PDB-1x3m: Crystal structure of ADP bound Propionate kinase (TdcD) from Salm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1x3m

タイトル

Crystal structure of ADP bound Propionate kinase (TdcD) from Salmonella typhimurium

要素

Propionate kinase

キーワード

TRANSFERASE / Propionate Kinase / TdcD / ADP / L-threonine metabolism / Propionate Metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

propionate kinase / propionate kinase activity / L-threonine catabolic process to propionate / acetate kinase activity / acetate metabolic process / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Simanshu, D.K. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structures of ADP and AMPPNP-bound Propionate Kinase (TdcD) from Salmonella typhimurium: Comparison with Members of Acetate and Sugar Kinase/Heat Shock Cognate 70/Actin Superfamily.
著者: Simanshu, D.K. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.

履歴

登録	2005年5月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: refine_ls_shell / Item: _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free
改定 1.4	2021年8月4日	Group: Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: refine / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _refine.ls_percent_reflns_obs / _struct_ref_seq_dif.details ..._refine.ls_percent_reflns_obs / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1x3m.cif.gz	92.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1x3m.ent.gz	67.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1x3m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/1x3m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/1x3m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1x3nC 1g99S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4fwk-1 4fwr-1 4fwq-1 4xh4-1 4xh5-1 4fwn-1 2e1z-1 4fwm-1 4fws-1 4fwp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Propionate kinase

ヘテロ分子

45.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Propionate kinase

ヘテロ分子

A: Propionate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.516, 110.516, 66.545
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-481- HOH
2	1	A-502- HOH
3	1	A-509- HOH

詳細

The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis:Y, X, -Z

#1: タンパク質	Propionate kinase 分子量: 45246.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: tdcD / プラスミド: pRSET-c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O06961, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; カルボキシル基に移すもの
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.5 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: PEGMME500, PEGMME2000, PEGMME5000, Bis-Tris, Pentaerythritol ethoxylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年6月16日 / 詳細: Osmic mirror
放射	モノクロメーター: Osmic Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→35 Å / Num. obs: 22939 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 17.58 % / B_iso Wilson estimate: 38.39 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 21.55
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / R_merge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 2.88 / Num. unique all: 424150 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
CNS	1.1	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Acetate kinase (PDB:1G99)

1g99

解像度: 2.2→31.9 Å / R_factor R_free error: 0.007 / Data cutoff high absF: 393025.21 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Coordinates of the residues ranging from 39 to 42 and 49 to 58 are tentatie due to poor electron density.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.219	1111	4.8 %	RANDOM
R_work	0.193	-	-	-
all	-	24050	-	-
obs	-	21828	99.3 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 55.985 Å² / k_sol: 0.350611 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.17 Å²	8.17 Å²	-16.34 Å²
2-	-	6.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.29 Å	0.25 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.35 Å	0.33 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→31.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2929	0	27	152	3108

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	22.7
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.73

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.34 Å / R_factor R_free error: 0.03 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.361	145	-
R_work	0.304	3188	-
obs	-	3188	84.3 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param	water_rep.top
X-RAY DIFFRACTION	3	ADP_param.txt	ADP_top.txt

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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