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万見
- PDB-3r48: Crystal structure of a hetero-hexamer coiled coil -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r48
タイトルCrystal structure of a hetero-hexamer coiled coil
要素
  • coiled coil helix W22-L24H
  • coiled coil helix Y15-L24D
キーワードDE NOVO PROTEIN / coiled coil domain / hexamer / KIH interactions / hydrophobic channel / synthetic biology
生物種Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.0011 Å
データ登録者Zaccai, N.R. / Chi, B.H.C. / Woolfson, D.N. / Brady, R.L.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: A de novo peptide hexamer with a mutable channel.
著者: Zaccai, N.R. / Chi, B. / Thomson, A.R. / Boyle, A.L. / Bartlett, G.J. / Bruning, M. / Linden, N. / Sessions, R.B. / Booth, P.J. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2011年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月30日Group: Database references
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / software / struct_conn
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific ..._pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: coiled coil helix W22-L24H
B: coiled coil helix Y15-L24D
C: coiled coil helix Y15-L24D
E: coiled coil helix Y15-L24D
F: coiled coil helix W22-L24H
G: coiled coil helix W22-L24H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8977
ポリマ－19,8056
非ポリマー921
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9330 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area10050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.872, 50.850, 31.681
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-227-

HOH

詳細HEXAMER CONFIRMED BY ANALYTICAL CENTRIFUGATION

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要素

#1: タンパク質・ペプチド coiled coil helix W22-L24H


分子量: 3387.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: Peptide synthesis was carried out according to standard Fmoc SPPS protocols
由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質・ペプチド coiled coil helix Y15-L24D


分子量: 3213.765 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: Peptide synthesis was carried out according to standard Fmoc SPPS protocols
由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M sodium chloride, 0.1M sodium/potassium phosphate pH 6.5, 25% w/v PEG 1000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 14338 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 46.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7_650精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SEMI-REFINED PDB ENTRY 3R46

3r46


解像度: 2.0011→37.212 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.33 / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2768 714 4.99 %
Rwork0.2098 --
obs0.2132 14303 88.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.526 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.305 Å20 Å24.8204 Å2
2--22.8059 Å20 Å2
3----7.0424 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.0011→37.212 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1378 0 6 164 1548
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151553
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8541860
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.89533
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058215
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003229
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0011-2.15560.3556780.26911643X-RAY DIFFRACTION54
2.1556-2.37250.33151440.23412735X-RAY DIFFRACTION90
2.3725-2.71580.28941550.2233054X-RAY DIFFRACTION100
2.7158-3.42120.27551590.21483063X-RAY DIFFRACTION100
3.4212-37.21810.25441780.18923094X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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