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- PDB-6zt1: Two states of a de novo hexameric coiled coil assembly CC-Type2-(... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zt1
タイトルTwo states of a de novo hexameric coiled coil assembly CC-Type2-(LaIdGe)4
要素CC-Type2-(LaIdGe)4
キーワードDE NOVO PROTEIN / coiled coil / de novo peptide / multi-state
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Rhys, G.G. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)340764European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural resolution of switchable states of a de novo peptide assembly.
著者: Dawson, W.M. / Lang, E.J.M. / Rhys, G.G. / Shelley, K.L. / Williams, C. / Brady, R.L. / Crump, M.P. / Mulholland, A.J. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2020年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22025年4月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CC-Type2-(LaIdGe)4
B: CC-Type2-(LaIdGe)4
C: CC-Type2-(LaIdGe)4
D: CC-Type2-(LaIdGe)4
E: CC-Type2-(LaIdGe)4
F: CC-Type2-(LaIdGe)4
G: CC-Type2-(LaIdGe)4
H: CC-Type2-(LaIdGe)4
I: CC-Type2-(LaIdGe)4
J: CC-Type2-(LaIdGe)4
K: CC-Type2-(LaIdGe)4
L: CC-Type2-(LaIdGe)4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,62412
ポリマ－38,62412
非ポリマー00
水2,684149
1
A: CC-Type2-(LaIdGe)4
B: CC-Type2-(LaIdGe)4
C: CC-Type2-(LaIdGe)4
D: CC-Type2-(LaIdGe)4
E: CC-Type2-(LaIdGe)4
F: CC-Type2-(LaIdGe)4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3126
ポリマ－19,3126
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8740 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area9770 Å2
手法PISA
2
G: CC-Type2-(LaIdGe)4
H: CC-Type2-(LaIdGe)4
I: CC-Type2-(LaIdGe)4
J: CC-Type2-(LaIdGe)4
K: CC-Type2-(LaIdGe)4
L: CC-Type2-(LaIdGe)4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3126
ポリマ－19,3126
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8790 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area8920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.920, 128.100, 56.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細 (eV)
11(chain A and ((resid 3 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 3 and (name N or name...
31(chain C and ((resid 3 and (name N or name...
41(chain D and ((resid 3 and (name N or name...
51(chain E and ((resid 3 and (name N or name...
61(chain F and ((resid 3 and (name N or name...
71(chain G and ((resid 3 and (name O or name...
81(chain H and ((resid 3 and (name N or name...
91(chain J and ((resid 3 and (name N or name...
101(chain K and ((resid 3 and (name O or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEILEILE(chain A and ((resid 3 and (name N or name...AA34
12ACEACEGLYGLY(chain A and ((resid 3 and (name N or name...AA0 - 301 - 31
13ACEACEGLYGLY(chain A and ((resid 3 and (name N or name...AA0 - 301 - 31
14ACEACEGLYGLY(chain A and ((resid 3 and (name N or name...AA0 - 301 - 31
15ACEACEGLYGLY(chain A and ((resid 3 and (name N or name...AA0 - 301 - 31
16ACEACEGLYGLY(chain A and ((resid 3 and (name N or name...AA0 - 301 - 31
21ILEILEILEILE(chain B and ((resid 3 and (name N or name...BB34
22ACEACEGLYGLY(chain B and ((resid 3 and (name N or name...BB0 - 301 - 31
23ACEACEGLYGLY(chain B and ((resid 3 and (name N or name...BB0 - 301 - 31
24ACEACEGLYGLY(chain B and ((resid 3 and (name N or name...BB0 - 301 - 31
25ACEACEGLYGLY(chain B and ((resid 3 and (name N or name...BB0 - 301 - 31
26ACEACEGLYGLY(chain B and ((resid 3 and (name N or name...BB0 - 301 - 31
31ILEILEILEILE(chain C and ((resid 3 and (name N or name...CC34
32ACEACEGLYGLY(chain C and ((resid 3 and (name N or name...CC0 - 301 - 31
33ACEACEGLYGLY(chain C and ((resid 3 and (name N or name...CC0 - 301 - 31
34ACEACEGLYGLY(chain C and ((resid 3 and (name N or name...CC0 - 301 - 31
35ACEACEGLYGLY(chain C and ((resid 3 and (name N or name...CC0 - 301 - 31
