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- PDB-4feu: Crystal structure of the aminoglycoside phosphotransferase APH(3'... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4feu | ||||||
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Title | Crystal structure of the aminoglycoside phosphotransferase APH(3')-Ia, with substrate kanamycin and small molecule inhibitor anthrapyrazolone SP600125 | ||||||
![]() | Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / anthrapyrazolone / SP600125 / protein kinase inhibitor / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / EUKARYOTIC PROTEIN KINASE-LIKE FOLD / ALPHA/BETA PROTEIN / TRANSFERASE / PHOSPHOTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE PHOSPHOTRANSFERASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / AMINOGLYCOSIDES / KANAMYCIN / GTP / INTRACELLULAR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() kanamycin kinase / kanamycin kinase activity / phosphorylation / response to antibiotic / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Egorova, O. / Di Leo, R. / Shakya, T. / Spanogiannopoulos, P. / Wright, G.D. / Savchenko, A. ...Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Egorova, O. / Di Leo, R. / Shakya, T. / Spanogiannopoulos, P. / Wright, G.D. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure-guided optimization of protein kinase inhibitors reverses aminoglycoside antibiotic resistance. Authors: Stogios, P.J. / Spanogiannopoulos, P. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Shakya, T. / Todorovic, N. / Capretta, A. / Wright, G.D. / Savchenko, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 540.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 63.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 87.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4ej7SC ![]() 4fevC ![]() 4fewC ![]() 4fexC ![]() 4gkhC ![]() 4gkiC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 31350.404 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-KAN / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 Details: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 8% PEG3350, 3% DMSO, 0.2 M NDSB221, 2 mM kanamycin, 3 mM SP600125, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR scanner 300 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Mar 21, 2011 / Details: BERYLLIUM LENSES |
Radiation | Monochromator: DIAMOND / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.37→20 Å / Num. obs: 67481 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / Redundancy: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 50.58 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 16.35 |
Reflection shell | Resolution: 2.37→2.41 Å / Redundancy: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.423 / % possible all: 98.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB 4EJ7 Resolution: 2.37→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9257 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0
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Displacement parameters | Biso mean: 55.88 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.279 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.37→19.97 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.37→2.43 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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