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Yorodumi- PDB-6ok0: Crystal structure of Sel1 repeat protein from Oxalobacter formigenes -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6ok0 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Sel1 repeat protein from Oxalobacter formigenes | ||||||
Components | (Sel1 repeat protein) x 4 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Sel1 repeat / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | Oxalobacter formigenes OXCC13 (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.174 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Tesar, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Hassan, H. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Crystal structure of Sel1 repeat protein from Oxalobacter formigenes Authors: Chang, C. / Tesar, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Hassan, H. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6ok0.cif.gz | 221.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6ok0.ent.gz | 178.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6ok0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6ok0_validation.pdf.gz | 482.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6ok0_full_validation.pdf.gz | 485.2 KB | Display | |
| Data in XML | 6ok0_validation.xml.gz | 23.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 6ok0_validation.cif.gz | 32 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/6ok0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/6ok0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 4 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 16021.429 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Oxalobacter formigenes OXCC13 (bacteria)Gene: OFBG_00636 / Production host: ![]() |
|---|---|
| #2: Protein | Mass: 15981.360 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Oxalobacter formigenes OXCC13 (bacteria)Gene: OFBG_00636 / Production host: ![]() |
| #3: Protein | Mass: 16020.419 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Oxalobacter formigenes OXCC13 (bacteria)Gene: OFBG_00636 / Production host: ![]() |
| #4: Protein | Mass: 15994.380 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Oxalobacter formigenes OXCC13 (bacteria)Gene: OFBG_00636 / Production host: ![]() |
-Non-polymers , 4 types, 242 molecules 






| #5: Chemical | ChemComp-PGE / |
|---|---|
| #6: Chemical | ChemComp-CL / |
| #7: Chemical | ChemComp-IMD / |
| #8: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.16 Å3/Da / Density % sol: 61.07 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2M magnesium chloride, 0.1M This-HCl, 20% PEG8000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97924 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 28, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97924 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.17→50 Å / Num. obs: 37770 / % possible obs: 93.3 % / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.151 / Χ2: 0.825 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 200503 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.174→39.629 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / Phase error: 24.39 / Stereochemistry target values: MLHL
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 107.11 Å2 / Biso mean: 36.3395 Å2 / Biso min: 7.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.174→39.629 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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