PDB-6orc: Crystal structure of Sel1 repeat protein from Oxalobacter formigenes

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6orc

タイトル

Crystal structure of Sel1 repeat protein from Oxalobacter formigenes

要素

Sel1 repeat protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Sel1 repeat / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Sel1 repeat / Sel1-like repeat / Sel1-like repeats. / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Oxalobacter formigenes OXCC13 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.98 Å

データ登録者

Chang, C. / Tesar, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Hassan, H. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Sel1 repeat protein from Oxalobacter formigenes
著者: Chang, C. / Tesar, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Hassan, H. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2019年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6orc.cif.gz	119 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6orc.ent.gz	93.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6orc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/6orc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/6orc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ok0C 6ok3C 6onwC 6orkC 6ur7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6a71-d 4ggn-3 6flk-1 5mf2-2 6veo-d 1oeb-d 4pij-5 6iwm-1 4hji-2 2owi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sel1 repeat protein

B: Sel1 repeat protein

30.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sel1 repeat protein

ソフトウェアが定義した集合体
15.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sel1 repeat protein

ソフトウェアが定義した集合体
15.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.301, 75.479, 78.344
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

As per the authors the biological assembly is unknown

#1: タンパク質	Sel1 repeat protein 分子量: 15391.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Oxalobacter formigenes OXCC13 (バクテリア) 遺伝子: OFBG_00634 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C3X8T0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.48 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris-HCl, 20 % PEG1000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.97→50 Å / Num. obs: 9035 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.112 / R_pim(I) all: 0.053 / R_rim(I) all: 0.125 / Χ²: 0.848 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 51377

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.97-3.02	4.4	0.959	422	0.641	0.496	1.085	0.849	98.6
3.02-3.08	4.6	0.894	448	0.704	0.45	1.006	0.84	99.1
3.08-3.14	4.9	0.672	440	0.812	0.329	0.751	0.855	99.8
3.14-3.2	5.9	0.503	440	0.898	0.223	0.551	0.876	100
3.2-3.27	6	0.395	437	0.878	0.174	0.432	0.813	100
3.27-3.34	6	0.32	460	0.945	0.141	0.351	0.9	100
3.34-3.43	6	0.258	439	0.964	0.115	0.283	0.943	99.8
3.43-3.52	6	0.218	448	0.964	0.098	0.24	0.933	99.3
3.52-3.62	6	0.179	434	0.972	0.08	0.196	0.912	99.8
3.62-3.74	5.8	0.159	445	0.974	0.071	0.174	0.885	99.1
3.74-3.88	5.3	0.131	463	0.971	0.06	0.145	0.831	99.8
3.88-4.03	6.2	0.132	442	0.974	0.057	0.144	0.851	100
4.03-4.21	6.1	0.123	443	0.985	0.053	0.134	0.811	100
4.21-4.44	6	0.119	468	0.973	0.053	0.13	0.819	100
4.44-4.71	6	0.123	445	0.978	0.053	0.134	0.857	99.6
4.71-5.08	5.5	0.116	459	0.98	0.052	0.127	0.787	99.8
5.08-5.59	6.2	0.11	464	0.98	0.048	0.121	0.826	100
5.59-6.39	6.1	0.116	463	0.975	0.051	0.127	0.813	100
6.39-8.05	5.5	0.098	472	0.974	0.045	0.109	0.717	98.1
8.05-50	5.1	0.101	503	0.939	0.051	0.114	0.834	96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.98→43.662 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.89

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2476	450	5.63 %
R_work	0.2077	-	-
obs	0.2101	8065	82.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 145.86 Å² / B_iso mean: 58.356 Å² / B_iso min: 10.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.98→43.662 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2092	0	0	6	2098
B_iso mean	-	-	-	29.74	-
残基数	-	-	-	-	267

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.9799-3.1665	0.3438	37	0.3308	675	712	25
3.1665-3.4109	0.3259	135	0.2574	1987	2122	75
3.4109-3.754	0.3005	167	0.2237	2648	2815	98
3.754-4.2968	0.251	87	0.1841	2741	2828	99
4.2968-5.4119	0.2151	208	0.1898	2632	2840	100
5.4119-43.6662	0.217	161	0.201	2636	2797	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3622	1.4904	0.2697	2.4847	0.6643	1.4726	0.0473	-0.2858	0.1944	0.3514	-0.1898	-0.1886	-0.3707	0.3054	0.0509	0.2124	-0.0145	-0.0239	0.2938	-0.0278	0.196	14.1784	25.1166	72.3682
2	4.0722	0.3829	1.8368	1.3725	-0.2405	2.3177	0.1188	0.2451	-0.0204	-0.1066	-0.1526	-0.1912	0.0217	0.2294	0.0668	0.2548	0.2455	-0.009	0.3382	0.0513	0.1553	12.9856	21.8387	62.0344
3	1.2974	-0.629	0.0247	3.5106	-2.3276	3.3861	0.0096	0.1147	0.1811	-0.0774	-0.1012	-0.0298	-0.3069	-0.0515	0.1623	0.2324	0.1401	-0.14	0.3177	-0.0105	0.2948	3.4135	25.8024	58.8385
4	1.7042	0.8311	-0.7289	2.3786	0.0491	2.0392	0.0814	0.1566	0.0076	-0.2667	0.3072	0.0362	-0.0477	-0.1792	0.0399	0.3935	0.0676	-0.1732	0.3057	0.0619	0.3267	1.6268	23.9389	52.7501
5	0.2864	-0.1956	0.1476	0.295	-0.2373	1.2205	0.0364	0.1424	0.0474	-0.1577	0.0503	0.2737	-0.0819	-0.2853	-0.0067	0.5114	0.2814	-0.1452	0.994	0.4136	0.8251	-11.4895	25.7389	53.357
6	0.1199	-0.22	0.1036	0.413	-0.1948	0.0917	0.0092	-0.0231	-0.0381	-0.0309	0.0614	0.2615	0.1021	-0.2338	-0.0721	0.7819	0.4166	0.0617	1.008	0.2622	1.1279	-17.0965	32.7459	58.7556
7	2.4053	1.1974	0.7743	1.8844	0.4839	1.7402	-0.2254	0.379	-0.246	-0.3117	0.0553	0.1417	0.2613	-0.1825	0.0736	0.443	0.0359	-0.0346	0.2345	-0.076	0.1929	-5.4633	3.8948	64.2071
8	0.7027	0.0056	-0.2399	0.8544	-0.2364	0.9357	0.0653	-0.2063	0.333	0.1024	0.0414	0.1998	-0.1142	0.0031	-0.0192	0.3269	0.2415	0.0371	0.3074	-0.1161	0.3302	-5.9167	16.1428	80.2315
9	0.166	-0.3935	-0.0593	0.9328	0.0528	1.0929	-0.0004	-0.1226	0.0822	0.0392	0.0555	0.1922	-0.2153	-0.1633	0.0181	0.6243	0.256	0.1171	0.45	-0.184	0.9759	-11.1604	32.55	81.8783

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 37 )	A	3 - 37
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 38 through 51 )	A	38 - 51
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 52 through 66 )	A	52 - 66
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 67 through 87 )	A	67 - 87
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 88 through 122 )	A	88 - 122
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 123 through 135 )	A	123 - 135
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 37 )	B	1 - 37
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 38 through 102 )	B	38 - 102
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 103 through 134 )	B	103 - 134

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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