PDB-6q5r: Crystal structure of a CC-Hex mutant that forms an antiparallel f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6q5r

タイトル

Crystal structure of a CC-Hex mutant that forms an antiparallel four-helix coiled coil CC-Hex*-LL-KgEb

要素

CC-Hex*-LL-KgEb

キーワード

DE NOVO PROTEIN / coiled coil / tetramer / synthetic / antiparallel / cc-hex

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.61 Å

データ登録者

Beesley, J.L. / Rhys, G.G. / Wood, C.W. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

資金援助

英国,

ベルギー, 5件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council	BB/J014400/1	英国
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/G036764/1	英国
European Research Council	340764	ベルギー
Biotechnology and Biological Sciences Research Council	BB/R00661X/1	英国
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/K03927X/1	英国

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Navigating the Structural Landscape of De Novo alpha-Helical Bundles.
著者: Rhys, G.G. / Wood, C.W. / Beesley, J.L. / Zaccai, N.R. / Burton, A.J. / Brady, R.L. / Thomson, A.R. / Woolfson, D.N.

履歴

登録	2018年12月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月19日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6q5r.cif.gz	153.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6q5r.ent.gz	126.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6q5r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6q5r_validation.pdf.gz	508.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6q5r_full_validation.pdf.gz	513.5 KB	表示
XML形式データ	6q5r_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	6q5r_validation.cif.gz	26.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/6q5r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/6q5r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6q5hC 6q5iC 6q5jC 6q5kC 6q5lC 6q5mC 6q5nC 6q5oC 6q5pC 6q5qC 6q5sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vfk-d 1jpe-d 6ok0-3 1e86-d 2ylg-d 1e83-d 6q5s-d 5jve-d 5jt4-d 6ot8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CC-Hex*-LL-KgEb

B: CC-Hex*-LL-KgEb

C: CC-Hex*-LL-KgEb

D: CC-Hex*-LL-KgEb

E: CC-Hex*-LL-KgEb

F: CC-Hex*-LL-KgEb

G: CC-Hex*-LL-KgEb

H: CC-Hex*-LL-KgEb

I: CC-Hex*-LL-KgEb

J: CC-Hex*-LL-KgEb

K: CC-Hex*-LL-KgEb

L: CC-Hex*-LL-KgEb

ヘテロ分子

39 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CC-Hex*-LL-KgEb

B: CC-Hex*-LL-KgEb

C: CC-Hex*-LL-KgEb

D: CC-Hex*-LL-KgEb

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
13 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: CC-Hex*-LL-KgEb

F: CC-Hex*-LL-KgEb

G: CC-Hex*-LL-KgEb

H: CC-Hex*-LL-KgEb

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
13 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

I: CC-Hex*-LL-KgEb

J: CC-Hex*-LL-KgEb

K: CC-Hex*-LL-KgEb

L: CC-Hex*-LL-KgEb

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
12.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.626, 46.748, 48.162
Angle α, β, γ (deg.)	88.70, 61.70, 81.67
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質・ペプチド	CC-Hex-LL-KgEb 分子量: 3234.871 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.63 M ammonium sulfate, 0.1 M lithium sulfate, 50 mM Tris

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9686 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.61→42.34 Å / Num. obs: 43409 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 14.89 Å² / CC_1/2: 0.945 / R_merge(I) obs: 0.173 / R_pim(I) all: 0.173 / R_rim(I) all: 0.244 / Χ²: 0.75 / Net I/σ(I): 4.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.4 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.61-1.65	0.987	2.6	3130	0.503	0.987	1.396	0.6	95.4
7.2-42.34	0.236	8.8	500	0.927	0.236	0.334	2.28	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
DIALS	1.10.3	データ削減
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.61→39.974 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2365	2076	4.79 %	RANDOM
R_work	0.1958	-	-	-
obs	0.1977	43308	96.62 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.61→39.974 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2715	0	12	276	3003

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2884
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.777	3866
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	1.717	2321
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	461
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	470

