PDB-3tqn: Structure of the transcriptional regulator of the GntR family, fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tqn

タイトル

Structure of the transcriptional regulator of the GntR family, from Coxiella burnetii.

要素

Transcriptional regulator, GntR family

キーワード

TRANSCRIPTION / Regulatory functions

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Rudolph, M. / Cheung, J. / Franklin, M.C. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
著者: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D.

履歴

登録	2011年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.2	2015年7月1日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2015年10月21日	Group: Database references
改定 1.4	2016年2月10日	Group: Database references
改定 1.5	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tqn.cif.gz	144.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tqn.ent.gz	118.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tqn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3tqn_validation.pdf.gz	443 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tqn_full_validation.pdf.gz	456.1 KB	表示
XML形式データ	3tqn_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	3tqn_validation.cif.gz	19.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/3tqn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/3tqn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3tq8C 3tq9C 3tqaC 3tqbC 3tqcC 3tqdC 3tqeC 3tqfC 3tqgC 3tqhC 3tqiC 3tqjC 3tqlC 3tqmC 3tqoC 3tqpC 3tqqC 3tqrC 3tqsC 3tqtC 3tquC 3tqwC 3tqxC 3tqyC 3tqzC 3tr0C 3tr1C 3tr2C 3tr3C 3tr4C 3tr5C 3tr6C 3tr7C 3tr8C 3tr9C 3trbC 3trcC 3trdC 3treC 3trfC 3trgC 3trhC 3triC 3tthC 3ty2C 3uwcC 4f3qC 4f3rC 4nbqC 4ng4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2zhh-1 6ekq-d 5kj4-4 5ulh-d 6pln-d 1ge9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional regulator, GntR family

B: Transcriptional regulator, GntR family

C: Transcriptional regulator, GntR family

40.6 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Transcriptional regulator, GntR family

C: Transcriptional regulator, GntR family

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transcriptional regulator, GntR family

登録者が定義した集合体
27.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.057, 68.057, 194.466
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, GntR family 分子量: 13544.280 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA493 / 遺伝子: CBU_0775 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83DG1
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.61 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 4 詳細: 100 mM Trisodium Citrate 20% PEG 6000, pH 4.0, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月28日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 13383 / Num. obs: 13383 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 20.6 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Χ²: 1.307 / Net I/σ(I): 13.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.7-2.75	13.3	0.762	664	0.893	1	100
2.75-2.8	14	0.538	622	0.796	1	100
2.8-2.85	14.3	0.477	667	0.807	1	100
2.85-2.91	14.6	0.358	640	0.789	1	100
2.91-2.97	14.3	0.303	659	0.803	1	100
2.97-3.04	14.5	0.228	643	0.817	1	100
3.04-3.12	14.3	0.17	657	0.849	1	100
3.12-3.2	14.5	0.163	643	0.971	1	100
3.2-3.3	14.4	0.123	663	1.015	1	100
3.3-3.4	14.3	0.104	661	1.063	1	100
3.4-3.52	22.8	0.197	646	1.361	1	100
3.52-3.66	28.5	0.175	665	1.317	1	100
3.66-3.83	28.4	0.119	668	1.46	1	100
3.83-4.03	28	0.086	676	1.532	1	100
4.03-4.29	28.3	0.064	658	1.602	1	100
4.29-4.62	28	0.063	683	1.743	1	100
4.62-5.08	27.6	0.056	675	1.62	1	100
5.08-5.81	27.3	0.061	690	1.747	1	100
5.81-7.32	26.6	0.064	710	1.422	1	100
7.32-50	21	0.039	793	1.301	1	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→46.938 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7478 / SU ML: 0.4 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2963	572	4.79 %
R_work	0.2621	11365	-
obs	0.2638	11937	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 55.83 Å² / k_sol: 0.324 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 423.38 Å² / B_iso mean: 87.8199 Å² / B_iso min: 18.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.7278 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.7278 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.4555 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.938 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2588	0	0	0	2588

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2623
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.091	3513
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	389
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	441
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.289	1060

