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- PDB-6g6c: Crystal structure of a parallel six-helix coiled coil CC-Type2-LL-L17E -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g6c
タイトルCrystal structure of a parallel six-helix coiled coil CC-Type2-LL-L17E
要素CC-Type2-LL-L17E
キーワードDE NOVO PROTEIN / de novo / coiled coil / alpha-helical bundle / synthetic construct
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Rhys, G.G. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/G036764/1 英国
European Research Council340764 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2018
タイトル: Maintaining and breaking symmetry in homomeric coiled-coil assemblies.
著者: Rhys, G.G. / Wood, C.W. / Lang, E.J.M. / Mulholland, A.J. / Brady, R.L. / Thomson, A.R. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2018年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CC-Type2-LL-L17E
B: CC-Type2-LL-L17E
C: CC-Type2-LL-L17E
D: CC-Type2-LL-L17E
E: CC-Type2-LL-L17E
F: CC-Type2-LL-L17E
G: CC-Type2-LL-L17E
H: CC-Type2-LL-L17E
I: CC-Type2-LL-L17E
J: CC-Type2-LL-L17E
K: CC-Type2-LL-L17E
L: CC-Type2-LL-L17E
M: CC-Type2-LL-L17E
N: CC-Type2-LL-L17E
O: CC-Type2-LL-L17E
P: CC-Type2-LL-L17E
Q: CC-Type2-LL-L17E
R: CC-Type2-LL-L17E
S: CC-Type2-LL-L17E
T: CC-Type2-LL-L17E
U: CC-Type2-LL-L17E
V: CC-Type2-LL-L17E
W: CC-Type2-LL-L17E
X: CC-Type2-LL-L17E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,02024
ポリマ-78,02024
非ポリマー00
5,513306
1
A: CC-Type2-LL-L17E
B: CC-Type2-LL-L17E
C: CC-Type2-LL-L17E
D: CC-Type2-LL-L17E
E: CC-Type2-LL-L17E
F: CC-Type2-LL-L17E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5056
ポリマ-19,5056
非ポリマー00
1086
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9780 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area9260 Å2
手法PISA
2
G: CC-Type2-LL-L17E
H: CC-Type2-LL-L17E
I: CC-Type2-LL-L17E
J: CC-Type2-LL-L17E
K: CC-Type2-LL-L17E
L: CC-Type2-LL-L17E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5056
ポリマ-19,5056
非ポリマー00
1086
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9760 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area8940 Å2
手法PISA
3
M: CC-Type2-LL-L17E
N: CC-Type2-LL-L17E
O: CC-Type2-LL-L17E
P: CC-Type2-LL-L17E
Q: CC-Type2-LL-L17E
R: CC-Type2-LL-L17E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5056
ポリマ-19,5056
非ポリマー00
1086
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9900 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area8990 Å2
手法PISA
4
S: CC-Type2-LL-L17E
T: CC-Type2-LL-L17E
U: CC-Type2-LL-L17E
V: CC-Type2-LL-L17E
W: CC-Type2-LL-L17E
X: CC-Type2-LL-L17E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5056
ポリマ-19,5056
非ポリマー00
1086
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9580 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area9090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.319, 117.940, 59.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.240, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド ...