36ACEACEGLYGLY(chain C and ((resid 3 and (name N or name...CC0 - 301 - 31
41ILEILEILEILE(chain D and ((resid 3 and (name N or name...DD34
42ACEACEGLYGLY(chain D and ((resid 3 and (name N or name...DD0 - 301 - 31
43ACEACEGLYGLY(chain D and ((resid 3 and (name N or name...DD0 - 301 - 31
44ACEACEGLYGLY(chain D and ((resid 3 and (name N or name...DD0 - 301 - 31
45ACEACEGLYGLY(chain D and ((resid 3 and (name N or name...DD0 - 301 - 31
46ACEACEGLYGLY(chain D and ((resid 3 and (name N or name...DD0 - 301 - 31
51ILEILEILEILE(chain E and ((resid 3 and (name N or name...EE34
52ACEACELYSLYS(chain E and ((resid 3 and (name N or name...EE0 - 291 - 30
53ACEACELYSLYS(chain E and ((resid 3 and (name N or name...EE0 - 291 - 30
54ACEACELYSLYS(chain E and ((resid 3 and (name N or name...EE0 - 291 - 30
55ACEACELYSLYS(chain E and ((resid 3 and (name N or name...EE0 - 291 - 30
56ACEACELYSLYS(chain E and ((resid 3 and (name N or name...EE0 - 291 - 30
61ILEILEILEILE(chain F and ((resid 3 and (name N or name...FF34
62ACEACEGLYGLY(chain F and ((resid 3 and (name N or name...FF0 - 301 - 31
63ACEACEGLYGLY(chain F and ((resid 3 and (name N or name...FF0 - 301 - 31
64ACEACEGLYGLY(chain F and ((resid 3 and (name N or name...FF0 - 301 - 31
65ACEACEGLYGLY(chain F and ((resid 3 and (name N or name...FF0 - 301 - 31
66ACEACEGLYGLY(chain F and ((resid 3 and (name N or name...FF0 - 301 - 31
71ILEILEILEILE(chain G and ((resid 3 and (name O or name...GG34
72GLUGLUGLYGLY(chain G and ((resid 3 and (name O or name...GG2 - 303 - 31
73GLUGLUGLYGLY(chain G and ((resid 3 and (name O or name...GG2 - 303 - 31
74GLUGLUGLYGLY(chain G and ((resid 3 and (name O or name...GG2 - 303 - 31
75GLUGLUGLYGLY(chain G and ((resid 3 and (name O or name...GG2 - 303 - 31
76GLUGLUGLYGLY(chain G and ((resid 3 and (name O or name...GG2 - 303 - 31
81ILEILEILEILE(chain H and ((resid 3 and (name N or name...HH34
82GLYGLYGLYGLY(chain H and ((resid 3 and (name N or name...HH1 - 302 - 31
83GLYGLYGLYGLY(chain H and ((resid 3 and (name N or name...HH1 - 302 - 31
84GLYGLYGLYGLY(chain H and ((resid 3 and (name N or name...HH1 - 302 - 31
85GLYGLYGLYGLY(chain H and ((resid 3 and (name N or name...HH1 - 302 - 31
86GLYGLYGLYGLY(chain H and ((resid 3 and (name N or name...HH1 - 302 - 31
91ILEILEILEILE(chain J and ((resid 3 and (name N or name...JJ34
92ACEACEGLYGLY(chain J and ((resid 3 and (name N or name...JJ0 - 301 - 31
93ACEACEGLYGLY(chain J and ((resid 3 and (name N or name...JJ0 - 301 - 31
94ACEACEGLYGLY(chain J and ((resid 3 and (name N or name...JJ0 - 301 - 31
95ACEACEGLYGLY(chain J and ((resid 3 and (name N or name...JJ0 - 301 - 31
96ACEACEGLYGLY(chain J and ((resid 3 and (name N or name...JJ0 - 301 - 31
101ILEILEILEILE(chain K and ((resid 3 and (name O or name...KK34
102GLYGLYLYSLYS(chain K and ((resid 3 and (name O or name...KK1 - 292 - 30
103GLYGLYLYSLYS(chain K and ((resid 3 and (name O or name...KK1 - 292 - 30
104GLYGLYLYSLYS(chain K and ((resid 3 and (name O or name...KK1 - 292 - 30
105GLYGLYLYSLYS(chain K and ((resid 3 and (name O or name...KK1 - 292 - 30
106GLYGLYLYSLYS(chain K and ((resid 3 and (name O or name...KK1 - 292 - 30

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
CC-Type2-(LaIdGe)4


分子量: 3218.627 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.05 M Sodium HEPES, 5% w/v PEG 4000 and 5% v/v 2-Propanol at a pH of 7 (values based on 1:1 dilution of ProPlex B6 crystallisation condition with peptide solution)

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.919 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→58.92 Å / Num. obs: 29226 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 37.11 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.01-2.0813.31.6381.828760.5650.8580.4651.70499.9
