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Yorodumi- PDB-4fry: The structure of a putative signal-transduction protein with CBS ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4fry | ||||||
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Title | The structure of a putative signal-transduction protein with CBS domains from Burkholderia ambifaria MC40-6 | ||||||
Components | Putative signal-transduction protein with CBS domains | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / CBS domain / SSGCID / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Putative signal-transduction protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Burkholderia ambifaria (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2013 Title: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome. Authors: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...Authors: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4fry.cif.gz | 119.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4fry.ent.gz | 92.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4fry.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4fry_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4fry_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 4fry_validation.xml.gz | 14.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4fry_validation.cif.gz | 18 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/4fry ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/4fry | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3d63C 3dahC 3eizC 3ej2C 3ek2C 3ezoC 3f0fC 3ftpC 3gk0C 3gk3C 3gvfC 3gwaC 3gweC 3imlC 3sz8C 3t4cC 3tmlC 3tmqC 3txyC 3u7jC 3ue9C 3uk1C 3uk2C 3undC 3uptC 3urrC 3uw1C 3uw2C 3uw3C 3v2iC 3v7nC 3v8hC 3v9oC 3v9pC 3vavC 4ddoC 4dfeC 4dheC 4dhkC 4dutC 4dz4C 4e4tC 4efiC 4eg0C 4egjC 4ek2C 4eqyC 4ewgC 4exqC 4f2gC 4f32C 4f3nC 4f3yC 4f4hC 4f7dC 4fk8C 4g1kC 4g67C 4ghkC 4h3yC 4h3zC 4h4gC 2rc3S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17157.734 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia ambifaria (bacteria) / Strain: MC40-6 / Gene: BamMC406_4587 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: B1YXI0 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 40.6 mg/ml BuamA.00062.b.A1.PS01259, 20% PEG 3350, 200mM potassium nitrate, cryo protection 20% PEG 300, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: May 18, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→31.485 Å / Num. obs: 16262 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 39.773 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 9.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2RC3 Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / Highest resolution: 2.1 Å / WRfactor Rfree: 0.2552 / WRfactor Rwork: 0.2141 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7745 / SU B: 9.754 / SU ML: 0.161 / SU R Cruickshank DPI: 0.267 / SU Rfree: 0.2136 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.267 / ESU R Free: 0.214 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 87.53 Å2 / Biso mean: 40.103 Å2 / Biso min: 16.51 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Highest resolution: 2.1 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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