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- PDB-6g65: Crystal structure of a parallel six-helix coiled coil CC-Type2-VV -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6g65 | |||||||||
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Title | Crystal structure of a parallel six-helix coiled coil CC-Type2-VV | |||||||||
![]() | CC-Type2-VV | |||||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / de novo / coiled coil / alpha-helical bundle / synthetic construct | |||||||||
Biological species | synthetic construct (others) | |||||||||
Method | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Rhys, G.G. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Maintaining and breaking symmetry in homomeric coiled-coil assemblies. Authors: Rhys, G.G. / Wood, C.W. / Lang, E.J.M. / Mulholland, A.J. / Brady, R.L. / Thomson, A.R. / Woolfson, D.N. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 146.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 127.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6g66C ![]() 6g67C ![]() 6g68C ![]() 6g69C ![]() 6g6aC ![]() 6g6bC ![]() 6g6cC ![]() 6g6dC ![]() 6g6eC ![]() 6g6fC ![]() 6g6gC ![]() 6g6hC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein/peptide | Mass: 3122.655 Da / Num. of mol.: 12 / Source method: obtained synthetically Details: solid-phase peptide synthesis using the fmoc-based strategy Source: (synth.) synthetic construct (others) #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.98 Å3/Da / Density % sol: 37.85 % / Mosaicity: 0.42 ° |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 5 mM Manganese(II) chloride tetrahydrate, 50 mM Sodium citrate and 1.25 M 1,6-Hexanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: May 1, 2016 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92819 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.15→14.28 Å / Num. obs: 99219 / % possible obs: 96.4 % / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 7.12 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 622875 / Scaling rejects: 336 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: AB_INITIO |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: AB INITIO PHASING / Resolution: 1.15→13.88 Å / SU ML: 0.09 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.07
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 61.99 Å2 / Biso mean: 13.3263 Å2 / Biso min: 4.75 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.15→13.88 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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