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- PDB-4fex: Crystal structure of the aminoglycoside phosphotransferase APH(3'... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fex
タイトルCrystal structure of the aminoglycoside phosphotransferase APH(3')-Ia, with substrate kanamycin and small molecule inhibitor tyrphostin AG1478
要素Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
キーワードtransferase/transferase INHIBITOR / tyrphostin / 4-anilinoquinazoline / tyrphostin AG1478 / AG1478 / protein kinase inhibitor / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / EUKARYOTIC PROTEIN KINASE-LIKE FOLD / ALPHA/BETA PROTEIN / TRANSFERASE / PHOSPHOTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE PHOSPHOTRANSFERASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / AMINOGLYCOSIDES / KANAMYCIN / GTP / INTRACELLULAR / transferase-transferase INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


kanamycin kinase / kanamycin kinase activity / phosphorylation / response to antibiotic / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aminoglycoside 3-phosphotransferase / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0TO / ACETATE ION / KANAMYCIN A / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Egorova, O. / Di Leo, R. / Shakya, T. / Spanogiannopoulos, P. / Wright, G.D. / Savchenko, A. ...Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Egorova, O. / Di Leo, R. / Shakya, T. / Spanogiannopoulos, P. / Wright, G.D. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Structure-guided optimization of protein kinase inhibitors reverses aminoglycoside antibiotic resistance.
著者: Stogios, P.J. / Spanogiannopoulos, P. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Shakya, T. / Todorovic, N. / Capretta, A. / Wright, G.D. / Savchenko, A.
履歴
登録2012年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22013年8月7日Group: Database references
改定 1.32013年9月4日Group: Database references
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
B: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
C: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
D: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
E: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,90117
ポリマ－155,1115
非ポリマー3,79112
水3,135174
1
A: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8454
ポリマ－31,0221
非ポリマー8233
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5303
ポリマ－31,0221
非ポリマー5072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8814
ポリマ－31,0221
非ポリマー8593
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8223
ポリマ－31,0221
非ポリマー8002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8223
ポリマ－31,0221
非ポリマー8002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.669, 93.694, 96.318
Angle α, β, γ (deg.)118.84, 103.56, 93.44
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB


分子量: 31022.139 Da / 分子数: 5 / 断片: APHA1-IAB / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
株: AYE / 遺伝子: ABAYE3578, APHA1-IAB / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0VD92, kanamycin kinase

-
非ポリマー , 5種, 186分子

#2: 化合物
ChemComp-KAN / KANAMYCIN A / カナマイシン


分子量: 484.499 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36N4O11 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-0TO / N-(3-chlorophenyl)-6,7-dimethoxyquinazolin-4-amine / AG-1478


分子量: 315.754 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14ClN3O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 2.5
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 14% PEG3350, 0.3 M NDSB221, 2% DMSO, 2 mM kanamycin, 5 mM tyrphostin AG1478, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月18日 / 詳細: BERYLLIUM LENSES
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→20 Å / Num. obs: 45480 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 19.39
反射 シェル解像度: 2.71→2.76 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.043 / Num. unique all: 2305 / Rsym value: 0.562 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHENIX(phenix.phaser)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EJ7

4ej7


解像度: 2.71→19.901 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1939 4.48 %random
Rwork0.184 ---
obs0.1866 45056 97.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.46 Å2 / ksol: 0.302 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.3024 Å20.7903 Å2-2.3843 Å2
2--12.9744 Å21.8103 Å2
3----6.268 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→19.901 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10328 0 259 174 10761
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0110976
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.30414953
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.174067
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081622
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051928
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.71-2.80660.3783980.30398496X-RAY DIFFRACTION98
2.8066-2.91870.34073940.26918544X-RAY DIFFRACTION98
2.9187-3.0510.32823980.23298514X-RAY DIFFRACTION98
3.051-3.21130.344010.21738595X-RAY DIFFRACTION98
3.2113-3.41150.27244000.19798453X-RAY DIFFRACTION98
3.4115-3.67340.23434020.18728514X-RAY DIFFRACTION98
3.6734-4.04030.21424040.16658568X-RAY DIFFRACTION98
4.0403-4.61850.24090.14778521X-RAY DIFFRACTION98
4.6185-5.7950.23353840.16228571X-RAY DIFFRACTION98
5.795-19.90140.19374040.16968431X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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