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- PDB-4gkh: Crystal structure of the aminoglycoside phosphotransferase APH(3'... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gkh
タイトルCrystal structure of the aminoglycoside phosphotransferase APH(3')-Ia, with substrate kanamycin and small molecule inhibitor 1-NA-PP1
要素Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PYRAZOLOPYRIMIDINE / 1-NA-PP1 / BUMPED KINASE INHIBITOR / BKI / PROTEIN KINASE INHIBITOR / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX / EUKARYOTIC PROTEIN KINASE-LIKE FOLD / ALPHA/BETA PROTEIN / TRANSFERASE / PHOSPHOTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE PHOSPHOTRANSFERASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / AMINOGLYCOSIDES / KANAMYCIN / GTP / INTRACELLULAR
機能・相同性
機能・相同性情報


kanamycin kinase / kanamycin kinase activity / phosphorylation / response to antibiotic / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aminoglycoside 3-phosphotransferase / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0J9 / ACETATE ION / KANAMYCIN A / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.863 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Egorova, O. / Di Leo, R. / Shakya, T. / Spanogiannopoulos, P. / Todorovic, N. / Capretta, A. ...Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Egorova, O. / Di Leo, R. / Shakya, T. / Spanogiannopoulos, P. / Todorovic, N. / Capretta, A. / Wright, G.D. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Structure-guided optimization of protein kinase inhibitors reverses aminoglycoside antibiotic resistance.
著者: Stogios, P.J. / Spanogiannopoulos, P. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Shakya, T. / Todorovic, N. / Capretta, A. / Wright, G.D. / Savchenko, A.
履歴
登録2012年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22013年8月7日Group: Database references
改定 1.32013年9月4日Group: Database references
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
B: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
C: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
D: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
E: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
F: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
G: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
H: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
I: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
J: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
K: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
L: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)388,66491
ポリマ－376,20512
非ポリマー12,45979
水51,7032870
1
A: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3527
ポリマ－31,3501
非ポリマー1,0026
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3167
ポリマ－31,3501
非ポリマー9666
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7059
ポリマ－31,3501
非ポリマー1,3558
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2838
ポリマ－31,3501
非ポリマー9337
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3527
ポリマ－31,3501
非ポリマー1,0026
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4349
ポリマ－31,3501
非ポリマー1,0848
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3758
ポリマ－31,3501
非ポリマー1,0257
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3997
ポリマ－31,3501
非ポリマー1,0496
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3888
ポリマ－31,3501
非ポリマー1,0377
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2114
ポリマ－31,3501
非ポリマー8613
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3758
ポリマ－31,3501
非ポリマー1,0257
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4719
ポリマ－31,3501
非ポリマー1,1208
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
A: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
B: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,66914
ポリマ－62,7012
非ポリマー1,96812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7210 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area23660 Å2
手法PISA
14
C: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
D: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,98917
ポリマ－62,7012
非ポリマー2,28815
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9270 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area24110 Å2
手法PISA
15
E: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
F: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,78716
ポリマ－62,7012
非ポリマー2,08614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7970 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area24120 Å2
手法PISA
16
G: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
H: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,77515
ポリマ－62,7012
非ポリマー2,07413
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7230 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area23530 Å2
手法PISA
17
I: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
J: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,59912
ポリマ－62,7012
非ポリマー1,89810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7710 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area23850 Å2
手法PISA
18
K: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
L: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,84617
ポリマ－62,7012
非ポリマー2,14515
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7430 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area23840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.185, 97.298, 112.738
Angle α, β, γ (deg.)102.97, 106.21, 112.66
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB


分子量: 31350.404 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
株: AYE / 遺伝子: ABAYE3578, APHA1-IAB / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0VD92, kanamycin kinase

-
非ポリマー , 7種, 2949分子

#2: 化合物
ChemComp-KAN / KANAMYCIN A


分子量: 484.499 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36N4O11 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-0J9 / 1-tert-butyl-3-(naphthalen-1-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine


分子量: 317.388 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N5
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物...
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2870 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE pH 4.5, 7% PEG3350, 3% DMSO, 2 MM KANAMYCIN, 3 mM 1-NA-PP1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月21日
放射モノクロメーター: DIAMOND(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→80.87 Å / Num. obs: 275562 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.86→1.96 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EJ7

