PDB-6g68: Crystal structure of a parallel six-helix coiled coil CC-Type2-IL-Sg

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g68

タイトル

Crystal structure of a parallel six-helix coiled coil CC-Type2-IL-Sg

要素

CC-Type2-IL-Sg

キーワード

DE NOVO PROTEIN / de novo / coiled coil / alpha-helical bundle / synthetic construct

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Rhys, G.G. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Maintaining and breaking symmetry in homomeric coiled-coil assemblies.
著者: Rhys, G.G. / Wood, C.W. / Lang, E.J.M. / Mulholland, A.J. / Brady, R.L. / Thomson, A.R. / Woolfson, D.N.

履歴

登録	2018年4月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6g68.cif.gz	228.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6g68.ent.gz	190.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g68 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g68	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6g65C 6g66C 6g67C 6g69C 6g6aC 6g6bC 6g6cC 6g6dC 6g6eC 6g6fC 6g6gC 6g6hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2rci-d 6g6g-1 5f6u-d 3a4s-1 4tky-2 3piw-d 5f6d-d 1v7r-d 6cay-2 4cq1-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CC-Type2-IL-Sg

B: CC-Type2-IL-Sg

C: CC-Type2-IL-Sg

D: CC-Type2-IL-Sg

E: CC-Type2-IL-Sg

F: CC-Type2-IL-Sg

G: CC-Type2-IL-Sg

H: CC-Type2-IL-Sg

I: CC-Type2-IL-Sg

J: CC-Type2-IL-Sg

K: CC-Type2-IL-Sg

L: CC-Type2-IL-Sg

M: CC-Type2-IL-Sg

N: CC-Type2-IL-Sg

O: CC-Type2-IL-Sg

P: CC-Type2-IL-Sg

Q: CC-Type2-IL-Sg

R: CC-Type2-IL-Sg

ヘテロ分子

59.6 kDa, 18 ポリマー
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1

A: CC-Type2-IL-Sg

B: CC-Type2-IL-Sg

C: CC-Type2-IL-Sg

D: CC-Type2-IL-Sg

E: CC-Type2-IL-Sg

F: CC-Type2-IL-Sg

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
19.8 kDa, 6 ポリマー
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2

G: CC-Type2-IL-Sg

H: CC-Type2-IL-Sg

I: CC-Type2-IL-Sg

J: CC-Type2-IL-Sg

K: CC-Type2-IL-Sg

L: CC-Type2-IL-Sg

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
20 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

M: CC-Type2-IL-Sg

N: CC-Type2-IL-Sg

O: CC-Type2-IL-Sg

P: CC-Type2-IL-Sg

Q: CC-Type2-IL-Sg

R: CC-Type2-IL-Sg

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
19.8 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.361, 90.030, 112.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-120- HOH
2	1	A-122- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	CC-Type2-IL-Sg 分子量: 3298.871 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成詳細: solid-phase peptide synthesis using the fmoc-based strategy 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.56 % / Mosaicity: 0.38 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM Ammonium Sulfate and 15% w/v PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.92819 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→90.03 Å / Num. obs: 43994 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.153 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 530587 / Scaling rejects: 367

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.95-2	12.1	2.284	3001	0.328	0.679	2.384	100
8.94-90.03	12	0.042	546	0.999	0.012	0.044	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.36 Å	70.29 Å
Translation	4.36 Å	70.29 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
iMOSFLM		データ削減
Aimless	0.5.27	データスケーリング
PHASER	2.6.1	位相決定
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→70.285 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.78

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2105	2119	4.82 %
R_work	0.1793	-	-
obs	0.1809	43920	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 138.06 Å² / B_iso mean: 40.8303 Å² / B_iso min: 12.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→70.285 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4144	0	10	231	4385
B_iso mean	-	-	92.16	47.13	-
残基数	-	-	-	-	545

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4409
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.839	5927
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	699
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	706
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.62	2863