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.8-3.082	0.4528	135	0.3548	2774	2909	100
3.082-3.5279	0.3376	142	0.2982	2778	2920	100
3.5279-4.4442	0.2829	150	0.2436	2801	2951	99
4.4442-46.9446	0.2625	145	0.2437	3012	3157	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.777	0.1777	-0.8687	0.011	-0.1328	1.4108	0.0468	0.4588	0.6323	-0.166	-0.6093	-0.5998	0.2857	0.0881	0.5838	0.5102	-0.0679	0.1782	0.6057	-0.049	0.921	25.3283	39.8063	68.0117
2	3.5451	-1.1546	-0.3995	1.9129	-1.6045	3.4982	0.2265	-0.0266	0.1265	-0.2504	-0.0747	0.131	0.3469	0.2886	-0.0793	0.3279	0.051	-0.0106	0.1908	-0.0655	0.2774	23.9752	40.5857	79.2453
3	1.4844	1.0232	0.5151	0.8943	1.3365	5.1227	-0.0969	-0.3802	0.6774	-0.1719	0.0402	0.0761	-0.7205	0.2917	0.073	0.2876	-0.0966	0.0156	0.224	-0.0974	0.4952	23.0927	50.6803	87.5769
4	1.2815	0.093	0.484	1.2868	-1.4314	3.4762	-0.0119	-0.1276	0.5653	0.2679	-0.2354	0.1433	-0.407	-0.0479	0.1767	0.1732	-0.1711	0.0256	-0.5989	-0.0239	0.4235	15.5536	46.9439	78.8229
5	0.1781	0.0544	0.3058	0.0201	0.1032	0.5145	-0.2332	-0.1505	0.1298	0.6792	-0.2233	0.0662	0.188	-0.2136	0.3682	0.5323	-0.1083	0.0873	-0.0174	-0.4273	0.2655	15.1869	50.0463	90.5761
6	1.9439	-0.7483	-0.3912	0.3474	0.5721	3.0476	-0.0967	-0.0495	-0.3268	0.8954	0.0024	0.1111	0.8241	0.0439	0.1174	0.7023	0.0161	-0.0322	0.2218	0.0557	0.4383	24.5856	30.5909	87.7574
7	1.2594	0.0476	0.3941	4.3868	-1.0257	0.3666	-0.0298	0.2254	-0.0853	0.3554	0.3461	0.3	0.3646	0.2896	-0.2442	0.8287	0.1709	-0.1104	0.5553	-0.0751	0.5956	32.3431	14.5014	78.5024
8	0.0404	0.3681	0.0214	3.0904	0.2291	0.0148	0.0035	-0.3157	-0.0141	0.16	0.4713	-1.1305	0.017	0.4008	-0.4085	0.5929	0.3878	0.0758	0.705	0.0106	0.8012	42.508	46.5563	83.4702
9	0.8363	0.1802	0.634	1.8646	0.8459	1.853	0.1463	0.0972	0.0551	0.0927	0.0302	-0.4474	-0.0809	0.3744	-0.1035	-0.3189	0.1419	-0.4643	0.0554	0.147	-0.2353	41.373	56.8992	83.6788
10	0.4634	0.8654	-0.5007	8.8435	-1.7686	0.6409	0.0293	0.2013	0.168	-1.0344	0.1248	0.408	0.1866	0.0342	-0.0163	0.39	0.0656	-0.0761	0.2566	-0.0931	-0.2182	39.7083	65.5831	73.6045
11	2.6542	0.871	1.739	3.6806	1.0643	1.2045	-0.0748	0.4462	-0.0511	-0.9071	0.147	0.1885	-0.0688	0.3576	-0.1023	0.2875	0.0432	-0.0465	0.5876	-0.1507	0.0651	35.3627	50.282	72.2447
12	0.0117	-0.2108	0.0812	4.3009	0.3281	1.3305	0.0124	0.0256	-0.0299	0.0536	-0.1506	1.1082	-0.1043	-0.3905	0.0627	0.0987	0.0522	-0.0207	0.2606	-0.0165	0.3417	30.7964	60.5333	81.1895
13	1.8426	-0.2428	1.3912	1.323	-0.4464	3.5569	-0.038	-0.3334	-0.1071	-0.0015	-0.0378	0.3418	-0.5527	-0.0997	0.1778	0.5382	0.0263	-0.1557	0.2092	0.2149	0.0408	40.6496	66.4143	86.787
14	2.2882	0.0253	-0.3236	1.434	2.5647	4.6478	0.2145	-0.5221	0.0879	0.7694	0.1437	0.0848	1.0891	-0.377	-0.281	0.6161	-0.1012	-0.0762	0.3584	0.0854	0.3656	59.7518	57.1153	102.9762
15	2.2962	-1.6965	-1.4065	4.7159	-0.2151	6.217	-0.1069	-0.0997	0.2035	0.6888	-0.0017	-0.0934	-0.9656	-0.4059	0.0882	1.2065	0.0999	0.0135	0.9342	-0.0348	0.9942	32.6281	22.8212	54.5577
16	0.6784	0.4569	-0.1376	1.7504	-0.2069	1.3085	-0.0478	-0.0383	-0.0598	0.4398	0.0687	-0.2076	-0.4092	-0.1703	-0.0053	0.8316	0.3112	-0.6349	0.4023	0.2591	0.3167	32.6434	13.2329	59.5511
