PDB-4nhb: Crystal structure of a TRAP periplasmic solute binding protein fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nhb

タイトル

Crystal structure of a TRAP periplasmic solute binding protein from Desulfovibrio desulfuricans (Ddes_1525), Target EFI-510107, with bound sn-glycerol-3-phosphate

要素

TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TRAP periplasmic solute binding family / Enzyme Function Initiative / EFI / structural genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans (バクテリア)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.902 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. ...

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2013年11月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4nhb.ent.gz	293.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4nhb_validation.pdf.gz	457.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nhb_full_validation.pdf.gz	466.1 KB	表示
XML形式データ	4nhb_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	4nhb_validation.cif.gz	42.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/4nhb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/4nhb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vpo-2 5lvm-d 3fxb-1 4oa4-2 4o7m-1 6hzv-3 4xeq-4 4i6q-d 3bhh-1 6ntp-d 4mni-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510107

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit

B: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit

ヘテロ分子

78.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	53.090, 83.407, 65.043
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.830, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit / TRAP periplasmic solute binding protein 分子量: 37647.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans (バクテリア) 株: ATCC 27774 / DSM 6949 / 遺伝子: Ddes_1525 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B8J100
#2: 化合物	... ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-G3P / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル3-りん酸分子量: 172.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉O₆P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.66 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 33.8 mg/mL protein in 10 mM HEPES, pH 7.5, 5 mM DTT, reservoir: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, 30% w/v PEG4000, cryoprotection: 4:1 50% PEG3350, 500 mM NaI:reservoir (3 minutes) ...詳細: 33.8 mg/mL protein in 10 mM HEPES, pH 7.5, 5 mM DTT, reservoir: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, 30% w/v PEG4000, cryoprotection: 4:1 50% PEG3350, 500 mM NaI:reservoir (3 minutes), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.66 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 33.8 mg/mL protein in 10 mM HEPES, pH 7.5, 5 mM DTT, reservoir: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, 30% w/v PEG4000, cryoprotection: 4:1 50% PEG3350, 500 mM NaI:reservoir (3 minutes) ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年10月10日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→100 Å / Num. all: 44391 / Num. obs: 44391 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 18.57 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / R_sym value: 0.061 / Χ²: 0.883 / Net I/σ(I): 11

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.93	5.7	0.585	2177	0.912	1	99.6
1.93-1.97	5.7	0.546	2230	0.912	1	99.8
1.97-2.01	5.7	0.439	2194	0.913	1	100
2.01-2.05	5.7	0.382	2198	0.905	1	99.9
2.05-2.09	5.8	0.328	2224	0.923	1	100
2.09-2.14	5.8	0.294	2203	0.914	1	100
2.14-2.19	5.8	0.253	2231	0.921	1	100
2.19-2.25	5.8	0.202	2220	0.938	1	100
2.25-2.32	5.9	0.185	2206	0.934	1	100
2.32-2.39	5.9	0.154	2223	0.922	1	100
2.39-2.48	5.9	0.133	2193	0.895	1	100
2.48-2.58	5.9	0.113	2239	0.867	1	100
2.58-2.7	6	0.09	2206	0.866	1	100
2.7-2.84	6	0.069	2242	0.857	1	100
2.84-3.02	6	0.056	2201	0.855	1	100
3.02-3.25	6	0.042	2233	0.879	1	100
3.25-3.58	6.1	0.031	2232	0.855	1	100
3.58-4.09	6.1	0.023	2242	0.845	1	100
4.09-5.16	6.1	0.019	2234	0.766	1	100
5.16-100	5.9	0.02	2263	0.797	1	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
StructureStudio		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000	SHELX	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.902→25.637 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / FOM work R set: 0.8225 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 25.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2476	2230	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1855	-	-	-
all	0.1886	44303	-	-
obs	0.1886	44303	99.51 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.73 Å² / B_iso mean: 25.1889 Å² / B_iso min: 2.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.902→25.637 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4716	0	43	434	5193

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	4847
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.378	6544
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	705
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	848
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.692	1822

