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Yorodumi- PDB-3bhh: Crystal structure of human calcium/calmodulin-dependent protein k... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3bhh | ||||||
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Title | Crystal structure of human calcium/calmodulin-dependent protein kinase IIB isoform 1 (CAMK2B) | ||||||
Components | Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II beta chain | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / CAMK2B / CAM2 / CAMK2 / CaM kinase II beta chain / CAMK II beta subunit / Calcium/calmodulion dependent protein kinase II beta / EC:2.7.1.123 / MGC29528 / Proline rich calmodulin dependent protein kinase / Structural Genomics Consortium / SGC / ATP-binding / Calmodulin-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of skeletal muscle adaptation / regulation of synapse structural plasticity / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of dendritic spine development / positive regulation of synapse maturation / regulation of neuron migration / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / Trafficking of AMPA receptors ...regulation of skeletal muscle adaptation / regulation of synapse structural plasticity / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of dendritic spine development / positive regulation of synapse maturation / regulation of neuron migration / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / Trafficking of AMPA receptors / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / calmodulin-dependent protein kinase activity / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of calcium ion transport / Long-term potentiation / Ion transport by P-type ATPases / Regulation of MECP2 expression and activity / HSF1-dependent transactivation / Ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum membrane / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / RAF activation / positive regulation of neuron projection development / endocytic vesicle membrane / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Interferon gamma signaling / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / nervous system development / actin binding / RAF/MAP kinase cascade / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / cell differentiation / calmodulin binding / neuron projection / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / centrosome / synapse / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Filippakopoulos, P. / Rellos, P. / Niesen, F. / Burgess, N. / Bullock, A. / Berridge, G. / Pike, A.C.W. / Ugochukwu, E. / Pilka, E.S. / von Delft, F. ...Filippakopoulos, P. / Rellos, P. / Niesen, F. / Burgess, N. / Bullock, A. / Berridge, G. / Pike, A.C.W. / Ugochukwu, E. / Pilka, E.S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of Human Calcium/Calmodulin-Dependent Protein Kinase IIB Isoform 1 (CAMK2B). Authors: Filippakopoulos, P. / Rellos, P. / Niesen, F. / Burgess, N. / Bullock, A. / Berridge, G. / Pike, A.C.W. / Ugochukwu, E. / Pilka, E.S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Knapp, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3bhh.cif.gz | 228.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3bhh.ent.gz | 180.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3bhh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/3bhh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/3bhh | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2v7oS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Refine code: 2
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 33564.625 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: Residues 11-303 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CAMK2B, CAM2, CAMKB / Plasmid: pNIC28-Bsa4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)(R3) References: UniProt: Q13554, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.2 Details: 50% PEG 300, 0.2M NaCl, 0.1M Na/KPO4 pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 0.97649 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Sep 22, 2007 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97649 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→47.78 Å / Num. all: 50945 / Num. obs: 50690 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 3.76 % / Rmerge(I) obs: 0.1157 / Rsym value: 0.1157 / Net I/σ(I): 9.77 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.5 Å / Redundancy: 3.65 % / Rmerge(I) obs: 0.4431 / Mean I/σ(I) obs: 2.69 / Num. unique all: 5776 / Rsym value: 0.4431 / % possible all: 97.6 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 50687 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 2V7O Resolution: 2.4→47.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / SU B: 20.258 / SU ML: 0.238 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.462 / ESU R Free: 0.289 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 13.33 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→47.78 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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