PDB-6q5j: Crystal structure of a CC-Hex mutant that forms a parallel six-he...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6q5j

タイトル

Crystal structure of a CC-Hex mutant that forms a parallel six-helix coiled coil CC-Hex*-L24E

要素

CC-Hex*-L24E

キーワード

DE NOVO PROTEIN / coiled coil / hexamer / synthetic / parallel / cc-hex

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Rhys, G.G. / Wood, C.W. / Beesley, J.L. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

資金援助

英国,

ベルギー, 5件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council	BB/J014400/1	英国
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/G036764/1	英国
European Research Council	340764	ベルギー
Biotechnology and Biological Sciences Research Council	BB/R00661X/1	英国
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/K03927X/1	英国

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Navigating the Structural Landscape of De Novo alpha-Helical Bundles.
著者: Rhys, G.G. / Wood, C.W. / Beesley, J.L. / Zaccai, N.R. / Burton, A.J. / Brady, R.L. / Thomson, A.R. / Woolfson, D.N.

履歴

登録	2018年12月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月19日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6q5j.cif.gz	83.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6q5j.ent.gz	66.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6q5j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6q5j_validation.pdf.gz	465.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6q5j_full_validation.pdf.gz	466.2 KB	表示
XML形式データ	6q5j_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	6q5j_validation.cif.gz	16.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/6q5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/6q5j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6q5hC 6q5iC 6q5kC 6q5lC 6q5mC 6q5nC 6q5oC 6q5pC 6q5qC 6q5rC 6q5sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3r47-1 4kvv-2 6q5n-2 6q5n-1 6yb2-d 3r48-d 4pna-d 4kvu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CC-Hex*-L24E

B: CC-Hex*-L24E

C: CC-Hex*-L24E

D: CC-Hex*-L24E

E: CC-Hex*-L24E

F: CC-Hex*-L24E

ヘテロ分子

19.9 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.073, 55.073, 138.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-130- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	A	A	1 - 30	2 - 31
2	1	GLY	GLY	B	B	1 - 30	2 - 31
1	2	GLY	GLY	A	A	1 - 30	2 - 31
2	2	GLY	GLY	C	C	1 - 30	2 - 31
1	3	GLY	GLY	A	A	1 - 30	2 - 31
2	3	GLY	GLY	D	D	1 - 30	2 - 31
1	4	GLU	GLU	A	A	1 - 23	2 - 24
2	4	GLU	GLU	E	E	1 - 23	2 - 24
1	5	LYS	LYS	A	A	1 - 25	2 - 26
2	5	LYS	LYS	F	F	1 - 25	2 - 26
1	6	GLY	GLY	B	B	1 - 30	2 - 31
2	6	GLY	GLY	C	C	1 - 30	2 - 31
1	7	GLY	GLY	B	B	1 - 30	2 - 31
2	7	GLY	GLY	D	D	1 - 30	2 - 31
1	8	GLU	GLU	B	B	1 - 23	2 - 24
2	8	GLU	GLU	E	E	1 - 23	2 - 24
1	9	LYS	LYS	B	B	1 - 25	2 - 26
2	9	LYS	LYS	F	F	1 - 25	2 - 26
1	10	GLY	GLY	C	C	1 - 30	2 - 31
2	10	GLY	GLY	D	D	1 - 30	2 - 31
1	11	GLU	GLU	C	C	1 - 23	2 - 24
2	11	GLU	GLU	E	E	1 - 23	2 - 24
1	12	LYS	LYS	C	C	1 - 25	2 - 26
2	12	LYS	LYS	F	F	1 - 25	2 - 26
1	13	GLU	GLU	D	D	1 - 23	2 - 24
2	13	GLU	GLU	E	E	1 - 23	2 - 24
1	14	LYS	LYS	D	D	1 - 25	2 - 26
2	14	LYS	LYS	F	F	1 - 25	2 - 26
1	15	GLU	GLU	E	E	1 - 23	2 - 24
2	15	GLU	GLU	F	F	1 - 23	2 - 24

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質・ペプチド	CC-Hex-L24E 分子量: 3250.827 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM NaCl, 50 mM MES buffer and 10% w/v PEG 2000 MME at pH 6.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.97628 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97628 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.69→46.32 Å / Num. all: 610321 / Num. obs: 24910 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.5 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.193 / R_rim(I) all: 0.197 / Χ²: 0.039 / Net I/σ(I): 10.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.69-1.73	24.6	1.154	1809	0.505	0.235	1.178	100
7.56-46.32	19.7	0.041	7200	1	0.011	0.042	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
DIALS	1.8.5-g9e40d7de	データ削減
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.69→43.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 6.566 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.115 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25792	1209	4.9 %	RANDOM
R_work	0.21609	-	-	-
obs	0.21813	23595	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 1.1 Å / 減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.122 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.69→43.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1309	0	24	210	1543

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.015	1396
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	1461
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.618	1.674	1867
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.138	1.689	3411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.025	5	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.959	26.316	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.867	15	296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	192
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1511
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	217
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.01	1.806	714
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.891	1.801	713
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.758	2.645	889
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.759	2.649	890
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.864	2.377	682
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.855	2.377	682
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.765	3.301	978
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.744	24.337	1720
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.503	23.233	1661
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 1.69→1.734 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.324	72	-
R_work	0.391	1729	-
obs	-	-	99.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3855	-0.1489	0.8544	0.7352	-1.2496	6.8541	0.0592	0.0074	0.0804	0.0591	0.0259	0.0662	-0.3552	-0.0408	-0.0851	0.0897	-0.0009	0.0174	0.0055	0.0101	0.0477	-15.925	24.777	-21.668
2	0.5272	-0.2296	0.6113	0.8578	-2.1595	7.4798	0.0426	-0.0306	0.1018	0.0048	-0.0953	-0.0587	-0.1745	0.29	0.0527	0.0549	-0.0296	0.0054	0.033	0.0049	0.0364	-7.683	21.597	-21.734
3	0.6381	-0.0462	-1.2675	0.4477	-0.9426	6.2308	0.0232	-0.0664	0.0472	-0.0182	0.0378	-0.0717	0.0422	0.215	-0.061	0.0307	0.0041	0.0081	0.0487	-0.0103	0.0398	-6.022	12.771	-21.995
4	0.7599	0.0003	-1.1983	0.2031	0.6248	6.2111	0.0284	0.004	-0.051	0.0258	0.0584	-0.0272	0.3602	0.0032	-0.0867	0.0714	-0.0064	-0.0027	0.0325	-0.0003	0.0334	-12.431	6.813	-22.444
5	1.2306	0.1957	-0.4055	0.7515	2.099	6.8158	0.0089	0.0082	0.0156	0.0207	-0.0674	0.0558	0.108	-0.1982	0.0585	0.0381	0.0011	-0.0168	0.0358	-0.0011	0.0599	-22.076	10.377	-19.009
6	1.2557	0.549	1.8926	0.2909	0.5253	6.3569	-0.0988	-0.0165	0.0144	-0.0338	0.0351	0.0401	-0.4293	-0.1705	0.0637	0.0634	0.0188	-0.0312	0.0533	0.034	0.0583	-22.887	19.21	-20.221

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 30
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 30
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 24
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 26

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)