4ej7


解像度: 1.863→54.779 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2159 13290 5.06 %
Rwork0.1639 --
obs0.1665 262197 94.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.863→54.779 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25478 0 865 2870 29213
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00827382
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17337201
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4710115
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0774030
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054827
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8631-1.88430.28919070.257917014X-RAY DIFFRACTION95
1.8843-1.90640.29419100.247517171X-RAY DIFFRACTION95
1.9064-1.92970.28569580.245416884X-RAY DIFFRACTION95
1.9297-1.95410.27769740.225117102X-RAY DIFFRACTION95
1.9541-1.97980.27098980.219217273X-RAY DIFFRACTION96
1.9798-2.0070.25498830.209216940X-RAY DIFFRACTION95
2.007-2.03560.25869170.205417172X-RAY DIFFRACTION96
2.0356-2.0660.25799970.197717142X-RAY DIFFRACTION96
2.066-2.09830.24739650.190716889X-RAY DIFFRACTION95
2.0983-2.13270.24299680.182217156X-RAY DIFFRACTION96
2.1327-2.16950.22729310.179717218X-RAY DIFFRACTION96
2.1695-2.20890.23919620.177117161X-RAY DIFFRACTION96
2.2089-2.25140.23639280.176417038X-RAY DIFFRACTION95
2.2514-2.29740.2339250.177517097X-RAY DIFFRACTION95
2.2974-2.34730.23399330.174717193X-RAY DIFFRACTION96
2.3473-2.40190.2199860.160617061X-RAY DIFFRACTION96
2.4019-2.4620.21939260.161717017X-RAY DIFFRACTION95
2.462-2.52860.2279230.161517139X-RAY DIFFRACTION96
2.5286-2.6030.23089090.165517138X-RAY DIFFRACTION95
2.603-2.6870.22267960.160917193X-RAY DIFFRACTION95
2.687-2.7830.25918710.169816947X-RAY DIFFRACTION95
2.783-2.89440.23168790.165416924X-RAY DIFFRACTION94
2.8944-3.02620.22288560.165816902X-RAY DIFFRACTION94
3.0262-3.18570.22567820.165216722X-RAY DIFFRACTION93
3.1857-3.38530.20038760.147516734X-RAY DIFFRACTION93
3.3853-3.64660.19028330.145416662X-RAY DIFFRACTION92
3.6466-4.01350.16618760.125916730X-RAY DIFFRACTION93
4.0135-4.5940.15198450.119516774X-RAY DIFFRACTION93
4.594-5.78690.1839190.14216858X-RAY DIFFRACTION94
5.7869-54.8030.20098120.171216087X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.44811.0762-0.30315.270.79050.4277-0.08410.2978-0.104-0.29140.01310.1279-0.0319-0.03650.09740.27060.0103-0.02610.30040.04640.178574.730251.6367-39.0333
22.141-0.7101-0.5211.25360.07861.1926-0.0961-0.1957-0.07670.1145-0.0008-0.14080.03580.15120.10270.2809-0.008-0.0290.28390.03960.297887.787654.2819-19.3391
33.2686-0.949-1.34943.39711.32942.00230.13730.47950.0603-0.5808-0.19930.5843-0.2254-0.2856-0.00660.3311-0.0079-0.10970.31710.01260.325462.516162.5543-39.5162
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163.1610.4221-0.35842.374-0.43871.8543-0.00850.1890.46090.08190.0230.1743-0.1712-0.1623-0.01210.21550.05160.00660.26330.01840.2758-1.614414.2141-47.612
171.6119-0.28940.22821.8556-0.50192.5451-0.14030.3855-0.3615-0.27850.12050.22450.4109-0.1675-0.00690.2788-0.10450.00630.3262-0.08470.333676.817427.538914.296
181.7895-0.48260.21232.0831-0.39170.8938-0.09310.01850.1699-0.05870.0569-0.0786-0.0134-0.02410.03760.2396-0.01810.00370.2643-0.02720.245885.172547.632728.7765
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236.24840.24962.39312.1181-1.19923.3064-0.03540.5042-0.0168-0.25740.1220.06530.08240.0853-0.09080.2240.00740.02690.263-0.04180.212614.140531.1666-19.1641
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
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2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resi 103:271
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る