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- PDB-6q5p: Crystal structure of a CC-Hex mutant that forms a parallel six-he... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6q5p | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of a CC-Hex mutant that forms a parallel six-helix coiled coil CC-Hex*-II | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | CC-Hex*![]() DE NOVO PROTEIN / coiled coil / hexamer / synthetic / parallel / cc-hex | Function / homology | PHOSPHATE ION | ![]() Biological species | synthetic construct (others) | Method | ![]() ![]() ![]() ![]() Rhys, G.G. / Wood, C.W. / Beesley, J.L. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N. | Funding support | | ![]() ![]()
![]() ![]() Title: Navigating the Structural Landscape of De Novo alpha-Helical Bundles. Authors: Rhys, G.G. / Wood, C.W. / Beesley, J.L. / Zaccai, N.R. / Burton, A.J. / Brady, R.L. / Thomson, A.R. / Woolfson, D.N. History |
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Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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-Validation report
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6q5hC ![]() 6q5iC ![]() 6q5jC ![]() 6q5kC ![]() 6q5lC ![]() 6q5mC ![]() 6q5nC ![]() 6q5oC ![]() 6q5qC ![]() 6q5rC ![]() 6q5sC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein/peptide | Mass: 3234.871 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 50 mM SPG buffer (succinic acid, sodium phosphate monobasic monohydrate, glycine), 25 % w/v PEG1500 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 22, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9163 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.44→82.61 Å / Num. obs: 33440 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 19.9 % / Biso Wilson estimate: 16.501 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.151 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 11.5 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.7 Å / Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.751 Å2
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Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.44→54.41 Å
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Refine LS restraints |
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