PDB-6g6d: Crystal structure of a parallel six-helix coiled coil CC-Type2-LL-Sg

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g6d

タイトル

Crystal structure of a parallel six-helix coiled coil CC-Type2-LL-Sg

要素

CC-Type2-LL-Sg

キーワード

DE NOVO PROTEIN / de novo / coiled coil / alpha-helical bundle / synthetic construct

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Rhys, G.G. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Maintaining and breaking symmetry in homomeric coiled-coil assemblies.
著者: Rhys, G.G. / Wood, C.W. / Lang, E.J.M. / Mulholland, A.J. / Brady, R.L. / Thomson, A.R. / Woolfson, D.N.

履歴

登録	2018年4月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6g6d.cif.gz	47.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6g6d.ent.gz	38.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6g6d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6g6d_validation.pdf.gz	448.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6g6d_full_validation.pdf.gz	453.1 KB	表示
XML形式データ	6g6d_validation.xml.gz	6.8 KB	表示
CIF形式データ	6g6d_validation.cif.gz	8.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g6d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6g65C 6g66C 6g67C 6g68C 6g69C 6g6aC 6g6bC 6g6cC 6g6eC 6g6fC 6g6gC 6g6hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zt1-2 6g6c-2 6g6c-3 5dow-3 6g6a-1 1etp-1 2f3y-d 5xic-3 4n6c-1 1m70-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CC-Type2-LL-Sg

B: CC-Type2-LL-Sg

C: CC-Type2-LL-Sg

ヘテロ分子

9.99 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CC-Type2-LL-Sg

B: CC-Type2-LL-Sg

C: CC-Type2-LL-Sg

ヘテロ分子

A: CC-Type2-LL-Sg

B: CC-Type2-LL-Sg

C: CC-Type2-LL-Sg

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
20 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.160, 104.160, 104.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	213
Space group name H-M	P4₁32

#1: タンパク質・ペプチド	CC-Type2-LL-Sg 分子量: 3298.871 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成詳細: solid-phase peptide synthesis using the fmoc-based strategy 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	Mosaicity: 0.26 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM Potassium formate and 10 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→73.65 Å / Num. obs: 12704 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 70 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.152 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 25.2 / Num. measured all: 889357 / Scaling rejects: 1550

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.05-2.11	69.8	8.799	957	0.432	1.056	8.863	100
8.94-73.65	53.9	0.09	208	0.997	0.012	0.091	99.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.16 Å	60.14 Å
Translation	4.16 Å	60.14 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
iMOSFLM		データ削減
Aimless	0.5.25	データスケーリング
PHASER	2.6.1	位相決定
REFMAC	5.8.0158	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→73.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 8.141 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.116
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2241	601	4.7 %	RANDOM
R_work	0.1996	-	-	-
obs	0.2007	12054	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 133.83 Å² / B_iso mean: 62.853 Å² / B_iso min: 37.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.05→73.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	693	0	6	17	716
B_iso mean	-	-	116.48	66.61	-
残基数	-	-	-	-	92

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.039	0.02	736
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	754
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	3.309	2.04	996
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.372	2.998	1772
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.9	5	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.303	26.667	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.681	15	161
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.192	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.017	0.02	803
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	117

LS精密化シェル

解像度: 2.051→2.104 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.363	39	-
R_work	0.375	862	-
all	-	901	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5037	1.0536	1.9779	0.5305	1.348	3.7874	-0.0638	0.011	-0.036	-0.0229	-0.0593	0.0395	-0.0935	-0.2495	0.1231	0.1447	0.05	0.1182	0.1305	0.0285	0.1121	14.856	12.1582	0.2359
2	2.6207	0.1899	3.4266	0.2106	-0.3412	6.4907	-0.2273	-0.0764	-0.2128	-0.0872	-0.0865	-0.1708	0.0029	-0.0245	0.3137	0.1221	0.0003	0.1642	0.13	-0.001	0.2536	20.0445	6.997	-2.203
3	6.6954	1.0348	1.9999	0.5531	1.1008	2.1998	0.3721	0.0886	-0.171	-0.2914	-0.1106	-0.1436	-0.5938	-0.274	-0.2616	0.3292	0.1386	0.0951	0.1321	0.0101	0.0659	13.2595	19.6233	-1.2087

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	0 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	0 - 30
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 30

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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