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.902-1.9435	0.345	124	0.2541	2440	2564	94
1.9435-1.9887	0.2899	157	0.2276	2613	2770	99
1.9887-2.0384	0.246	155	0.2036	2621	2776	100
2.0384-2.0935	0.2809	119	0.1944	2628	2747	100
2.0935-2.1551	0.2655	128	0.198	2648	2776	100
2.1551-2.2246	0.302	142	0.1956	2632	2774	100
2.2246-2.3041	0.2878	140	0.1946	2656	2796	100
2.3041-2.3963	0.2798	134	0.1875	2623	2757	100
2.3963-2.5053	0.2584	144	0.1935	2635	2779	100
2.5053-2.6372	0.3117	133	0.1946	2631	2764	100
2.6372-2.8023	0.2509	128	0.1926	2670	2798	100
2.8023-3.0183	0.2536	150	0.1973	2618	2768	100
3.0183-3.3215	0.2444	143	0.1919	2667	2810	100
3.3215-3.8008	0.2263	154	0.1642	2640	2794	100
3.8008-4.7835	0.1915	142	0.1428	2642	2784	100
4.7835-25.6396	0.2002	137	0.1858	2709	2846	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0338	-0.0262	0.0135	0.0403	-0.0113	0.0069	0.0671	-0.0271	0.0435	-0.0169	0.0191	-0.0067	-0.0841	0.0652	0.0949	0.0268	-0.1387	0.0271	-0.0441	-0.0226	0.0359	50.8084	32.2657	17.3403
2	0.0078	0.0089	0.0027	0.0108	0.0025	0.003	0.005	0.0094	-0.0197	-0.0161	0.0048	0.0098	0.0009	0.0419	-0.0024	0.042	0.0101	0.0025	0.0951	-0.0315	0.0874	54.0289	20.6439	12.4904
3	0.0193	-0.0025	0.0123	0.0112	0.0117	0.0221	0.0718	0.0103	-0.0719	-0.0164	0.0076	-0.009	0.1035	0.0797	0.0913	-0.0007	0.0951	-0.0861	0.0409	0.0091	0.0331	53.5585	16.0819	29.3056
4	0.0213	0.0131	-0.0267	0.0219	-0.004	0.0363	0.0385	-0.027	-0.0473	0.0118	-0.0011	0.0007	0.0681	-0.0473	0.0473	0.0909	-0.1295	-0.1104	0.0044	-0.0015	0.0669	34.8578	8.5897	24.1102
5	0.0213	-0.0067	-0.0097	0.0376	0.0162	0.01	0.0141	0.0012	0.0058	-0.014	0.0163	-0.0161	0.0014	-0.0101	0.0172	0.2318	-0.0709	-0.0602	0.0832	0.0115	0.1411	33.0409	12.8306	15.4898
6	0.0897	-0.0069	0.0121	0.0669	-0.0194	0.0909	0.0553	0.0051	0.0015	-0.0213	0.0329	-0.0078	0.0342	0.0321	0.105	0.016	-0.0245	0.0099	0.0991	-0.0027	0.0293	41.4043	20.2671	22.8481
7	0.0165	0.0187	-0.0016	0.0317	-0.0026	0.0003	-0.0265	0.0271	0.0073	-0.0139	-0.0058	0.0182	-0.046	0.0486	-0.045	0.0907	-0.1246	0.0002	0.1527	-0.0651	0.0818	59.1725	31.8523	27.1233
8	0.0021	-0.0028	-0.0016	0.0038	0.0017	0.0012	0.0168	-0.0249	0.0206	0.0265	0.0217	-0.0185	0.0067	-0.0746	0	0.0733	-0.0166	0.0098	0.2002	0.0002	0.1087	29.4916	24.1271	33.2895
9	0.0117	-0.0022	0.0014	0.0099	-0.0313	0.0926	0.0446	-0.0016	-0.0408	-0.0102	0.0301	0.0139	0.0737	-0.0308	0.0878	0.3103	-0.0013	-0.1719	0.0584	0.0627	0.1578	41.2693	2.3712	34.4363
10	0.0022	0.0004	0.0012	0.0004	0.0004	0.0003	0.0076	-0.0093	-0.0068	-0.0077	-0.0085	0.0005	0.0167	0.0106	-0.0082	0.1778	0.072	-0.1074	0.1471	0.0073	0.1242	55.4261	8.8455	37.9986
11	0.025	-0.0001	-0.0028	0.0026	-0.0089	0.0333	0.011	-0.0069	-0.0539	0.0101	0.0173	0.0414	0.0277	0.0101	0.002	0.0393	0.0009	0.0054	0.1207	0.0327	0.0772	27.7469	18.8469	-14.593
12	0.138	-0.0442	-0.0682	0.0447	0.0115	0.3319	0.0694	0.064	0.1707	0.0175	0.0824	0.0339	-0.2278	-0.0504	0.1747	0.1005	0.0222	0.043	0.0737	0.0307	0.1014	32.709	35.0923	-9.5915
13	0.0013	0.0013	0.0002	0.0014	0.0002	0.0005	0.0009	0.0096	-0.0021	0.0058	-0.0187	-0.0154	-0.0031	0.0245	0	0.1081	0.0165	0.0289	0.1487	-0.0231	0.1619	48.1353	32.173	-4.7923
14	0.0017	-0.0035	-0.0099	0.0227	0.0396	0.0681	0.0126	0.0212	-0.0426	0.0365	0.0519	0.0435	0.0204	-0.0743	0.0337	0.0241	0.0121	0.0238	0.0974	0.058	0.1511	25.2611	22.4857	-7.8342
15	0.0214	-0.0125	-0.0105	0.0057	0.0038	0.021	0.0388	-0.0174	0.049	0.0602	0.0361	0.0392	-0.0474	0.0564	0.0145	0.2943	0.0607	0.0745	0.1212	-0.0795	0.2608	38.7836	44.1203	2.9312
16	0.0121	0.009	0.0028	0.0294	0.013	0.0055	0.0101	-0.0354	0.0254	0.0404	-0.0031	-0.0069	0.0045	-0.0014	0.0319	0.2353	0.0827	0.1349	0.2166	-0.0328	0.2406	24.6117	38.3916	11.3931

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 29 through 74 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 75 through 93 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 94 through 150 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 151 through 185 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 186 through 203 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 204 through 251 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 252 through 270 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 271 through 295 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 296 through 316 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 317 through 331 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 29 through 57 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 58 through 219 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 220 through 235 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 236 through 288 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 289 through 317 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 318 through 340 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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