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- PDB-4e4t: Crystal structure of Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, AT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e4t
タイトルCrystal structure of Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, ATPase subunit from Burkholderia ambifaria
要素Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, ATPase subunit
キーワードLYASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / purine biosynthesis / ATP binding / ACAIR / CAIR
機能・相同性
機能・相同性情報


5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide synthase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide synthase activity / phosphoribosylaminoimidazole carboxylase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, ATPase subunit / Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, C-terminal domain / Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase C-terminal domain / ATP-grasp fold, ATP-dependent carboxylate-amine ligase-type / ATP-grasp domain / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / Rudiment single hybrid motif / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 ...Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, ATPase subunit / Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, C-terminal domain / Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase C-terminal domain / ATP-grasp fold, ATP-dependent carboxylate-amine ligase-type / ATP-grasp domain / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / Rudiment single hybrid motif / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia ambifaria (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2012年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年3月28日ID: 3UVZ
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, ATPase subunit
B: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, ATPase subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,3927
ポリマ－87,9122
非ポリマー4805
水14,430801
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area28990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.430, 73.390, 159.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 9 - 398 / Label seq-ID: 30 - 419

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, ATPase subunit


分子量: 43955.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia ambifaria (バクテリア)
株: MC40-6 / 遺伝子: BamMC406_2543 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B1YVV9, phosphoribosylaminoimidazole carboxylase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 801 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.45 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: BuamA.00036.a.A1 PS01234 at 46 mg/mL against Wiz3/4 condition H5, 20% PEG 8000, 0.1 M Hepes pH 7.5, 0.2 M ammonium sulfate, 10% isopropanol with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, ...詳細: BuamA.00036.a.A1 PS01234 at 46 mg/mL against Wiz3/4 condition H5, 20% PEG 8000, 0.1 M Hepes pH 7.5, 0.2 M ammonium sulfate, 10% isopropanol with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 228074h5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 111915 / Num. obs: 111431 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 24.671 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 15.76
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.55-1.590.4732.7433102815899.4
1.59-1.630.43.2733288795099.7
1.63-1.680.3044.2533250771799.9
1.68-1.730.245.4433389756599.9
1.73-1.790.1936.67330307325100
1.79-1.850.1647.9632666708499.9
1.85-1.920.12710.3532058682599.9
1.92-20.112.9731108659399.9
2-2.090.08315.7530187632999.9
2.09-2.190.0718.36290176067100
2.19-2.310.06120.8427593576499.9
2.31-2.450.05523.1726197547399.9
2.45-2.620.04925.6224553516899.9
2.62-2.830.04628.5522637481299.9
2.83-3.10.04231.2420385441199.7
3.1-3.470.03933.7918193403699.6
3.47-40.03635.3915586351998.3
4-4.90.03337.5213959299997.7
4.9-6.930.03136.4610882234197.2
6.930.02836.695754129591.5

-
位相決定

Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å46.22 Å
Translation3 Å46.22 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3q2o

3q2o


解像度: 1.55→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.2 / WRfactor Rwork: 0.1749 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8897 / SU B: 2.866 / SU ML: 0.055 / SU R Cruickshank DPI: 0.0798 / SU Rfree: 0.0794 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2028 5586 5 %RANDOM
Rwork0.1772 ---
obs0.1785 111430 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.64 Å2 / Biso mean: 22.5074 Å2 / Biso min: 9.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.96 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3---0.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5612 0 25 801 6438
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0195824
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023740
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4271.9637984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1139150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.455799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.49823.537229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.75215821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0671541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2932
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216723
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021158
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 382 -
Rwork0.244 7334 -
all-7716 -
obs--99.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.07720.02190.08270.8119-0.05570.2946-0.0367-0.0078-0.0747-0.01820.00940.00130.00430.01910.02730.10160.0309-0.00160.1045-0.01830.1891-26.337-11.964-7.395
20.58230.306-0.36620.1891-0.19640.23540.0576-0.0777-0.0330.0857-0.06920.0127-0.02870.07110.01170.1727-0.00450.01120.1119-0.03050.1484-43.749-1.0411.985
31.3041-0.1317-0.23363.48440.60250.14210.05510.060.03670.0304-0.04460.11510.0023-0.0069-0.01040.1222-0.0151-0.01450.0738-0.02470.1843-57.151-3.9128.113
40.54-0.0141-0.1250.09330.04890.24860.02710.048-0.03360.0196-0.01820.0186-0.0429-0.0004-0.00890.10990.0158-0.01150.123-0.02430.1377-39.5686.276-10.477
51.3209-0.44590.45010.59740.37980.8337-0.01860.0781-0.14350.02860.0450.0051-0.00630.0261-0.02640.09250.0044-0.01240.1689-0.12060.1772-26.479-8.933-28.868
61.1564-1.0875-1.50351.91710.91572.24470.03710.2149-0.1489-0.1044-0.22370.0254-0.0264-0.18620.18660.0353-0.09060.08510.5929-0.49420.433-22.974-12.704-40.391
72.0489-1.2407-2.2960.75681.39832.59650.2995-0.04740.3417-0.15410.0526-0.205-0.2660.0184-0.35210.2039-0.06860.12230.2848-0.07050.1175-1.526.385-51.761
80.5427-0.03490.00290.06880.00210.29950.02690.082-0.0309-0.0310.0205-0.0851-0.0683-0.0275-0.04730.11760.0070.01650.1457-0.03950.1326-15.8368.765-29.317
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 95
2X-RAY DIFFRACTION2A96 - 150
3X-RAY DIFFRACTION3A151 - 193
4X-RAY DIFFRACTION4A194 - 398
5X-RAY DIFFRACTION5B9 - 57
6X-RAY DIFFRACTION6B58 - 107
7X-RAY DIFFRACTION7B108 - 198
8X-RAY DIFFRACTION8B199 - 398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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