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- PDB-4onr: Crystal structure of Borrelia burgdorferi decorin-binding protein DbpA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4onr
タイトルCrystal structure of Borrelia burgdorferi decorin-binding protein DbpA
要素DECORIN-BINDING PROTEIN DbpA
キーワードCELL ADHESION / GAG-BINDING PROTEIN / HELICAL BUNDLE PROTEIN / LYME DISEASE / BACTERIAL ADHESIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Decorin-binding protein / Decorin-binding protein / Decorin-binding superfamily / Decorin binding protein / A middle domain of Talin 1 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / DbpA
類似検索 - 構成要素
生物種Borrelia burgdorferi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Deka, R.K. / Blevins, J.S.
引用ジャーナル: Infect.Immun. / 年: 2014
タイトル: Identification of Lysine Residues in the Borrelia burgdorferi DbpA Adhesin Required for Murine Infection.
著者: Fortune, D.E. / Lin, Y.P. / Deka, R.K. / Groshong, A.M. / Moore, B.P. / Hagman, K.E. / Leong, J.M. / Tomchick, D.R. / Blevins, J.S.
履歴
登録2014年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月23日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DECORIN-BINDING PROTEIN DbpA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1182
ポリマ－18,0601
非ポリマー591
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.524, 49.524, 57.943
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 DECORIN-BINDING PROTEIN DbpA


分子量: 18059.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (バクテリア)
株: Bb297 / 遺伝子: dbpA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: Q1W5I8
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 0.1 M CHES, 0.05 M NaCl, 30% PEG 3000, 10% (w/v) ethylene glycol, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.97935
シンクロトロンAPS 19-BM20.97899, 0.97915
検出器
タイプID検出器日付詳細
SBC-31CCD2004年2月13日monochromator
SBC-32CCD
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SAGITALLY FOCUSED Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SAGITALLY FOCUSED Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979351
20.978991
30.979151
反射解像度: 1.6→22.8 Å / Num. all: 18358 / Num. obs: 18358 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 22.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 33.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.6-1.643.30.6311.71,287.9
1.68-1.721,299.4
1.72-1.771,2100
1.77-1.831,2100
1.83-1.91,2100
1.9-1.971,2100
1.97-2.061,2100
2.06-2.171,2100
2.17-2.311,2100
2.31-2.491,2100
2.49-2.741,2100
2.74-3.131,2100
3.13-3.951,2100
3.95-22.81,297.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→22.77 Å / SU ML: 0.18 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 位相誤差: 21.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 937 5.12 %RANDOM
Rwork0.1694 ---
obs0.1711 18318 98.87 %-
all-18318 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 114.96 Å2 / Biso mean: 34.7595 Å2 / Biso min: 13.73 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→22.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1120 0 1 171 1292
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011156
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1351551
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046182
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007199
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.462449
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6002-1.68450.2731300.24442319244993
1.6845-1.790.25071490.192524732622100
1.79-1.92820.24011310.18525022633100
1.9282-2.12210.21551340.171325192653100
2.1221-2.42890.22711230.149925022625100
2.4289-3.05890.18711530.171325062659100
3.0589-22.77220.17781170.1642560267799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8025-3.0475-0.28933.79790.79212.1854-0.0725-0.1085-0.49050.1505-0.05030.21340.4019-0.01640.1270.3396-0.0203-0.01830.2111-0.01660.233222.9263-3.4388-2.9115
22.9503-0.3489-0.45662.89470.1542.1755-0.02810.1369-0.0274-0.2167-0.1825-0.05110.158-0.10390.18240.193500.00370.1451-0.01290.136320.75575.8793-2.004
33.457-0.8154-0.46053.20850.5532.4647-0.0524-0.30440.22230.09290.0169-0.2482-0.01150.21780.03120.1797-0.0045-0.00650.1735-0.00730.159526.18319.24234.7633
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -3 through 75 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 76 through 129 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 130 through 175 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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