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.95-1.9954	0.3247	130	0.2785	2712	2842
1.9954-2.0453	0.2839	140	0.2509	2758	2898
2.0453-2.1006	0.2739	151	0.2406	2741	2892
2.1006-2.1624	0.2422	138	0.2046	2754	2892
2.1624-2.2322	0.2233	140	0.1811	2743	2883
2.2322-2.312	0.1919	127	0.1796	2761	2888
2.312-2.4046	0.2258	149	0.1716	2754	2903
2.4046-2.514	0.1863	156	0.1637	2752	2908
2.514-2.6466	0.2095	138	0.1715	2785	2923
2.6466-2.8124	0.2312	132	0.1843	2798	2930
2.8124-3.0295	0.2216	143	0.1749	2774	2917
3.0295-3.3344	0.2059	132	0.1755	2812	2944
3.3344-3.8169	0.2151	135	0.1761	2820	2955
3.8169-4.8087	0.1705	145	0.1494	2860	3005
4.8087-70.3308	0.2055	163	0.1866	2977	3140

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9068	-1.4089	0.4292	8.4286	-2.9378	2.9894	-0.14	-0.0735	0.2583	0.131	-0.0055	-1.0196	-0.1928	0.2189	0.2555	0.1721	-0.0213	-0.0323	0.258	0.0182	0.2543	49.0965	27.8998	22.3202
2	2.3307	1.3858	-1.112	4.4645	-5.3945	5.0103	-0.2528	0.2015	0.0525	-0.4927	0.3631	-0.3051	0.3493	-0.0807	-0.0062	0.1573	-0.0328	-0.0349	0.2184	0.0147	0.2077	45.5872	25.2794	14.9088
3	5.2985	4.0425	-3.1294	6.8971	-6.5891	6.9084	-0.1025	0.3119	-0.2245	-1.3572	0.58	0.653	0.8283	-0.5138	-0.4401	0.285	-0.0909	-0.1435	0.3198	0.1013	0.3451	37.787	24.6654	12.2265
4	4.0346	0.7448	-0.5831	2.9219	0.2014	0.2057	0.0391	-0.0435	-0.4752	-0.1927	0.5185	0.7696	0.0894	-0.4856	-0.4643	0.2139	-0.0574	-0.1084	0.4182	0.2038	0.5336	30.3455	27.9108	14.1884
5	2.5819	0.9617	0.7884	8.623	4.4023	3.6419	0.0203	0.0053	-0.0836	0.1724	0.2254	-0.423	0.1506	0.3938	-0.4419	0.1758	-0.005	-0.0269	0.2361	0.0447	0.1784	19.8509	35.359	13.0007
6	1.3299	1.3034	0.3475	2.8562	2.9803	4.0607	-0.0845	-0.0098	0.1025	0.0976	-0.1285	0.5547	0.2676	-0.3515	0.3042	0.1532	-0.0582	0.0047	0.2689	-0.0062	0.257	0.6528	33.6407	9.9909
7	0.981	-0.1025	-0.0864	4.4351	5.2829	5.5648	-0.1426	-0.2007	-0.0716	0.881	0.0173	0.5786	0.8089	-0.2016	0.1658	0.2509	-0.0948	0.0307	0.2828	0.01	0.2064	5.084	31.6754	16.9447
8	1.2148	-0.12	-0.3109	2.2879	3.4778	6.4098	0.0134	-0.0238	-0.0713	0.7922	-0.0862	0.0402	0.6154	-0.0369	-0.0105	0.2215	-0.0483	-0.015	0.2313	0.0242	0.189	13.7557	31.71	17.2692
9	1.7982	1.0909	2.2594	3.5149	4.4637	7.4284	-0.0918	0.0284	0.0883	-0.3153	-0.091	0.2723	-0.3957	-0.1784	0.1872	0.1709	-0.0093	-0.0008	0.1999	0.0298	0.1693	10.9676	40.422	7.1562
10	4.7623	-2.48	2.1678	3.6202	-4.7846	6.1437	-0.2915	-0.0954	0.3921	0.9023	0.1915	-0.3046	-0.696	-0.089	0.0677	0.2128	0.0194	-0.0344	0.2133	0.0024	0.2295	44.9377	28.3416	29.6928
11	1.8547	-2.0224	1.7243	5.3888	-3.1242	4.3944	-0.0951	-0.1417	-0.0886	0.2564	0.6901	1.0425	-0.2855	-0.6165	-0.6553	0.1638	0.0269	0.0131	0.3486	0.1232	0.3597	35.0368	30.6112	22.0103
12	4.017	3.2723	2.4951	6.9385	3.4459	3.2625	-0.1901	0.305	0.0927	-0.5749	0.1731	-0.2861	-0.4125	0.3215	-0.164	0.1953	-0.0376	0.0205	0.2381	0.0617	0.1924	20.506	40.2795	6.0901
