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- PDB-6q5l: Crystal structure of a CC-Hex mutant that forms an antiparallel f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q5l
タイトルCrystal structure of a CC-Hex mutant that forms an antiparallel four-helix coiled coil CC-Hex*-L24H
要素CC-Hex*-L24H
キーワードDE NOVO PROTEIN / coiled coil / tetramer / synthetic / antiparallel / cc-hex
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Rhys, G.G. / Wood, C.W. / Beesley, J.L. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
資金援助 英国, ベルギー, 5件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J014400/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/G036764/1 英国
European Research Council340764 ベルギー
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/R00661X/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/K03927X/1 英国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Navigating the Structural Landscape of De Novo alpha-Helical Bundles.
著者: Rhys, G.G. / Wood, C.W. / Beesley, J.L. / Zaccai, N.R. / Burton, A.J. / Brady, R.L. / Thomson, A.R. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2018年12月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: CC-Hex*-L24H
A: CC-Hex*-L24H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7153
ポリマ－6,5202
非ポリマー1951
水50428
1
B: CC-Hex*-L24H
A: CC-Hex*-L24H
ヘテロ分子

B: CC-Hex*-L24H
A: CC-Hex*-L24H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4306
ポリマ－13,0394
非ポリマー3902
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area6430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.978, 30.047, 53.871
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 23 / Label seq-ID: 2 - 24

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BA
2AB

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド CC-Hex*-L24H


分子量: 3259.860 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.8 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→27.96 Å / Num. obs: 8784 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 9.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 0.86 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.41-1.453.50.85714520.4920.6651.0080.3970.9
6.31-27.969.10.104231360.9970.0440.111.1898.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
DIALS1.9.3-gb491019aデータ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.41→26.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 3.427 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.082 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24689 411 4.7 %RANDOM
Rwork0.21067 ---
obs0.21235 8356 95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 29.959 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å20 Å20 Å2
2---1.69 Å20 Å2
3---1.2 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.41→26.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数382 0 12 28 422
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.013409
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.017428
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4791.624547
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4861.586996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.008549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.10624.37516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.7731584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02433
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.0267
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5621.882202
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5561.881202
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8472.772251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.8442.78252
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.3122.766207
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.9332.706205
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.8273.917297
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.80225.59477
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.82625.783478
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 619 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1B
2A
LS精密化 シェル解像度: 1.41→1.447 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 22 -
Rwork0.402 430 -
obs--69.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.58550.3722.08942.69540.33079.76320.08730.07060.1675-0.2051-0.1713-0.1719-0.18650.07480.0840.04640.02020.03140.0220.02040.04133.1635.96818.309
20.985-0.145-0.22441.6972-1.11259.26220.00330.09160.1079-0.2653-0.0974-0.2558-0.01130.27880.09410.05850.02470.04180.04290.02410.04696.670.32312.254
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B0 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2A1 - 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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