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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3tqu | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of a HAM1 protein from Coxiella burnetii | ||||||
Components | Non-canonical purine NTP pyrophosphatase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / HAM1 protein | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationpurine nucleoside triphosphate catabolic process / XTP/dITP diphosphatase / ITP diphosphatase activity / XTP diphosphatase activity / dITP diphosphatase activity / nucleoside triphosphate catabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleotide binding ...purine nucleoside triphosphate catabolic process / XTP/dITP diphosphatase / ITP diphosphatase activity / XTP diphosphatase activity / dITP diphosphatase activity / nucleoside triphosphate catabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Coxiella burnetii (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Cheung, J. / Franklin, M.C. / Rudolph, M. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J. | ||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2015Title: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii. Authors: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 3tqu.cif.gz | 343.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3tqu.ent.gz | 280.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3tqu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3tqu_validation.pdf.gz | 451.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3tqu_full_validation.pdf.gz | 457.9 KB | Display | |
| Data in XML | 3tqu_validation.xml.gz | 44.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 3tqu_validation.cif.gz | 66.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/3tqu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/3tqu | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3tq8C ![]() 3tq9C ![]() 3tqaC ![]() 3tqbC ![]() 3tqcC ![]() 3tqdC ![]() 3tqeC ![]() 3tqfC ![]() 3tqgC ![]() 3tqhC ![]() 3tqiC ![]() 3tqjC ![]() 3tqlC ![]() 3tqmC ![]() 3tqnC ![]() 3tqoC ![]() 3tqpC ![]() 3tqqC ![]() 3tqrC ![]() 3tqsC ![]() 3tqtC ![]() 3tqwC ![]() 3tqxC ![]() 3tqyC ![]() 3tqzC ![]() 3tr0C ![]() 3tr1C ![]() 3tr2C ![]() 3tr3C ![]() 3tr4C ![]() 3tr5C ![]() 3tr6C ![]() 3tr7C ![]() 3tr8C ![]() 3tr9C ![]() 3trbC ![]() 3trcC ![]() 3trdC ![]() 3treC ![]() 3trfC ![]() 3trgC ![]() 3trhC ![]() 3triC ![]() 3tthC ![]() 3ty2C ![]() 3uwcC ![]() 4f3qC ![]() 4f3rC ![]() 4nbqC ![]() 4ng4C ![]() 1k7kS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 22212.311 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Coxiella burnetii (bacteria) / Strain: RSA493 / Gene: CBU_0043 / Plasmid: pET / Production host: ![]() References: UniProt: Q83FA3, nucleoside-triphosphate diphosphatase #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | ChemComp-EDO / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.73 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.2M calcium chloride, 20% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: RIGAKU SATURN 944 / Detector: CCD / Date: May 26, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: Varimax HF / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.9→30 Å / Num. all: 73391 / Num. obs: 72951 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 1.042 / Net I/σ(I): 7.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell |
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1K7K Resolution: 1.9→22.755 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / FOM work R set: 0.8499 / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 22.87 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.72 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.467 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 74.61 Å2 / Biso mean: 22.6624 Å2 / Biso min: 1.34 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→22.755 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Coxiella burnetii (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
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