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- PDB-4nbq: Structure of the polynucleotide phosphorylase (CBU_0852) from Cox... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4nbq | ||||||
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Title | Structure of the polynucleotide phosphorylase (CBU_0852) from Coxiella burnetii | ||||||
![]() | Polyribonucleotide nucleotidyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Phosphorylase | ||||||
Function / homology | ![]() polyribonucleotide nucleotidyltransferase / polyribonucleotide nucleotidyltransferase activity / RNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA processing / 3'-5'-RNA exonuclease activity / magnesium ion binding / RNA binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rudolph, M.J. / Cheung, J. / Franklin, M.C. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii. Authors: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 755.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 631 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 489.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 572.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 74.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 99.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3tq8C ![]() 3tq9C ![]() 3tqaC ![]() 3tqbC ![]() 3tqcC ![]() 3tqdC ![]() 3tqeC ![]() 3tqfC ![]() 3tqgC ![]() 3tqhC ![]() 3tqiC ![]() 3tqjC ![]() 3tqlC ![]() 3tqmC ![]() 3tqnC ![]() 3tqoC ![]() 3tqpC ![]() 3tqqC ![]() 3tqrC ![]() 3tqsC ![]() 3tqtC ![]() 3tquC ![]() 3tqwC ![]() 3tqxC ![]() 3tqyC ![]() 3tqzC ![]() 3tr0C ![]() 3tr1C ![]() 3tr2C ![]() 3tr3C ![]() 3tr4C ![]() 3tr5C ![]() 3tr6C ![]() 3tr7C ![]() 3tr8C ![]() 3tr9C ![]() 3trbC ![]() 3trcC ![]() 3trdC ![]() 3treC ![]() 3trfC ![]() 3trgC ![]() 3trhC ![]() 3triC ![]() 3tthC ![]() 3ty2C ![]() 3uwcC ![]() 4f3qC ![]() 4f3rC ![]() 4ng4C ![]() 3cdiS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
| ||||||||
Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 79690.078 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q83D87, polyribonucleotide nucleotidyltransferase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.42 % |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion / Details: VAPOR DIFFUSION |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 29, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. all: 53776 / Num. obs: 51088 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 8.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 32.51 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3CDI Resolution: 2.9138→49.634 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / SU ML: 0.79 / σ(F): 1.37 / Phase error: 25.69 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.72 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.751 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9138→49.634 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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