PDB-3tqt: Structure of the D-alanine-D-alanine ligase from Coxiella burnetii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tqt

タイトル

Structure of the D-alanine-D-alanine ligase from Coxiella burnetii

要素

D-alanine--D-alanine ligase

キーワード

LIGASE / Cell envelope

機能・相同性

機能・相同性情報

D-alanine-D-alanine ligase / D-alanine-D-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Rudolph, M. / Cheung, J. / Franklin, M.C. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
著者: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D.

履歴

登録	2011年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tqt.cif.gz	282.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tqt.ent.gz	231.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tqt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tqt_validation.pdf.gz	435.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tqt_full_validation.pdf.gz	445.6 KB	表示
XML形式データ	3tqt_validation.xml.gz	30.8 KB	表示
CIF形式データ	3tqt_validation.cif.gz	45.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/3tqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/3tqt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tq8C 3tq9C 3tqaC 3tqbC 3tqcC 3tqdC 3tqeC 3tqfC 3tqgC 3tqhC 3tqiC 3tqjC 3tqlC 3tqmC 3tqnC 3tqoC 3tqpC 3tqqC 3tqrC 3tqsC 3tquC 3tqwC 3tqxC 3tqyC 3tqzC 3tr0C 3tr1C 3tr2C 3tr3C 3tr4C 3tr5C 3tr6C 3tr7C 3tr8C 3tr9C 3trbC 3trcC 3trdC 3treC 3trfC 3trgC 3trhC 3triC 3tthC 3ty2C 3uwcC 4f3qC 4f3rC 4nbqC 4ng4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3naf-d 3mt5-d 4dxs-1 1jwa-1 3hu5-2 4eze-d 4fi9-1 7cdz-d 3da3-d 6m01-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (13) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (12) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3)

登録構造単位

A: D-alanine--D-alanine ligase

B: D-alanine--D-alanine ligase

82.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.238, 97.442, 106.563
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	D-alanine--D-alanine ligase / D-Ala-D-Ala ligase / D-alanylalanine synthetase 分子量: 41265.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA493 / 遺伝子: ddl, CBU_1338 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83BZ9, D-alanine-D-alanine ligase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

D-alanine--D-alanine ligase / D-Ala-D-Ala ligase / D-alanylalanine synthetase

分子量: 41265.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA493 / 遺伝子: ddl, CBU_1338 / プラスミド: pET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83BZ9, D-alanine-D-alanine ligase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100 mM MES pH 6.0, 5% PEG 3350, 30% PEG 200, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月24日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.88→50 Å / Num. all: 58072 / Num. obs: 56853 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.043 / Χ²: 0.923 / Net I/σ(I): 13.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.88-1.93	4	0.379	2698	0.55	1	94.9
1.93-1.97	4.1	0.302	2753	0.57	1	95
1.97-2.01	4.1	0.24	2719	0.599	1	96.1
2.01-2.05	4.2	0.202	2784	0.599	1	97.5
2.05-2.09	4.2	0.165	2777	0.646	1	96.5
2.09-2.14	4.3	0.147	2806	0.675	1	97.5
2.14-2.19	4.4	0.126	2839	0.706	1	98.6
2.19-2.25	4.5	0.108	2805	0.725	1	98.5
2.25-2.32	4.7	0.104	2850	0.772	1	98.4
2.32-2.39	4.8	0.084	2835	0.801	1	98.7
2.39-2.48	4.9	0.077	2853	0.825	1	98.9
2.48-2.58	5	0.071	2835	0.871	1	99
2.58-2.7	5.1	0.062	2881	0.91	1	99.2
2.7-2.84	5.1	0.053	2881	0.958	1	99.3
2.84-3.02	5.2	0.045	2883	1.059	1	98.9
3.02-3.25	5.1	0.039	2911	1.222	1	99.6
3.25-3.58	5.1	0.034	2911	1.335	1	99.4
3.58-4.09	5.1	0.031	2930	1.367	1	99.4
4.09-5.16	5	0.027	2967	1.341	1	99.7
5.16-50	4.7	0.028	2935	1.317	1	93.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.88→39.652 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8452 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2237	2875	5.06 %
R_work	0.1804	-	-
all	0.1826	59669	-
obs	0.1826	56794	96.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.038 Å² / k_sol: 0.363 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.05 Å² / B_iso mean: 33.2752 Å² / B_iso min: 13.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.8371 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.0247 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.1876 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→39.652 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5340	0	0	490	5830

