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- PDB-3tqr: Structure of the phosphoribosylglycinamide formyltransferase (pur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tqr
タイトルStructure of the phosphoribosylglycinamide formyltransferase (purN) in complex with CHES from Coxiella burnetii
要素Phosphoribosylglycinamide formyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Purines / pyrimidines / nucleosides / nucleotides
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylglycinamide formyltransferase 1 / phosphoribosylglycinamide formyltransferase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosylglycinamide formyltransferase / Formyl transferase, N-terminal domain / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase, active site / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase active site. / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoribosylglycinamide formyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Coxiella burnetii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Rudolph, M. / Cheung, J. / Franklin, M.C. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
著者: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D.
履歴
登録2011年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月24日Group: Database references
改定 1.22016年1月27日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosylglycinamide formyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2123
ポリマ－23,9691
非ポリマー2432
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Phosphoribosylglycinamide formyltransferase
ヘテロ分子

A: Phosphoribosylglycinamide formyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4236
ポリマ－47,9382
非ポリマー4854
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area1980 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.574, 117.498, 79.058
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-229-

HOH

21A-342-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phosphoribosylglycinamide formyltransferase


分子量: 23968.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 遺伝子: purN, CBU_1737 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q83AY9, phosphoribosylglycinamide formyltransferase 1
#2: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 1 M Trisodium citrate, 100 mM CHES, pH 9.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月13日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. all: 22613 / Num. obs: 22274 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.053 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.97-23.40.4549451.103184.1
2-2.044.10.44810781.123197
2.04-2.084.70.3811031.065199.1
2.08-2.124.80.33911151.122199.3
2.12-2.174.80.27111140.988199.6
2.17-2.224.80.26510791.063199.3
2.22-2.274.90.2411141.073199.6
2.27-2.344.90.20711271.082199.7
2.34-2.44.90.18511081.116199.7
2.4-2.484.90.15311260.983199.9
2.48-2.574.90.13111110.9941100
2.57-2.674.90.11611250.9871100
2.67-2.84.90.09611231.0761100
2.8-2.9450.07711390.9981100
2.94-3.1350.06411181.0421100
3.13-3.3750.04611521.0181100
3.37-3.7150.03611281.11100
3.71-4.244.90.02911481.07199.9
4.24-5.3550.02811511.097199.5
5.35-504.70.02711701.009194.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.97→17.548 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8621 / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2246 1141 5.14 %Random
Rwork0.1847 ---
all0.1866 23347 --
obs0.1866 22206 98.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.955 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 123.64 Å2 / Biso mean: 35.0807 Å2 / Biso min: 13.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.1175 Å20 Å20 Å2
2--1.6095 Å20 Å2
3---2.508 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→17.548 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1645 0 14 182 1841
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081698
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0632309
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073262
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005297
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.373627
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.97-2.06210.25951310.21642446257793
2.0621-2.17060.28361530.19562626277999
2.1706-2.30630.22581360.19492605274199
2.3063-2.48390.26761350.209626562791100
2.4839-2.73310.21771680.201326122780100
2.7331-3.12660.21621300.183526702800100
3.1266-3.93190.21371430.169126932836100
3.9319-17.54840.21061450.17662757290299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.61470.68520.19411.5641-0.07040.80020.0973-0.13060.6986-0.0872-0.05610.0065-0.10570.0185-0.02530.2291-0.00080.04050.2003-0.09070.3313-0.303148.784938.2476
20.8456-0.25240.30061.05460.13840.1887-0.0262-0.1431-0.01040.1886-0.1208-0.04240.06760.07770.10440.20260.0083-0.01180.23430.01850.15696.498731.013535.2099
31.7697-0.7077-0.38460.6103-0.32830.7537-0.0623-0.27260.07670.1108-0.0311-0.0951-0.09730.2610.07470.18290.01280.00150.2221-0.00270.14733.949929.916329.2421
42.52450.4582-2.16021.4626-0.54191.85620.0468-0.51010.01040.1207-0.17490.1164-0.0350.4750.08270.1717-0.03020.03460.2565-0.00080.1588-9.855730.980641.2903
54.0083-0.2264-1.85310.0245-0.01952.185-0.3196-0.2061-1.3882-0.10180.1166-0.1480.48820.19430.35080.2919-0.00410.10850.2901-0.01820.4035-6.355122.590337.4633
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 4:101)A4 - 101
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 102:140)A102 - 140
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 141:179)A141 - 179
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 180:204)A180 - 204
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 205:215)A205 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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