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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bhh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human calcium/calmodulin-dependent protein kinase IIB isoform 1 (CAMK2B) | ||||||
要素 | Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II beta chain | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / CAMK2B / CAM2 / CAMK2 / CaM kinase II beta chain / CAMK II beta subunit / Calcium/calmodulion dependent protein kinase II beta / EC:2.7.1.123 / MGC29528 / Proline rich calmodulin dependent protein kinase / Structural Genomics Consortium / SGC / ATP-binding / Calmodulin-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of skeletal muscle adaptation / regulation of synapse structural plasticity / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of dendritic spine development / positive regulation of synapse maturation / regulation of neuron migration / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / Trafficking of AMPA receptors ...regulation of skeletal muscle adaptation / regulation of synapse structural plasticity / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of dendritic spine development / positive regulation of synapse maturation / regulation of neuron migration / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / Trafficking of AMPA receptors / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / calmodulin-dependent protein kinase activity / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of calcium ion transport / Ion transport by P-type ATPases / 長期増強 / Regulation of MECP2 expression and activity / HSF1-dependent transactivation / Ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum membrane / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / RAF activation / positive regulation of neuron projection development / Signaling by RAF1 mutants / endocytic vesicle membrane / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Interferon gamma signaling / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / nervous system development / actin binding / RAF/MAP kinase cascade / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / 細胞分化 / calmodulin binding / neuron projection / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / 中心体 / シナプス / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Filippakopoulos, P. / Rellos, P. / Niesen, F. / Burgess, N. / Bullock, A. / Berridge, G. / Pike, A.C.W. / Ugochukwu, E. / Pilka, E.S. / von Delft, F. ...Filippakopoulos, P. / Rellos, P. / Niesen, F. / Burgess, N. / Bullock, A. / Berridge, G. / Pike, A.C.W. / Ugochukwu, E. / Pilka, E.S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Human Calcium/Calmodulin-Dependent Protein Kinase IIB Isoform 1 (CAMK2B). 著者: Filippakopoulos, P. / Rellos, P. / Niesen, F. / Burgess, N. / Bullock, A. / Berridge, G. / Pike, A.C.W. / Ugochukwu, E. / Pilka, E.S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Knapp, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3bhh.cif.gz | 228.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3bhh.ent.gz | 180.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3bhh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/3bhh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/3bhh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2v7oS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Refine code: 2
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33564.625 Da / 分子数: 4 / 断片: Residues 11-303 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAMK2B, CAM2, CAMKB / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)(R3) 参照: UniProt: Q13554, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.66 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 50% PEG 300, 0.2M NaCl, 0.1M Na/KPO4 pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97649 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月22日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97649 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→47.78 Å / Num. all: 50945 / Num. obs: 50690 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.76 % / Rmerge(I) obs: 0.1157 / Rsym value: 0.1157 / Net I/σ(I): 9.77 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3.65 % / Rmerge(I) obs: 0.4431 / Mean I/σ(I) obs: 2.69 / Num. unique all: 5776 / Rsym value: 0.4431 / % possible all: 97.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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Phasing dm | 手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 50687 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2V7O 解像度: 2.4→47.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / SU B: 20.258 / SU ML: 0.238 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.462 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.33 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.78 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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