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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3uv4 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the second bromodomain of human Transcription initiation factor TFIID subunit 1 (TAF1) | ||||||
![]() | second bromodomain of human Transcription initiation factor TFIID subunit 1 (TAF1) | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of androgen receptor signaling pathway / negative regulation of protein autoubiquitination / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / regulation of cell cycle G1/S phase transition / histone H4K16ac reader activity / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / cellular response to ATP / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex ...positive regulation of androgen receptor signaling pathway / negative regulation of protein autoubiquitination / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / regulation of cell cycle G1/S phase transition / histone H4K16ac reader activity / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / cellular response to ATP / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / midbrain development / ubiquitin conjugating enzyme activity / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / histone acetyltransferase activity / MLL1 complex / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / transcription regulator inhibitor activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / regulation of signal transduction by p53 class mediator / nuclear receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / mRNA transcription by RNA polymerase II / protein polyubiquitination / cellular response to UV / p53 binding / kinase activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein autophosphorylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein stabilization / protein heterodimerization activity / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Keates, T. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family. 著者: Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Mangos, M. / Keates, T. / Lambert, J.P. / Barsyte-Lovejoy, D. / Felletar, I. / Volkmer, R. / Muller, S. / Pawson, T. / Gingras, A.C. / Arrowsmith, C.H. / Knapp, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 95.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 470.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 470.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2nxbC ![]() 2oo1SC ![]() 2ossSC ![]() 2ouoSC ![]() 2rfjC ![]() 3d7cSC ![]() 3daiSC ![]() 3dwySC ![]() 3gg3SC ![]() 3hmeC ![]() 3hmfC ![]() 3hmhSC ![]() 3i3jC ![]() 3iu5C ![]() 3iu6C ![]() 3lxjC ![]() 3mb3C ![]() 3mb4C ![]() 3mqmC ![]() 3nxbC ![]() 3p1cC ![]() 3p1dC ![]() 3q2eC ![]() 3rcwC ![]() 3tlpC ![]() 3uv2C ![]() 3uv5C ![]() 3uvdC ![]() 3uvwC ![]() 3uvxC ![]() 3uvyC ![]() 3uw9C ![]() 2grcS ![]() 3g0lS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18354.488 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1501-1635 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P21675, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / Density meas: 55.98 Mg/m3 / 溶媒含有率: 55.98 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.056M NaH2PO4 1.344M K2HPO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月4日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.52 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 4.7 % / Av σ(I) over netI: 9.7 / 数: 158114 / Rsym value: 0.074 / D res high: 1.89 Å / D res low: 28.9 Å / Num. obs: 33417 / % possible obs: 99.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 1.89→28.96 Å / Num. all: 33686 / Num. obs: 33417 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 14.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 57.15 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Ensemble of PDB entries 3HMH, 2GRC, 2OO1, 2OSS, 2OUO, 3DAI, 3D7C, 3DWY, 3G0L, 3GG3 解像度: 1.89→28.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / WRfactor Rfree: 0.1994 / WRfactor Rwork: 0.1691 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8694 / SU B: 6.168 / SU ML: 0.082 / SU R Cruickshank DPI: 0.1199 / SU Rfree: 0.1188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.86 Å2 / Biso mean: 28.982 Å2 / Biso min: 2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.89→28.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.891→1.94 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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