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Yorodumi- PDB-4onr: Crystal structure of Borrelia burgdorferi decorin-binding protein DbpA -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4onr | ||||||
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Title | Crystal structure of Borrelia burgdorferi decorin-binding protein DbpA | ||||||
Components | DECORIN-BINDING PROTEIN DbpA | ||||||
Keywords | CELL ADHESION / GAG-BINDING PROTEIN / HELICAL BUNDLE PROTEIN / LYME DISEASE / BACTERIAL ADHESIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Borrelia burgdorferi (Lyme disease spirochete) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Tomchick, D.R. / Deka, R.K. / Blevins, J.S. | ||||||
Citation | Journal: Infect.Immun. / Year: 2014 Title: Identification of Lysine Residues in the Borrelia burgdorferi DbpA Adhesin Required for Murine Infection. Authors: Fortune, D.E. / Lin, Y.P. / Deka, R.K. / Groshong, A.M. / Moore, B.P. / Hagman, K.E. / Leong, J.M. / Tomchick, D.R. / Blevins, J.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4onr.cif.gz | 99.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4onr.ent.gz | 77.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4onr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4onr_validation.pdf.gz | 421.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4onr_full_validation.pdf.gz | 421.5 KB | Display | |
Data in XML | 4onr_validation.xml.gz | 9.2 KB | Display | |
Data in CIF | 4onr_validation.cif.gz | 12.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/4onr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/4onr | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18059.713 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Borrelia burgdorferi (Lyme disease spirochete) Strain: Bb297 / Gene: dbpA / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): XL1-Blue / References: UniProt: Q1W5I8 |
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#2: Chemical | ChemComp-NI / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.97 Å3/Da / Density % sol: 37.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9.5 Details: 0.1 M CHES, 0.05 M NaCl, 30% PEG 3000, 10% (w/v) ethylene glycol, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.6→22.8 Å / Num. all: 18358 / Num. obs: 18358 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 22.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 33.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.6→22.77 Å / SU ML: 0.18 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1 / Phase error: 21.94 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 114.96 Å2 / Biso mean: 34.7595 Å2 / Biso min: 13.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→22.77 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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