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5442
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.055	7379
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	856
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	942
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.269	2011

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.88-1.9448	0.2892	241	0.2186	4595	4836	83
1.9448-2.0227	0.2526	283	0.19	5306	5589	96
2.0227-2.1148	0.2473	291	0.1834	5348	5639	97
2.1148-2.2262	0.2465	298	0.1798	5404	5702	98
2.2262-2.3657	0.248	280	0.1825	5469	5749	99
2.3657-2.5483	0.2488	315	0.1898	5453	5768	99
2.5483-2.8047	0.2338	291	0.1981	5524	5815	99
2.8047-3.2104	0.2371	283	0.1873	5559	5842	99
3.2104-4.0441	0.2116	311	0.1681	5593	5904	99
4.0441-39.6603	0.1859	282	0.1712	5668	5950	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0631	-0.5555	-0.0945	0.7483	-0.0181	1.6763	0.0997	-0.0943	-0.123	0.2549	-0.0389	0.034	0.027	-0.078	-0.0436	0.2503	-0.0587	-0.0792	0.1562	0.0236	0.1986	64.1891	62.5449	-8.4817
2	1.6804	-0.0493	0.0089	0.5175	-0.2758	0.1403	0.0644	0.0549	-0.2601	-0.0566	-0.1508	0.0093	0.0211	-0.0469	0.0293	0.1875	0.0038	-0.0279	0.1735	-0.0487	0.1847	53.6017	43.6705	-32.7004
3	1.8636	-0.0519	-0.1077	0.5701	0.1131	0.8777	-0.0198	-0.0347	-0.5365	0.1841	-0.1693	-0.1399	0.0936	-0.0097	0.0471	0.2226	-0.015	-0.0294	0.1736	0.0006	0.3568	53.0146	34.2665	-26.096
4	0.7125	-0.2843	-0.1439	1.6164	0.3612	0.9713	-0.0004	0.0206	-0.1178	-0.0377	0.0021	-0.4185	0.05	0.1131	0.0172	0.166	0.0061	-0.0305	0.1773	0.0056	0.2667	73.3767	50.2066	-27.9039
5	1.0132	-0.2803	0.1258	0.7925	-0.1514	0.4658	0.0247	-0.2827	0.6469	0.2101	-0.0068	-0.2437	-0.2061	-0.13	0.0363	0.264	0.0181	-0.0306	0.1982	-0.0244	0.2737	56.6854	79.2236	-30.7631
6	1.0151	-0.8335	0.0651	2.5041	0.2884	1.2722	0.0327	-0.0995	0.0973	0.1734	-0.003	0.0371	-0.2094	-0.0514	-0.0181	0.189	0.0265	0.0436	0.2089	0.0055	0.1867	38.5108	73.6549	-13.5424
7	0.8619	0.0637	-0.366	1.1208	0.3961	0.9233	0.1066	0.0102	-0.0251	-0.1817	-0.0273	0.113	-0.304	0.0967	-0.113	0.1701	0.0361	-0.0382	0.1928	-0.0154	0.1599	46.7626	60.2825	-28.272
8	1.3925	0.3384	0.1016	1.6706	-0.0549	0.6043	-0.0621	0.5062	0.0532	-0.5391	0.1263	-0.0833	-0.1171	0.1184	-0.062	0.3374	-0.0165	0.0095	0.3315	-0.0061	0.1439	56.4284	70.1618	-47.4729
9	1.3238	-0.038	0.5922	1.5266	0.1612	0.8477	0.094	0.1942	-0.0863	-0.3415	0.0437	0.3494	0.0272	0.0457	-0.0214	0.3002	0.0417	-0.1419	0.2648	-0.0251	0.2322	35.8602	58.4658	-40.6552
10	0.5399	0.2538	-0.1824	1.7522	0.1161	1.3267	0.1103	0.0061	-0.1938	0.0059	-0.0698	0.5438	0.1663	-0.1844	-0.0225	0.1803	-0.0132	-0.0108	0.2024	0.0047	0.2432	35.0048	56.5621	-22.2608

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:132)	A	2 - 132
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 133:172)	A	133 - 172
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 173:224)	A	173 - 224
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 225:355)	A	225 - 355
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 356:371)	A	356 - 371
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 4:99)	B	4 - 99
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 100:158)	B	100 - 158
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 159:224)	B	159 - 224
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 225:320)	B	225 - 320
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 321:368)	B	321 - 368

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)