CC-Type2-LL-L17E


分子量: 3250.827 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成
詳細: solid-phase peptide synthesis using the fmoc-based strategy
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.2 % / Mosaicity: 0.72 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 50 mM SPG Buffer (Succinic acid, Sodium phosphate monobasic monohydrate and Glycine) and 12.5% w/v PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→58.97 Å / Num. obs: 88233 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 18.99 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 525877 / Scaling rejects: 109
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.55-1.586.10.83143590.8250.3620.909100
8.49-58.976.40.0345620.9990.0140.03799.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.14 Å58.97 Å
Translation7.14 Å58.97 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLMデータ削減
Aimless0.5.28データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→58.97 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2287 4473 5.07 %
Rwork0.1862 --
obs0.1883 88141 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 121.55 Å2 / Biso mean: 28.6488 Å2 / Biso min: 12.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→58.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5458 0 0 306 5764
Biso mean---37.75 -
残基数----734
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0165791
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5757779
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078880
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007957
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8242282
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.55-1.56760.32471410.271928322973100
1.5676-1.5860.30221550.257427032858100
1.586-1.60540.29451780.24727812959100
1.6054-1.62570.27261390.239127872926100
1.6257-1.64710.28981550.237527832938100
1.6471-1.66970.29751720.242527622934100
1.6697-1.69350.28441450.238227992944100
1.6935-1.71880.27941440.232427412885100
1.7188-1.74570.26491720.218428132985100
1.7457-1.77430.23141610.203727342895100
1.7743-1.80490.25551500.199927902940100
1.8049-1.83770.23011610.195827612922100
1.8377-1.87310.24351450.198627872932100
1.8731-1.91130.26361310.195128262957100
1.9113-1.95290.28171540.192227392893100
1.9529-1.99830.26141390.202128012940100
1.9983-2.04830.24161470.197928082955100
2.0483-2.10360.21951540.189327932947100
2.1036-2.16550.19971300.185828082938100
2.1655-2.23540.23391620.181927522914100
2.2354-2.31530.20271370.175428262963100
2.3153-2.4080.22191300.176828082938100
2.408-2.51760.23211300.168628212951100
2.5176-2.65040.21561540.180127752929100
2.6504-2.81640.2131540.188528082962100
2.8164-3.03390.23051570.18127752932100
3.0339-3.33920.23131470.182727902937100
3.3392-3.82230.19271420.170328182960100
3.8223-4.81530.20631480.156528032951100
4.8153-59.01270.21991390.18622844298399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2437-0.7318-0.41191.707-0.10810.7493-0.0023-0.2411-0.52320.04080.03050.04360.06280.0091-0.0350.18940.01660.00580.14750.04620.146132.7195-8.034118.7696
24.71472.5977-3.36952.8491-1.72623.36710.1831-0.4547-0.48670.2967-0.117-0.1545-0.2051-0.0782-0.04170.18670.033-0.01730.2166-0.01460.130633.2075-1.46123.5991
38.78251.1386-1.31061.84150.05112.3617-0.0515-0.66560.31530.00580.01550.1713-0.19350.03370.01640.24460.0287-0.00960.1932-0.01990.148130.67186.322423.298
45.5888-0.5582-1.77761.81280.07432.12150.0353-0.3234-0.1470.0779-0.04310.05440.23570.10160.00530.2499-0.01120.00160.2088-0.04950.15910.7802-36.386422.7122
52.4231-2.6012-2.36353.62771.61083.380.34310.3522-0.2104-0.2971-0.20770.1128-0.10950.0533-0.14770.1845-0.0066-0.0060.1974-0.03230.11511.7628-30.524617.4223
68.979-1.9419-2.76012.19120.56713.11680.27940.39970.1001-0.1917-0.0776-0.1121-0.34170.1385-0.18560.211-0.01320.0040.1825-0.00150.11494.1467-22.467617.7427
73.02060.6243-1.91881.36960.36652.48410.0542-0.01620.6499-0.11340.143-0.0436-0.06810.0407-0.17520.1768-0.0052-0.010.08450.02090.135831.24083.579811.9207
87.4234-1.4455-2.01580.63870.22911.50960.12380.25280.1383-0.1101-0.03430.0659-0.0255-0.1075-0.11010.1962-0.0235-0.02350.1420.0010.169428.6026-2.69127.5907
92.6399-1.26260.06460.98380.09441.6235-0.01680.0717-0.560.0098-0.00180.18720.2008-0.12410.02860.2044-0.0317-0.02250.13410.00090.186427.2769-10.50818.8871
101.80141.3229-1.35472.01560.53263.31580.2968-0.33430.6847-0.10140.01280.1017-0.56320.4965-0.31790.2933-0.08640.00840.2865-0.02040.15352.975-24.300329.3106