13	8.7557	-4.8438	-0.8951	9.1256	-1.7508	4.7284	-0.0697	-0.3692	-0.6773	0.6215	-0.3698	-0.1976	0.1402	0.5624	0.2082	0.4134	-0.1176	-0.017	0.2995	0.1222	0.2368	0.2927	26.1656	47.4511
14	8.6681	-0.3906	-3.933	2.9323	1.6013	6.093	-0.0861	-0.1048	-0.2665	0.1882	-0.2214	-0.0232	-0.1921	0.674	0.3142	0.4089	-0.0934	0.0448	0.3759	0.0909	0.2233	10.4446	34.1697	33.3206
15	7.4738	-2.6785	-2.7115	8.8177	0.9589	3.6711	0.3912	0.6787	-0.3311	-0.4361	-0.6749	-0.2138	-0.1847	0.0657	0.3537	0.3281	-0.0074	0.0336	0.2566	0.0505	0.2319	3.1828	30.248	33.1265
16	6.7849	-1.6622	-1.0102	6.4001	-0.8052	4.5452	0.047	0.054	-0.7892	-0.0924	-0.3635	-0.1235	0.4626	0.3259	0.2199	0.3882	-0.0349	0.0162	0.1653	0.075	0.2514	-0.5773	25.9854	39.518
17	8.8447	-4.0354	-4.3604	8.6601	1.6641	6.8989	0.8478	-0.6203	0.7745	0.3293	-0.7204	-0.9078	-0.8009	0.8188	-0.0616	0.5243	-0.2707	-0.022	0.4172	0.0751	0.3113	7.3723	35.3593	45.4791
18	5.9755	-2.5979	-1.0718	4.3577	-1.0864	4.2294	-0.0028	-0.8386	-0.0564	0.6774	-0.3197	-0.318	-0.4715	0.8954	0.2025	0.4773	-0.2482	-0.0954	0.4813	0.1202	0.2755	3.7726	30.9008	53.2488

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'O' and (resid 1 through 30 )	O	1 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'P' and (resid 1 through 30 )	P	1 - 30
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'Q' and (resid 1 through 30 )	Q	1 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'R' and (resid 1 through 30 )	R	1 - 30
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 1 through 30 )	E	1 - 30
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 30 )	B	1 - 30
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 30 )	C	1 - 30
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 1 through 30 )	D	1 - 30
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 1 through 30 )	A	1 - 30
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'N' and (resid 1 through 29 )	N	1 - 29
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'M' and (resid 1 through 30 )	M	1 - 30
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'F' and (resid 1 through 30 )	F	1 - 30
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'K' and (resid 1 through 30 )	K	1 - 30
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'H' and (resid 1 through 30 )	H	1 - 30
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'I' and (resid 1 through 30 )	I	1 - 30
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'J' and (resid 1 through 30 )	J	1 - 30
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'G' and (resid 1 through 29 )	G	1 - 29
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'L' and (resid 1 through 30 )	L	1 - 30

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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