.05650.24840.0158-0.09780.1-0.04450.1909-13.57917.00862.6381
210.6644-0.15640.09030.2613-0.0510.15650.0087-0.14880.0055-0.03340.01880.0060.0158-0.0288-0.02750.1388-0.0042-0.04240.20730.00090.1367-30.089146.903986.5013
220.1702-0.40060.28171.5738-0.2631.3902-0.06980.0443-0.03020.220.2044-0.0041-0.0546-0.0816-0.13460.13950.03330.0390.42750.03640.0555-31.662643.0994118.5863
232.7578-0.3960.22771.20210.03010.7512-0.1388-0.0766-0.0580.18560.2079-0.07290.0778-0.1104-0.06910.19830.0856-0.00350.2791-0.00510.013-16.149936.6909132.2592
241.0478-0.9333-1.01912.17131.4771.3523-0.0622-0.0205-0.2890.0045-0.0970.38850.1391-0.0780.15910.1985-0.0614-0.14690.15170.0190.3615-33.596319.407268.642
250.2510.09540.21520.06780.07630.1878-0.04420.0386-0.0227-0.0830.05360.0144-0.01380.0342-0.00940.2312-0.00570.00720.2061-0.01650.15813.186738.474367.3832
260.3299-0.0907-0.04680.04170.04590.11370.02740.0025-0.0334-0.05310.00730.0147-0.0385-0.0015-0.03470.2125-0.0008-0.0760.18380.00020.1231-22.478940.464765.5166
271.5246-0.2573-0.09011.985-0.25691.55010.04440.3106-0.3046-0.33410.1038-0.10190.179-0.0334-0.14820.25360.0171-0.04690.2199-0.1470.158819.762211.341662.6375
280.67240.00820.01960.72380.13440.0807-0.08020.09860.1077-0.1671-0.01130.01120.00370.02270.09140.234-0.0122-0.05540.1680.03030.2034-27.658766.580259.0685
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B417 - 608
2X-RAY DIFFRACTION1B701 - 714
3X-RAY DIFFRACTION2A29 - 244
4X-RAY DIFFRACTION2A328 - 369
5X-RAY DIFFRACTION2A461 - 491
6X-RAY DIFFRACTION3A370 - 379
7X-RAY DIFFRACTION3A445 - 460
8X-RAY DIFFRACTION4A380 - 444
9X-RAY DIFFRACTION5A10 - 28
10X-RAY DIFFRACTION5B609 - 641
11X-RAY DIFFRACTION6D417 - 608
12X-RAY DIFFRACTION6D701 - 714
13X-RAY DIFFRACTION7C29 - 244
14X-RAY DIFFRACTION7C328 - 369
15X-RAY DIFFRACTION7C461 - 491
16X-RAY DIFFRACTION8C370 - 379
17X-RAY DIFFRACTION8C445 - 460
18X-RAY DIFFRACTION9C380 - 444
19X-RAY DIFFRACTION10C10 - 28
20X-RAY DIFFRACTION10D609 - 641
21X-RAY DIFFRACTION11E-8 - -1
22X-RAY DIFFRACTION11F5 - 12
23X-RAY DIFFRACTION12E4 - 12
24X-RAY DIFFRACTION12F-8 - -1
25X-RAY DIFFRACTION13A245 - 327
26X-RAY DIFFRACTION14C245 - 327
27X-RAY DIFFRACTION15b417 - 608
28X-RAY DIFFRACTION16a29 - 244
29X-RAY DIFFRACTION16a328 - 369
30X-RAY DIFFRACTION16a461 - 490
31X-RAY DIFFRACTION17a370 - 379
32X-RAY DIFFRACTION17a445 - 460
33X-RAY DIFFRACTION18a380 - 444
34X-RAY DIFFRACTION19a8 - 28
35X-RAY DIFFRACTION19b609 - 640
36X-RAY DIFFRACTION20d417 - 608
37X-RAY DIFFRACTION21c29 - 244
38X-RAY DIFFRACTION21c328 - 369
39X-RAY DIFFRACTION21c461 - 490
40X-RAY DIFFRACTION22c370 - 379
41X-RAY DIFFRACTION22c445 - 460
42X-RAY DIFFRACTION23c380 - 444
43X-RAY DIFFRACTION24c10 - 28
44X-RAY DIFFRACTION24d609 - 640
45X-RAY DIFFRACTION25e-8 - -1
46X-RAY DIFFRACTION25f1 - 12
47X-RAY DIFFRACTION26e1 - 12
48X-RAY DIFFRACTION26f-8 - 1
49X-RAY DIFFRACTION27a245 - 327
50X-RAY DIFFRACTION28c245 - 327

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る