PDB-4mhf: Crystal structure of a TRAP periplasmic solute binding protein fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mhf

タイトル

Crystal structure of a TRAP periplasmic solute binding protein from Polaromonas sp. JS666 (Bpro_3107), target EFI-510173, with bound alpha/beta D-Glucuronate, space group P21

要素

TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Polaromonas (バクテリア)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.46 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Zhao, S. / Stead, M. / Washington, E. ...

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2013年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mhf.cif.gz	187.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mhf.ent.gz	151.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mhf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/4mhf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/4mhf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nq8-1 4mij-d 4feu-5 4xfe-d 4o8m-5 1gik-d 3fxb-1 4gkh-8 4o8m-6 1rtc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510173

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

37.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.480, 45.960, 63.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.66, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

分子量: 36722.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Polaromonas (バクテリア) / 株: JS666 / ATCC BAA-500 / 遺伝子: Bpro_3107 / プラスミド: pET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q128M1

#2: 糖

ChemComp-BDP / beta-D-glucopyranuronic acid / beta-D-glucuronic acid / D-glucuronic acid / glucuronic acid / β-D-グルコピラヌロン酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₀O₇

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpAb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
b-D-glucopyranuronic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpA	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcA	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 糖

ChemComp-GCU / alpha-D-glucopyranuronic acid / alpha-D-glucuronic acid / D-glucuronic acid / glucuronic acid / α-D-グルコピラヌロン酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₀O₇

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpAa	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
a-D-glucopyranuronic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-GlcpA	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcA	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein (> 50 mg/ml, 10 mM Hepes, pH 7.5, 10 mM Glucuronate, 5 mM DTT); Reservoir (2.0 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5(MCSG1 F10)); Cryoprotection (20% Diethylene Glycol, 80% of ...詳細: Protein (> 50 mg/ml, 10 mM Hepes, pH 7.5, 10 mM Glucuronate, 5 mM DTT); Reservoir (2.0 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5(MCSG1 F10)); Cryoprotection (20% Diethylene Glycol, 80% of Reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.84 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein (> 50 mg/ml, 10 mM Hepes, pH 7.5, 10 mM Glucuronate, 5 mM DTT); Reservoir (2.0 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5(MCSG1 F10)); Cryoprotection (20% Diethylene Glycol, 80% of ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年8月23日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.46→63.409 Å / Num. all: 41662 / Num. obs: 41662 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 8.31 Å² / R_merge(I) obs: 0.046 / R_sym value: 0.046 / Net I/σ(I): 26.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.46-1.54	6.3	0.133	4.9	36168	5718	0.133	87.8
1.54-1.64	6.3	0.102	6.2	34699	5520	0.102	89
1.64-1.75	6.3	0.076	7.8	33432	5278	0.076	90.7
1.75-1.89	6.3	0.059	10.3	31561	4972	0.059	91.9
1.89-2.07	6.4	0.047	12.8	29669	4669	0.047	93.4
2.07-2.32	6.4	0.044	13.3	27240	4289	0.044	94.7
2.32-2.67	6.3	0.042	13.8	24253	3835	0.042	96
2.67-3.28	6.3	0.035	15.9	20812	3309	0.035	97.3
3.28-4.63	6.2	0.039	15	16257	2609	0.039	98.4
4.63-22.98	5.9	0.039	14.5	8694	1463	0.039	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MOSFLM		データ削減
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.46→21.582 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9374 / SU ML: 0.09 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 12.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1447	2108	5.06 %	RANDOM
R_work	0.1173	-	-	-
obs	0.1187	41631	92.18 %	-
all	-	41631	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 65.73 Å² / B_iso mean: 12.2561 Å² / B_iso min: 0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.46→21.582 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2310	0	26	471	2807

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2416
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.249	3266
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	371
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	419
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.029	920

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.46-1.4991	0.1604	128	0.1383	2440	2568	87
1.4991-1.5365	0.1829	117	0.1243	2514	2631	88
1.5365-1.5781	0.143	137	0.1154	2539	2676	88
1.5781-1.6245	0.1443	138	0.1131	2494	2632	89
1.6245-1.6769	0.1418	126	0.1149	2558	2684	90
1.6769-1.7368	0.1631	149	0.1152	2543	2692	91
1.7368-1.8063	0.1493	139	0.1161	2607	2746	91
1.8063-1.8885	0.1498	146	0.1136	2625	2771	92
1.8885-1.988	0.1383	145	0.1121	2620	2765	93
1.988-2.1124	0.1451	156	0.1061	2648	2804	93
2.1124-2.2754	0.1325	139	0.1052	2716	2855	94
2.2754-2.5041	0.1388	139	0.1086	2728	2867	95
2.5041-2.8657	0.1438	155	0.1167	2765	2920	96
2.8657-3.6077	0.1498	164	0.1214	2794	2958	97
3.6077-21.5839	0.1355	130	0.1336	2932	3062	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2712	-0.0288	-0.1548	0.172	-0.0906	0.1578	0.0044	0.0149	0.0167	-0.0313	-0.0356	0.0542	0.011	-0.077	-0.0008	0.0413	-0.0115	0.0044	0.0572	-0.0074	0.0441	6.6885	19.9542	46.0672
2	0.2227	-0.0568	0.1994	0.1478	0.0606	0.2431	0.031	-0.0177	-0.0596	0.014	-0.016	-0.0256	0.0263	-0.0038	0.0006	0.0342	-0.0074	0.0009	0.0353	0.0063	0.0438	22.9397	16.3556	49.5991
3	0.0966	-0.0256	-0.0084	0.18	-0.1901	0.2063	-0.0343	0.0045	0.0562	0.081	-0.0277	-0.0419	-0.1142	0.0332	-0.0031	0.0601	-0.011	-0.0106	0.0345	-0.0023	0.038	27.0017	35.3631	54.3022
4	0.0452	0.0333	0.0428	0.0491	-0.039	0.116	0.0258	0.0791	-0.0166	0.0114	-0.0889	0.0094	-0.0751	0.0551	-0.0024	0.0579	-0.0043	-0.0011	0.0337	0.0065	0.0498	26.8826	34.8657	45.7745
5	0.2768	-0.0373	0.0922	0.0633	0.0799	0.2222	-0.0274	0.0084	-0.0463	-0.0679	-0.0124	0.0017	0.0563	-0.0208	-0.0072	0.0429	-0.0148	0.0042	0.0283	-0.0054	0.0349	14.0706	16.4652	42.2632
6	0.0415	-0.0033	0.0602	0.0441	0.0201	0.0485	-0.0294	0.1444	0.1484	-0.0913	-0.1358	-0.1845	0.0037	0.1758	-0.0702	0.0654	-0.0054	0.0131	0.1058	0.0359	0.1294	38.1522	33.3046	45.307
7	0.0946	0.0379	0.049	0.0206	0.0412	0.1117	0.0812	0.0468	-0.0811	0.0631	0.0288	-0.0633	0.126	0.0529	0.0009	0.0658	-0.002	-0.0203	0.0681	0.0045	0.0939	36.0223	12.7757	53.9085

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 31:86 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 87:158 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 159:221 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 222:240 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 241:289 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 290:305 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 306:331 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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