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- PDB-3uv4: Crystal Structure of the second bromodomain of human Transcriptio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uv4
タイトルCrystal Structure of the second bromodomain of human Transcription initiation factor TFIID subunit 1 (TAF1)
要素second bromodomain of human Transcription initiation factor TFIID subunit 1 (TAF1)
キーワードTRANSCRIPTION / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of androgen receptor signaling pathway / negative regulation of protein autoubiquitination / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / regulation of cell cycle G1/S phase transition / histone H4K16ac reader activity / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape ...positive regulation of androgen receptor signaling pathway / negative regulation of protein autoubiquitination / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / regulation of cell cycle G1/S phase transition / histone H4K16ac reader activity / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / midbrain development / cellular response to ATP / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / ubiquitin conjugating enzyme activity / MLL1 complex / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / histone acetyltransferase activity / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / transcription regulator inhibitor activity / histone acetyltransferase / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / regulation of signal transduction by p53 class mediator / nuclear receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / mRNA transcription by RNA polymerase II / protein polyubiquitination / p53 binding / kinase activity / cellular response to UV / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein autophosphorylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription regulator complex / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein stabilization / protein heterodimerization activity / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / Bromodomain-like ...TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Transcription initiation factor TFIID subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Keates, T. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
著者: Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Mangos, M. / Keates, T. / Lambert, J.P. / Barsyte-Lovejoy, D. / Felletar, I. / Volkmer, R. / Muller, S. / Pawson, T. / Gingras, A.C. / Arrowsmith, C.H. / Knapp, S.
履歴
登録2011年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月11日Group: Database references
改定 1.22018年1月31日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: second bromodomain of human Transcription initiation factor TFIID subunit 1 (TAF1)
B: second bromodomain of human Transcription initiation factor TFIID subunit 1 (TAF1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0827
ポリマ－36,7092
非ポリマー3735
水5,495305
1
A: second bromodomain of human Transcription initiation factor TFIID subunit 1 (TAF1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5093
ポリマ－18,3541
非ポリマー1542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: second bromodomain of human Transcription initiation factor TFIID subunit 1 (TAF1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5744
ポリマ－18,3541
非ポリマー2193
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.450, 57.800, 123.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 second bromodomain of human Transcription initiation factor TFIID subunit 1 (TAF1) / Cell cycle gene 1 protein / TBP-associated factor 250 kDa / p250 / Transcription initiation factor ...Cell cycle gene 1 protein / TBP-associated factor 250 kDa / p250 / Transcription initiation factor TFIID 250 kDa subunit / TAF(II)250 / TAFII-250 / TAFII250


分子量: 18354.488 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1501-1635 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BA2R, CCG1, CCGS, TAF1, TAF2A / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3
参照: UniProt: P21675, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / Density meas: 55.98 Mg/m3 / 溶媒含有率: 55.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.056M NaH2PO4 1.344M K2HPO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.52 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.52 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 4.7 % / Av σ(I) over netI: 9.7 / 数: 158114 / Rsym value: 0.074 / D res high: 1.89 Å / D res low: 28.9 Å / Num. obs: 33417 / % possible obs: 99.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
5.9828.999.110.020.024.3
4.235.9810010.0240.0244.7
3.454.2310010.0330.0334.7
2.993.4510010.0530.0534.8
2.672.9999.810.0810.0814.8
2.442.6799.710.1380.1384.8
2.262.4499.410.2020.2024.8
2.112.2698.910.2840.2844.8
1.992.1198.610.4730.4734.7
1.891.9997.810.7630.7634.7
反射解像度: 1.89→28.96 Å / Num. all: 33686 / Num. obs: 33417 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.89-1.994.70.76312238747340.76397.8
1.99-2.114.70.4731.62129244920.47398.6
2.11-2.264.80.2842.72031042690.28498.9
2.26-2.444.80.2023.81905040060.20299.4
2.44-2.674.80.1385.61766337080.13899.7
2.67-2.994.80.0819.41615633780.08199.8
2.99-3.454.80.05313.61439930250.053100
3.45-4.234.70.03321.71218225750.033100
4.23-5.984.70.02427.5948320330.024100
5.98-28.94.30.0229.2519211970.0299.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 57.15 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å28.9 Å
Translation2.5 Å28.9 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Ensemble of PDB entries 3HMH, 2GRC, 2OO1, 2OSS, 2OUO, 3DAI, 3D7C, 3DWY, 3G0L, 3GG3

3hmh

2grc

2oo1

2oss

2ouo

3dai

3d7c

3dwy

3g0l

3gg3


解像度: 1.89→28.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / WRfactor Rfree: 0.1994 / WRfactor Rwork: 0.1691 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8694 / SU B: 6.168 / SU ML: 0.082 / SU R Cruickshank DPI: 0.1199 / SU Rfree: 0.1188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.1906 ---
all0.1924 33666 --
obs0.1924 33238 98.73 %-
Rfree---RANDOM
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.86 Å2 / Biso mean: 28.982 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.68 Å20 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→28.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2008 0 23 305 2336
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222084
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3561.9462835
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95533305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8895249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.66225.922103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.50515344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.594154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02385
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.15731267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.093490
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.41352081
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.8038817
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.36311754
LS精密化 シェル解像度: 1.891→1.94 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 123 -
Rwork0.322 2193 -
all-2316 -
obs--94.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0253-1.12050.536710.615-2.1582.21380.16090.0027-0.1694-0.2426-0.12720.04350.24050.0533-0.03370.0934-0.02250.01380.0634-0.03010.0329-0.129-4.038335.1292
22.3397-0.864-0.27364.92220.95542.4610.0711-0.0397-0.04750.0587-0.007-0.26540.10690.2319-0.06410.0761-0.02240.01260.0928-0.0350.03714.63533.048839.6947
34.63570.2443-0.06181.4083-0.0871.9289-0.1369-0.06070.2097-0.02050.0878-0.0012-0.128-0.06390.04910.069-0.00880.00820.0707-0.06040.0608-8.673417.723255.1922
410.84270.36572.8882.09140.04152.6142-0.02280.0392-0.4189-0.12060.02980.15390.0804-0.2585-0.00710.1016-0.0390.03810.104-0.04660.0625-13.56098.671649.2886
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1520 - 1550
2X-RAY DIFFRACTION2A1551 - 1644
3X-RAY DIFFRACTION3B1520 - 1606
4X-RAY DIFFRACTION4B1607 - 1645

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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