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- PDB-3tr1: Structure of a 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase (aroA... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3tr1 | ||||||
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Title | Structure of a 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase (aroA) from Coxiella burnetii | ||||||
![]() | 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Amino acid biosynthesis | ||||||
Function / homology | ![]() 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / shikimate kinase activity / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cheung, J. / Franklin, M.C. / Rudolph, M. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii. Authors: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 180.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 150.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 442.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 447.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 29.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3tq8C ![]() 3tq9C ![]() 3tqaC ![]() 3tqbC ![]() 3tqcC ![]() 3tqdC ![]() 3tqeC ![]() 3tqfC ![]() 3tqgC ![]() 3tqhC ![]() 3tqiC ![]() 3tqjC ![]() 3tqlC ![]() 3tqmC ![]() 3tqnC ![]() 3tqoC ![]() 3tqpC ![]() 3tqqC ![]() 3tqrC ![]() 3tqsC ![]() 3tqtC ![]() 3tquC ![]() 3tqwC ![]() 3tqxC ![]() 3tqyC ![]() 3tqzC ![]() 3tr0C ![]() 3tr2C ![]() 3tr3C ![]() 3tr4C ![]() 3tr5C ![]() 3tr6C ![]() 3tr7C ![]() 3tr8C ![]() 3tr9C ![]() 3trbC ![]() 3trcC ![]() 3trdC ![]() 3treC ![]() 3trfC ![]() 3trgC ![]() 3trhC ![]() 3triC ![]() 3tthC ![]() 3ty2C ![]() 3uwcC ![]() 4f3qC ![]() 4f3rC ![]() 4nbqC ![]() 4ng4C C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 47440.492 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q83E11, 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-PO4 / #3: Chemical | ChemComp-K / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.13 Å3/Da / Density % sol: 60.76 % Description: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 10.5 Details: 0.1M glycine pH 10.5, 0.2M lithium sulfate, 1.2M sodium hydrogen phosphate, 0.8M potassium dihydrogen phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Mar 3, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 4.6 % / Av σ(I) over netI: 21.96 / Number: 351355 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 1.44 / D res high: 2 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 76948 / % possible obs: 98.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2→30 Å / Num. all: 78278 / Num. obs: 76948 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 1.439 / Net I/σ(I): 8.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
---|
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.853 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 287.78 Å2 / Biso mean: 43.7512 Å2 / Biso min: 20.33 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→29.947 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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