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- PDB-1g99: AN ANCIENT ENZYME: ACETATE KINASE FROM METHANOSARCINA THERMOPHILA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g99
タイトルAN ANCIENT ENZYME: ACETATE KINASE FROM METHANOSARCINA THERMOPHILA
要素ACETATE KINASE
キーワードTRANSFERASE / ALPHA/BETA / ASKHA (ACETATE AND SUGAR KINASES / HSC70 / ACTIN) SUPERFAMILY / CONSERVED EPSILON CONFORMATION / TWO SIMILAR DOMAINS
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate kinase / acetate kinase activity / acetate metabolic process / acetyl-CoA biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetate and butyrate kinases family signature 2. / Acetate/propionate kinase / Aliphatic acid kinase, short-chain, conserved site / Acetate and butyrate kinases family signature 1. / Aliphatic acid kinase, short-chain / Acetokinase family / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Acetate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina thermophila (古細菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Buss, K.A. / Cooper, D.R. / Ingram-Smith, C. / Ferry, J.G. / Sanders, D.A. / Hasson, M.S.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2001
タイトル: Urkinase: structure of acetate kinase, a member of the ASKHA superfamily of phosphotransferases.
著者: Buss, K.A. / Cooper, D.R. / Ingram-Smith, C. / Ferry, J.G. / Sanders, D.A. / Hasson, M.S.
履歴
登録2000年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Advisory / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACETATE KINASE
B: ACETATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,8356
ポリマ－88,7882
非ポリマー1,0474
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7930 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area30210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.3, 67.4, 82.6
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 102.9, 90.0
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ACETATE KINASE


分子量: 44393.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina thermophila (古細菌)
遺伝子: ACK / プラスミド: PML703 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P38502, acetate kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Ammonium sulfate, sodium HEPES, adenosine triphosphate, magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
結晶化
*PLUS
詳細: Buss, K.A., (1997) Protein Sci., 6, 2659.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
20.75 mMATP1drop
30.75 mM1dropMgCl2
4315 mMammonium sulfate1drop
50.8 mMdithiothreitol1drop
625 mMsodium HEPES1drop
71.7 Mammonium sulfate1reservoir
1acetate1drop0.0049mg

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データ収集

回折平均測定温度: 297 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: 0.001 mm Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. all: 33872 / Num. obs: 32857 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 13
反射 シェル解像度: 2.5→2.7 Å / Rsym value: 13 / % possible all: 95
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.5→36 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1877 3266 -RANDOM
Rwork0.1466 ---
all-33872 --
obs-32857 97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.9227 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6056 0 64 158 6278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011602
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.55144
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.17244
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9526
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2179 316 -
Rwork0.1623 --
obs-2879 94.8 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 36 Å / σ(F): 1.5
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.17244
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.9526

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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