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万見
- PDB-3trd: Structure of an alpha-beta serine hydrolase homologue from Coxiel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3trd
タイトルStructure of an alpha-beta serine hydrolase homologue from Coxiella burnetii
要素Alpha/beta hydrolase
キーワードHYDROLASE / Cellular processes
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PHOSPHATE ION / Alpha/beta hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Coxiella burnetii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Cheung, J. / Franklin, M.C. / Rudolph, M. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
著者: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D.
履歴
登録2011年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月24日Group: Database references
改定 1.22016年1月27日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha/beta hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4947
ポリマ－23,1391
非ポリマー3546
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.861, 55.905, 62.513
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Alpha/beta hydrolase


分子量: 23139.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 遺伝子: CBU_1769 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83AV9
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.67 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M sodium acetate, 0.63M sodium dihydrogen phosphate, 0.94M dipotassium hydrogen phosphate, 0.02M sodium hydroxide, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 28889 / Num. obs: 28456 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 0.872 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.5-1.5340.7413480.937195.1
1.53-1.554.40.62713780.804196.8
1.55-1.584.60.53813540.768197.1
1.58-1.624.70.45814030.785197.6
1.62-1.654.90.41113950.733198.2
1.65-1.694.90.34913870.789198.1
1.69-1.734.80.31914010.896197.9
1.73-1.784.90.26314120.802198.4
1.78-1.834.90.2213930.875198.2
1.83-1.894.90.18114110.97198.8
1.89-1.964.80.15114241.061199.4
1.96-2.044.90.10614320.841199.5
2.04-2.134.90.09514141.007199.6
2.13-2.2450.07514500.876199.9
2.24-2.385.10.05814520.807199.9
2.38-2.565.30.0514560.731100
2.56-2.825.30.04514470.8931100
2.82-3.235.40.03314740.8221100
3.23-4.075.20.02815021.03199.8
4.07-504.90.02515230.999195.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→31.256 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / FOM work R set: 0.886 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1996 1437 5.09 %RANDOM
Rwork0.1662 ---
all0.1679 30108 --
obs0.1679 28220 98.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.925 Å2 / ksol: 0.44 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 61.66 Å2 / Biso mean: 17.5439 Å2 / Biso min: 6.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4543 Å20 Å2-0 Å2
2--2.9292 Å2-0 Å2
3----0.7345 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→31.256 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1633 0 20 269 1922
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061691
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9922295
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068253
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005296
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.235602
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.55360.38521560.38972552270896
1.5536-1.61580.30891370.26662604274198
1.6158-1.68930.26521350.21312635277098
1.6893-1.77840.22331490.18992638278798
1.7784-1.88980.20741350.1632636277199
1.8898-2.03570.19751490.15452684283399
2.0357-2.24050.17561440.157227042848100
2.2405-2.56460.19581440.145727362880100
2.5646-3.23060.18781360.147727672903100
3.2306-31.26330.16941520.15142827297998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0132-0.00580.02060.03080.03090.14420.00490.01780.01360.0509-0.0134-0.0677-0.159-0.03290.00830.13960.008-0.02140.0909-0.01940.116917.095357.4998-5.9441
20.2624-0.1982-0.01160.1712-0.08340.1895-0.1797-0.20910.22560.18660.13010.0248-0.2022-0.0903-0.16690.14850.05740.02720.1679-0.03030.11738.196353.0841-5.5797
30.54750.07760.08730.57810.16310.2864-0.006-0.0039-0.0060.05180.0037-0.03420.014-0.005700.07390.0008-0.0040.0727-0.00250.071213.5344.3929-16.5611
40.0135-0.0037-0.020.01220.00980.06750.17720.0311-0.22970.05350.0467-0.10060.04050.08580.00440.1068-0.0008-0.01790.1309-0.02370.19737.593830.7335-29.2806
50.0560.03240.02180.04510.07080.06640.0156-0.0259-0.04870.08340.040.03890.035-0.033400.102-0.016-0.01220.1185-0.00680.10772.179239.874-25.5981
60.00920.0206-0.02970.09650.00950.1389-0.0250.0149-0.02440.0297-0.13790.26150.059-0.2904-0.11440.0967-0.00330.02360.1961-0.05850.1642-3.897144.3773-17.4637
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ -2:13)A0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 14:28)A0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 29:162)A0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 163:172)A0
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 173:192)A0
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 193:205)A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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