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.61-1.6474	0.2805	127	0.2178	2551	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6474-1.6886	0.2516	144	0.2245	2699	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6886-1.7343	0.2546	147	0.2282	2718	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7343-1.7853	0.276	129	0.2239	2736	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7853-1.843	0.2593	138	0.2183	2713	X-RAY DIFFRACTION	96
1.843-1.9088	0.232	141	0.1987	2725	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9088-1.9852	0.2349	150	0.2027	2753	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9852-2.0756	0.2638	133	0.1928	2790	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0756-2.185	0.2211	150	0.185	2760	X-RAY DIFFRACTION	97
2.185-2.3219	0.2409	150	0.1907	2739	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3219-2.5012	0.2344	139	0.1918	2784	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5012-2.7528	0.2102	143	0.181	2805	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7528-3.151	0.2351	143	0.197	2790	X-RAY DIFFRACTION	98
3.151-3.9694	0.1937	101	0.1787	2857	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9694-39.9858	0.2607	141	0.2029	2812	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2289	-1.7227	-1.3979	6.3368	4.3294	4.39	-0.0535	0.0417	0.0262	0.3023	0.2823	-0.703	0.1666	0.1062	-0.111	0.0683	-0.0135	-0.015	0.1323	0.0144	0.189	2.7556	-3.9662	-0.7364
2	1.2982	1.267	0.0316	5.3494	1.2081	1.5554	-0.1017	0.0907	0.0338	-0.1431	-0.0051	0.7364	-0.0979	-0.0286	0.102	0.0471	-0.0097	-0.0095	0.1229	0.0141	0.1387	-10.8748	-2.4259	-1.1214
3	2.4117	-2.2948	-1.1825	5.5451	2.4327	2.0144	0.016	0.0202	0.0373	0.6816	-0.0389	-0.3503	0.0642	0.0138	-0.0456	0.0823	-0.0277	0.006	0.1037	0.0252	0.0708	-6.497	-2.3479	5.9314
4	1.7959	1.4429	0.227	4.0124	1.3036	1.3948	-0.1867	0.2556	-0.098	-0.7167	0.4954	-0.9577	-0.2153	0.1203	-0.0779	0.1578	-0.0351	0.0629	0.1183	0.0338	0.1266	-1.549	1.1089	-5.9484
5	2.8273	1.811	1.4097	2.3402	2.3213	3.1861	-0.1965	0.0614	0.0565	-0.5853	0.2851	0.0158	-0.1966	0.0719	-0.1089	0.087	-0.0232	0.0038	0.1226	0.027	0.0999	-29.4179	-4.9599	-8.0605
6	3.4546	-3.9044	-1.1274	5.2723	2.6259	3.0185	-0.2715	-0.3578	-0.0428	0.5765	0.4421	-0.3173	0.091	0.2369	-0.1259	0.1063	0.0167	-0.005	0.1865	0.0308	0.1279	-24.177	-7.8558	3.9481
7	2.1949	1.9418	1.2905	5.9163	4.3148	4.933	-0.2508	-0.0221	0.0422	-0.4688	0.5429	-0.4578	-0.2277	0.439	-0.138	0.0833	0.0054	0.0024	0.1402	0.0064	0.1673	-20.213	-3.7778	-1.5273
8	1.7527	-1.5137	0.0583	1.8307	0.9472	1.9253	-0.142	0.0379	-0.0589	-0.1095	0.1804	0.6114	0.0804	-0.0404	0.0314	0.0562	-0.0092	0.0024	0.1103	0.0168	0.1649	-33.4635	-4.512	-1.012
9	1.0989	-0.0374	-0.7224	1.242	-0.8368	1.746	-0.0991	0.0916	-0.002	-0.5199	0.1177	0.2792	-0.0811	-0.1693	0.0142	0.1924	-0.0335	-0.027	0.1436	0.0316	0.0792	-18.8095	-2.4355	14.9492
10	0.8168	0.136	-0.6789	3.7955	3.8404	4.6196	-0.194	-0.0311	-0.0568	-0.0887	0.3066	-0.5156	-0.1557	0.258	-0.0179	0.2364	-0.0192	-0.0263	0.1194	0.0464	0.1368	-11.1768	-4.9597	26.1309
11	0.6208	0.153	-0.0182	4.0944	-0.8595	1.3212	0.0104	-0.0552	-0.045	0.6521	0.0187	0.6842	0.0129	-0.1414	-0.0923	0.2388	-0.0312	0.0305	0.1319	0.0351	0.0829	-18.7502	-7.5789	25.0529
12	0.7081	0.2958	1.2883	2.9891	2.6761	3.6123	0.0265	-0.0086	-0.0775	-0.1951	0.07	-0.5825	-0.026	-0.0874	-0.0972	0.2097	-0.0474	0.0658	0.1053	0.0093	0.1047	-11.0501	-4.9758	14.2658

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 1:30)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resseq 1:30)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resseq 1:30)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resseq 1:30)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain E and resseq 1:30)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain F and resseq 1:30)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain G and resseq 1:30)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain H and resseq 1:30)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain I and resseq 1:30)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain J and resseq 1:30)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain K and resseq 1:30)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain L and resseq 1:30)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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