8.99-58.929.80.05729.83860.0190.0696.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.01→56.53 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2612 1396 4.78 %
Rwork0.2071 --
obs0.2097 29204 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 148.77 Å2 / Biso mean: 45.6945 Å2 / Biso min: 20.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→56.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2636 0 0 149 2785
Biso mean---51.69 -
残基数----364
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A291X-RAY DIFFRACTION11.478TORSIONAL
12B291X-RAY DIFFRACTION11.478TORSIONAL
13C291X-RAY DIFFRACTION11.478TORSIONAL
14D291X-RAY DIFFRACTION11.478TORSIONAL
15E291X-RAY DIFFRACTION11.478TORSIONAL
16F291X-RAY DIFFRACTION11.478TORSIONAL
17G291X-RAY DIFFRACTION11.478TORSIONAL
18H291X-RAY DIFFRACTION11.478TORSIONAL
19J291X-RAY DIFFRACTION11.478TORSIONAL
110K291X-RAY DIFFRACTION11.478TORSIONAL
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1642-0.41260.10561.81430.51310.8674-0.4673-0.157-0.11461.51660.73850.96980.016-0.20380.01850.4410.11950.09040.39420.07030.261525.400741.47486.3684
21.20440.549-0.09990.3153-0.06580.1292-0.01010.08250.18820.10610.31610.6450.0203-0.15640.00480.33220.00640.00620.38890.07450.319518.962941.8192-0.7766
3-0.3520.86890.54350.59710.72190.499-0.42620.10580.3272-1.25120.67761.00950.2111-0.22270.00110.3564-0.0301-0.0260.42840.07340.383821.919842.0121-9.3143
40.3411-0.2473-0.37221.2453-0.1930.7957-0.42460.0727-0.2626-0.84920.6082-1.11740.0006-0.00590.00910.321-0.04740.02350.3765-0.00580.269430.987541.19-11.7317
52.07910.3738-0.56951.0039-0.64590.3695-0.22520.049-0.2233-0.50740.4463-1.4686-0.09890.2545-0.00090.33290.07960.00880.346-0.020.332937.609841.0198-4.0926
6-0.25790.67080.12921.5592-0.95620.5573-0.2663-0.23370.01431.63060.3748-0.60960.02550.1030.00140.38580.1022-0.05070.386-0.01560.371634.74441.01234.5904
71.9716-1.13960.68950.9111-0.15250.8477-0.06540.4216-0.2645-1.0010.255-0.06410.02820.04110.00450.37360.0147-0.00580.3377-0.06840.333127.968123.162618.6184
82.9213-0.75410.56033.47131.65891.82860.35280.3881-0.301-1.5206-0.2632-0.5248-0.51870.0353-0.04330.23610.03070.05220.2785-0.1020.329135.789722.853622.1296
92.28950.2407-0.14330.9197-0.98330.98590.37270.0418-0.11730.1809-0.1722-1.54840.0810.0847-0.0050.25450.0126-0.05650.2834-0.02570.408738.630721.943730.0571
102.06691.08840.62970.70180.6860.99890.0833-0.5002-0.20171.0310.0153-0.18460.1088-0.06650.00640.3378-0.0207-0.00360.24550.04880.285827.771523.563632.5873
111.4655-0.10130.11110.2320.04240.96140.2122-0.2302-0.26840.1912-0.00811.23970.0829-0.19430.0010.2957-0.0503-0.02140.31130.0650.402720.688722.618527.6837
124.45840.7660.95630.7710.65781.13120.5120.1645-0.15150.25430.02351.5688-0.1023-0.32070.04030.31390.0068-0.04180.3246-0.02220.429417.571922.674120.4207
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 30 )A1 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1 through 30 )B1 - 30
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 1 through 30 )C1 - 30
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 1 through 30 )D1 - 30
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 1 through 29 )E1 - 29
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 1 through 30 )F1 - 30
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G' and (resid 2 through 30 )G2 - 30
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 1 through 30 )H1 - 30
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'I' and (resid 1 through 30 )I1 - 30
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'J' and (resid 1 through 30 )J1 - 30
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'K' and (resid 1 through 29 )K1 - 29
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 1 through 29 )L1 - 29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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