PDB-2huj: Crystal structure of a protein of uknown function (NP_471338.1) f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2huj

タイトル

Crystal structure of a protein of uknown function (NP_471338.1) from Listeria innocua at 1.74 A resolution

要素

Lin2004 protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NP_471338.1 / hypothetical protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG

機能・相同性

YppE-like / YppE-like / YppE-like superfamily / Bacterial domain of unknown function (DUF1798) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Lin2004 protein

機能・相同性情報

生物種

Listeria innocua (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of MW1337R and lin2004: representatives of a novel protein family that adopt a four-helical bundle fold.
著者: Kozbial, P. / Xu, Q. / Chiu, H.J. / McMullan, D. / Krishna, S.S. / Miller, M.D. / Abdubek, P. / Acosta, C. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Carlton, D. / Clayton, T. / Deller, M. / Duan, L. ...

履歴

登録	2006年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2huj.cif.gz	43.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2huj.ent.gz	30.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2huj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2huj_validation.pdf.gz	422 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2huj_full_validation.pdf.gz	422 KB	表示
XML形式データ	2huj_validation.xml.gz	7.6 KB	表示
CIF形式データ	2huj_validation.cif.gz	10.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/2huj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/2huj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2etsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6eps-d 4onr-d 3uv4-1 5tw9-3 5edv-4 5a83-d 4tyl-d 5a5o-d 4tu6-1 3uv4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 367190

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lin2004 protein

17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.110, 100.110, 66.916
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-137- HOH

#1: タンパク質	Lin2004 protein 分子量: 17219.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Listeria innocua (バクテリア) / 遺伝子: NP_471338.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92AB8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	3	58.66
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
277	1	蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop	4.6	30.0% Glycerol, 5.6% PEG-4000, 0.1M Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K
277	2	蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop	4.5	0.2M Ca(OAc)2, 30.0% PEG-400, 0.1M Acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	1	1.000001
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	2	0.979291, 0.918370, 0.978981

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月17日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.000001	1
2	0.979291	1
3	0.91837	1
4	0.978981	1

反射

解像度: 1.74→29.424 Å / Num. obs: 20444 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 11.5 % / R_merge(I) obs: 0.076 / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 6.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.74-1.79	7.1	0.852	0.9	9794	1376	0.852	96.8
1.79-1.83	7.1	0.599	1.3	10302	1450	0.599	98.1
1.83-1.89	7.1	0.462	1.6	9904	1398	0.462	97.7
1.89-1.95	7.1	0.371	2	9713	1361	0.371	98.5
1.95-2.01	10.9	0.413	1.7	14603	1334	0.413	98.3
2.01-2.08	12.2	0.315	2.2	15712	1288	0.315	99.3
2.08-2.16	14	0.228	3.2	17565	1252	0.228	99
2.16-2.25	14	0.188	3.8	16888	1209	0.188	99.2
2.25-2.35	13.8	0.147	4.8	16107	1165	0.147	99.6
2.35-2.46	14	0.111	6.3	15812	1133	0.111	99.6
2.46-2.59	13.7	0.097	7.2	14447	1053	0.097	99.9
2.59-2.75	13.7	0.084	8.2	14103	1028	0.084	99.9
2.75-2.94	13.6	0.072	9.2	13173	970	0.072	99.9
2.94-3.18	13.6	0.063	9.7	12121	889	0.063	99.8
3.18-3.48	13.3	0.053	11.4	11000	825	0.053	99.4
3.48-3.89	13.1	0.049	12	9941	760	0.049	99.1
3.89-4.49	12.4	0.052	11.9	8358	674	0.052	98.8
4.49-5.5	12.8	0.055	10.7	7313	571	0.055	98.1
5.5-7.78	13	0.053	11	5832	450	0.053	97.1
7.78-29.45	10.1	0.042	12.7	2601	258	0.042	91.6

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
SHELX		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.74→29.424 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 3.666 / SU ML: 0.059 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.09
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2) A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.207	1072	5.2 %	RANDOM
R_work	0.173	-	-	-
obs	0.175	20422	97.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.343 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.02 Å²	0.51 Å²	0 Å²
2-	-	1.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→29.424 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1044	0	0	97	1141

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	954
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.211	1.956	1460
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.797	3	2219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.054	5	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.756	24	60
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.542	15	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.064	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	238
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	225
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.16	0.2	837
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	543
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	577
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.191	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.143	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.17	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.111	3	654
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.494	3	250
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.738	5	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.825	8	501
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.869	11	446

LS精密化シェル

解像度: 1.734→1.779 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.37	72	-
R_work	0.256	1152	-
obs	-	1224	84.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 28.7236 Å / Origin y: 60.981 Å / Origin z: 11.3069 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.047 Å²	0.0102 Å²	0.0515 Å²	-	-0.0781 Å²	-0.0275 Å²	-	-	-0.0564 Å²
L	1.1918 °²	0.1539 °²	-0.4184 °²	-	1.3595 °²	-0.3091 °²	-	-	1.9449 °²
S	0.0582 Å °	-0.1863 Å °	0.0855 Å °	0.0646 Å °	0.0371 Å °	-0.0077 Å °	-0.2189 Å °	0.0546 Å °	-0.0952 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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