116.81410.6313-0.58311.06780.10252.11820.2009-0.36930.29510.13430.0406-0.0229-0.17580.6879-0.1470.1983-0.0253-0.010.3821-0.01690.13195.2875-30.640233.9622
123.18550.1205-0.51511.3573-0.3321.80370.0642-0.2406-0.37450.0908-0.139-0.25230.41180.78240.00570.250.0814-0.00830.43790.06770.21866.0387-38.552133.0432
132.3264-0.8022-1.01931.65320.00082.87690.2288-0.29640.00010.1527-0.10170.02380.16110.2337-0.12920.23570.016-0.02340.1457-0.02510.11992.7291-36.07474.0491
142.4801-0.9009-2.65692.93150.4723.46990.3688-0.80380.42230.1571-0.1184-0.0205-0.23710.3676-0.21290.1652-0.0126-0.00410.1639-0.05930.16022.533-28.20372.1363
153.9247-0.93020.04633.7269-0.1991.41110.04270.14340.60830.02160.0268-0.0072-0.1975-0.1119-0.09660.2161-0.00340.0040.10520.01580.24690.2239-23.941-4.6891
162.6547-0.2725-1.38942.1340.60441.60430.13230.50760.4393-0.1343-0.0731-0.0654-0.0012-0.0541-0.08380.18420.0115-0.01960.16220.02120.1280.5907-34.1559-9.8251
172.8249-2.5938-1.03192.48780.58421.34890.11650.5934-0.047-0.1395-0.11810.0220.0736-0.06760.01080.1723-0.03210.01090.1483-0.01490.2031-1.5344-41.3495-7.484
182.3117-0.53491.3581.15280.09452.27630.0548-0.4624-0.47080.08680.04330.13030.2543-0.1522-0.12980.2124-0.01310.00580.1328-0.00360.2384-3.1608-45.2121-0.7152
191.84270.2794-1.25431.6247-0.39793.44050.18550.62440.0535-0.18660.00410.05730.1968-0.4113-0.18660.2078-0.0063-0.0290.2340.04810.1136-2.6245-5.203-20.2888
201.77450.4672-1.36031.9996-0.0912.97150.29610.45310.6534-0.0738-0.00830.0242-0.2548-0.1831-0.27280.21270.023-0.01070.24720.12030.2418-1.86662.4937-17.4369
212.19481.8482-0.26363.8405-1.68063.53760.3224-0.07150.92330.20620.05490.1387-0.3835-0.1037-0.3610.27950.0340.0410.12160.00540.26920.12315.0039-10.061
227.89391.304-1.54711.8358-0.34612.59390.1054-0.26440.3660.0713-0.02240.0182-0.15820.0228-0.09490.20220.0217-0.01720.14380.00090.13220.4547-5.3233-6.6421
236.16612.1066-0.85592.6718-0.57911.72750.0665-0.0484-0.4020.0713-0.078-0.18850.0565-0.0299-0.03120.17150.0218-0.01090.1088-0.0020.1552.1133-12.5122-10.1185
242.41371.30521.27892.17190.41653.81110.03220.2541-0.8499-0.21340.0042-0.19510.1724-0.0429-0.11850.1741-0.00330.01060.1423-0.02090.19254.5423-14.7208-17.1187
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'F' and (resid 1 through 30 )F1 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'E' and (resid 1 through 30 )E1 - 30
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 1 through 30 )D1 - 30
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'U' and (resid 1 through 30 )U1 - 30
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'T' and (resid 1 through 29 )T1 - 29
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'S' and (resid 1 through 30 )S1 - 30
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 30 )C1 - 30
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 30 )B1 - 30
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 1 through 30 )A1 - 30
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'X' and (resid 1 through 30 )X1 - 30
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'W' and (resid 1 through 30 )W1 - 30
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'V' and (resid 1 through 30 )V1 - 30
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'R' and (resid 1 through 30 )R1 - 30
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'Q' and (resid 1 through 30 )Q1 - 30
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'P' and (resid 1 through 30 )P1 - 30
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'O' and (resid 1 through 30 )O1 - 30
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'N' and (resid 1 through 30 )N1 - 30
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'M' and (resid 1 through 30 )M1 - 30
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'I' and (resid 1 through 30 )I1 - 30
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 1 through 30 )H1 - 30
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'G' and (resid 2 through 30 )G2 - 30
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'L' and (resid 1 through 29 )L1 - 29
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'K' and (resid 1 through 29 )K1 - 29
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'J' and (resid 1 through 29 )J1 - 29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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