[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6ur7: Crystal structure of Sel1 repeat protein from Oxalobacter formigenes -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ur7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Sel1 repeat protein from Oxalobacter formigenes | ||||||
Components | Sel1 repeat family protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Sel1 repeat / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology | ||||||
Function / homology | DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / : Function and homology information | ||||||
Biological species | Oxalobacter formigenes (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.709 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Tesar, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Hassan, H. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of Sel1 repeat protein from Oxalobacter formigenes Authors: Chang, C. / Tesar, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Hassan, H. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ur7.cif.gz | 207.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6ur7.ent.gz | 166.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ur7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ur7_validation.pdf.gz | 483.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6ur7_full_validation.pdf.gz | 487.7 KB | Display | |
Data in XML | 6ur7_validation.xml.gz | 18.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/6ur7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/6ur7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6ok0C 6ok3C 6onwC 6orcC 6orkC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 28316.018 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Oxalobacter formigenes (bacteria) / Gene: FPZ51_06310 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A518RQ36 |
---|
-Non-polymers , 6 types, 72 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PEG / | #4: Chemical | ChemComp-PG4 / | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-PGE / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has ligand of interest | N |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.34 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris-Cl, 40% PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97985 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 17, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97985 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.709→50 Å / Num. obs: 18880 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.165 / Χ2: 0.968 / Net I/σ(I): 6.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: low resolution SAD model Resolution: 2.709→43.73 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 26.69
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 176.24 Å2 / Biso mean: 48.5078 Å2 / Biso min: 8.46 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.709→43.73 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|