17	8.088	-2.4108	2.6697	4.9326	0.2457	3.4588	0.3188	1.2241	-0.1611	-0.1479	-0.353	-0.1161	-0.1413	-0.0948	0.1381	0.6339	0.1222	-0.1302	0.8281	-0.117	0.3824	30.4922	1.7869	56.904
18	0.8492	-0.4172	-0.1717	0.3486	-0.0856	0.2378	0.0292	0.7275	0.1627	-0.1826	-0.3103	-0.0886	-0.5219	0.3163	0.3442	1.0323	0.3542	-0.2603	1.0896	0.0604	0.543	26.6015	13.7028	46.9344
19	0.502	0.0015	-0.342	1.7031	-1.3262	1.2656	0.0291	0.6043	0.2129	-0.3362	-0.451	-0.2462	-0.6036	0.5511	0.474	0.7885	-0.1396	-0.0969	1.339	0.2032	0.5556	39.554	10.6732	50.9027
20	0.7047	1.6177	-3.0111	3.6816	-6.8568	2.0015	0.0124	0.7733	0.3707	-0.2222	0.2505	0.1284	0.9598	0.3678	-0.2893	0.7437	0.1513	-0.2607	0.8914	0.0519	0.3958	39.06	2.5528	52.9598
21	2.1107	2.7009	1.2016	5.353	-1.0615	4.1716	0.2037	0.3734	-0.1813	0.4266	0.1791	-0.2825	-0.0565	0.6971	-0.3396	0.3681	0.0448	-0.0584	0.6114	-0.0493	0.5245	41.509	12.9037	68.6872
22	0.0038	0.0387	0.2044	0.2695	1.4035	7.3305	0.1062	-0.2726	0.3655	0.402	-0.1915	0.185	-1.2653	0.265	0.0431	1.478	-0.1505	0.0896	0.4525	0.0786	0.7511	38.72	24.7123	79.034
23	2.0061	6.8944	-1.8874	2.0006	4.738	1.998	-0.6414	-0.8016	0.4896	-1.9428	0.3407	0.5418	0.0074	-0.1756	0.308	0.7186	-0.2327	-0.1354	0.7829	-0.1256	0.8445	34.5208	24.633	88.9804

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resseq 1:9)	A	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resseq 10:24)	A	10 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resseq 25:35)	A	25 - 35
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and (resseq 36:66)	A	36 - 66
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and (resseq 67:76)	A	67 - 76
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and (resseq 77:92)	A	77 - 92
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and (resseq 93:107)	A	93 - 107
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain B and (resseq 1:9)	B	1 - 9
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain B and (resseq 10:24)	B	10 - 24
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain B and (resseq 25:35)	B	25 - 35
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain B and (resseq 36:46)	B	36 - 46
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain B and (resseq 47:66)	B	47 - 66
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain B and (resseq 67:92)	B	67 - 92
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain B and (resseq 93:108)	B	93 - 108
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain C and (resseq 7:11)	C	7 - 11
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain C and (resseq 12:23)	C	12 - 23
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain C and (resseq 24:35)	C	24 - 35
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain C and (resseq 36:53)	C	36 - 53
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain C and (resseq 54:59)	C	54 - 59
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain C and (resseq 60:76)	C	60 - 76
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain C and (resseq 77:92)	C	77 - 92
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain C and (resseq 93:100)	C	93 - 100
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain C and (resseq 101:109)	C	101 - 109

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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