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- PDB-6g67: Crystal structure of a parallel eight-helix coiled coil CC-Type2-II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g67
タイトルCrystal structure of a parallel eight-helix coiled coil CC-Type2-II
要素CC-Type2-II
キーワードDE NOVO PROTEIN / de novo / coiled coil / alpha-helical bundle / synthetic construct
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Rhys, G.G. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/G036764/1 英国
European Research Council340764 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Maintaining and breaking symmetry in homomeric coiled-coil assemblies.
著者: Rhys, G.G. / Wood, C.W. / Lang, E.J.M. / Mulholland, A.J. / Brady, R.L. / Thomson, A.R. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2018年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CC-Type2-II
B: CC-Type2-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5623
ポリマ－6,4702
非ポリマー921
水1,24369
1
A: CC-Type2-II
B: CC-Type2-II
ヘテロ分子

A: CC-Type2-II
B: CC-Type2-II
ヘテロ分子

A: CC-Type2-II
B: CC-Type2-II
ヘテロ分子

A: CC-Type2-II
B: CC-Type2-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,24712
ポリマ－25,8798
非ポリマー3684
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_755-y+2,x,z1
crystal symmetry operation4_575y,-x+2,z1
Buried area13860 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area12230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.110, 48.110, 126.969
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-101-

GOL

21A-132-

HOH

31A-135-

HOH

41A-136-

HOH

51A-137-

HOH

61A-138-

HOH

71B-225-

HOH

81B-229-

HOH

91B-230-

HOH

101B-231-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド CC-Type2-II


分子量: 3234.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: solid-phase peptide synthesis using the fmoc-based strategy
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.67 % / Mosaicity: 0.26 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Sodium citrate tribasic dihydrate, 50 mM Sodium cacodylate and 15% v/v 2-Propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→63.48 Å / Num. obs: 7676 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.1 % / Biso Wilson estimate: 27.49 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.77-1.8119.20.8324140.9020.1930.855100
9.03-63.4814.60.051820.9960.0160.05499.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.77 Å63.48 Å
Translation1.77 Å63.48 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLMデータ削減
Aimless0.5.31データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.77→44.988 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2367 377 4.92 %
Rwork0.2037 --
obs0.2053 7661 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 71.65 Å2 / Biso mean: 30.7111 Å2 / Biso min: 13.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→44.988 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数458 0 6 69 533
Biso mean--59.56 42.63 -
残基数----64
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008556
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.968770
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04493
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00695
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.156238
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.7702-2.02630.29041250.23323572482
2.0263-2.55290.24351320.209223882520
2.5529-45.00290.22411200.196625392659

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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