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- PDB-4kvu: Crystal structure of a 6-helix coiled coil CC-Hex-L17C-W224BF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kvu
タイトルCrystal structure of a 6-helix coiled coil CC-Hex-L17C-W224BF
要素6-helix coiled coil CC-Hex-L17C-W224BF
キーワードDE NOVO PROTEIN / De Novo Coiled-coil assembly
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Burton, A.J. / Agnew, C. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Accessibility, Reactivity, and Selectivity of Side Chains within a Channel of de Novo Peptide Assembly.
著者: Burton, A.J. / Thomas, F. / Agnew, C. / Hudson, K.L. / Halford, S.E. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2013年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月11日Group: Database references
改定 1.22025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-helix coiled coil CC-Hex-L17C-W224BF
B: 6-helix coiled coil CC-Hex-L17C-W224BF
C: 6-helix coiled coil CC-Hex-L17C-W224BF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2774
ポリマ－10,1853
非ポリマー921
水1,24369
1
A: 6-helix coiled coil CC-Hex-L17C-W224BF
B: 6-helix coiled coil CC-Hex-L17C-W224BF
C: 6-helix coiled coil CC-Hex-L17C-W224BF
ヘテロ分子

A: 6-helix coiled coil CC-Hex-L17C-W224BF
B: 6-helix coiled coil CC-Hex-L17C-W224BF
C: 6-helix coiled coil CC-Hex-L17C-W224BF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5538
ポリマ－20,3696
非ポリマー1842
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area9110 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area10400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.010, 60.980, 125.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-2-

GLU

21A-101-

GOL

31A-101-

GOL

41A-203-

HOH

51A-208-

HOH

61A-218-

HOH

71A-219-

HOH

81A-220-

HOH

91B-109-

HOH

101B-110-

HOH

111B-111-

HOH

121B-112-

HOH

131B-122-

HOH

141C-103-

HOH

151C-113-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド 6-helix coiled coil CC-Hex-L17C-W224BF


分子量: 3394.838 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.88 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M MOPS, 0.1 M magnesium acetate with 12 % w/v PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 68 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月4日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→31.36 Å / Num. obs: 19390 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2.7 / Observed criterion σ(I): 2.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→30.695 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 22.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2158 927 4.78 %
Rwork0.1944 --
obs0.1954 19055 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30.695 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数650 0 6 69 725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008657
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.017855
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.38242
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039103
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003103
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8950.25191470.25852614X-RAY DIFFRACTION99
1.895-2.01370.22291240.21552647X-RAY DIFFRACTION99
2.0137-2.16910.21191480.19512628X-RAY DIFFRACTION99
2.1691-2.38730.1531230.16462644X-RAY DIFFRACTION99
2.3873-2.73260.1941270.18962627X-RAY DIFFRACTION98
2.7326-3.44210.2411240.19982680X-RAY DIFFRACTION100
3.4421-31.36470.231340.18882623X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9869-0.7242-0.45661.6888-0.59532.9668-0.07150.0072-0.0979-0.0767-0.03890.01620.8430.11090.12480.1432-0.0197-0.0040.09490.01620.1981-26.73-9.012323.036
21.7230.1886-0.12150.9711-1.82794.4280.0930.059-0.0481-0.0352-0.0887-0.03160.16970.94680.05840.11350.0324-0.01150.15110.0160.2333-19.8025-3.146223.1464
31.93590.22732.15081.0839-0.17342.5588-0.10590.16610.06290.03870.031-0.0174-0.74340.5370.16730.1249-0.0344-0.01250.15530.00620.2118-21.73086.255821.6118
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1 : 29 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND (RESID 1 : 30 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C AND (RESID 1 : 27 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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