PDB-3tqp: Structure of an enolase (eno) from Coxiella burnetii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tqp

タイトル

Structure of an enolase (eno) from Coxiella burnetii

要素

Enolase

キーワード

LYASE / Energy metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / glycolytic process / cell surface / magnesium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Rudolph, M. / Cheung, J. / Franklin, M.C. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
著者: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D.

履歴

登録	2011年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.2	2015年10月21日	Group: Database references
改定 1.3	2016年2月10日	Group: Database references
改定 1.4	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tqp.cif.gz	329.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tqp.ent.gz	272.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tqp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/3tqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/3tqp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tq8C 3tq9C 3tqaC 3tqbC 3tqcC 3tqdC 3tqeC 3tqfC 3tqgC 3tqhC 3tqiC 3tqjC 3tqlC 3tqmC 3tqnC 3tqoC 3tqqC 3tqrC 3tqsC 3tqtC 3tquC 3tqwC 3tqxC 3tqyC 3tqzC 3tr0C 3tr1C 3tr2C 3tr3C 3tr4C 3tr5C 3tr6C 3tr7C 3tr8C 3tr9C 3trbC 3trcC 3trdC 3treC 3trfC 3trgC 3trhC 3triC 3tthC 3ty2C 3uwcC 4f3qC 4f3rC 4nbqC 4ng4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1iyx-d 4dse-2 4ez9-1 5bof-d 4f4k-1 4dqr-2 3px4-2 3ht3-1 2fym-2 1u49-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Enolase

B: Enolase

ヘテロ分子

94.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.807, 95.523, 160.743
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Enolase / 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase / 2-phosphoglycerate dehydratase 分子量: 47046.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA493 / 遺伝子: eno, CBU_1674 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83B44, phosphopyruvate hydratase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.48 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 7 詳細: 40% PEG 400, 7% PEG 3000, 100 mM Tris pH 7.0, 30 mM NaOH, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月22日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.11→50 Å / Num. all: 59163 / Num. obs: 58927 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 1.752 / Net I/σ(I): 16.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.11-2.15	6.8	0.653	2652	1.592	1	92.2
2.15-2.19	7.4	0.493	2948	1.569	1	100
2.19-2.23	7.4	0.459	2910	1.61	1	100
2.23-2.27	7.4	0.392	2910	1.704	1	100
2.27-2.32	7.4	0.321	2911	1.666	1	100
2.32-2.38	7.4	0.278	2919	1.662	1	100
2.38-2.44	7.4	0.244	2915	1.734	1	100
2.44-2.5	7.4	0.214	2927	1.812	1	100
2.5-2.58	7.4	0.181	2938	1.889	1	100
2.58-2.66	7.4	0.146	2932	1.835	1	100
2.66-2.75	7.4	0.123	2948	1.581	1	100
2.75-2.86	7.3	0.106	2924	1.644	1	100
2.86-2.99	7.3	0.09	2957	1.627	1	100
2.99-3.15	7.2	0.078	2952	1.637	1	100
3.15-3.35	7.2	0.066	2958	1.837	1	100
3.35-3.61	8.9	0.09	2995	1.874	1	100
3.61-3.97	14	0.102	2975	2.095	1	100
3.97-4.54	13.5	0.077	2996	1.861	1	100
4.54-5.72	13.2	0.066	3048	1.904	1	100
5.72-50	11.9	0.054	3212	1.469	1	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→45.783 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8368 / SU ML: 0.26 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2193	2614	5.08 %	Random
R_work	0.1835	-	-	-
all	0.1853	54035	-	-
obs	0.1853	51421	99.87 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.042 Å² / k_sol: 0.332 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 314.41 Å² / B_iso mean: 53.8215 Å² / B_iso min: 16.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.2829 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.8 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.4829 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.783 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6304	0	12	198	6514

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	6414
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.877	8693
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	995
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1150
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.08	2371

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.2-2.2786	0.2789	251	0.2085	4828	5079
2.2786-2.3699	0.2623	238	0.1929	4828	5066
2.3699-2.4777	0.2591	270	0.1995	4809	5079
2.4777-2.6083	0.2745	234	0.1946	4848	5082
2.6083-2.7717	0.2375	261	0.1911	4833	5094
2.7717-2.9857	0.2613	257	0.2046	4871	5128
2.9857-3.2861	0.265	262	0.21	4879	5141
3.2861-3.7614	0.2232	250	0.1872	4881	5131
3.7614-4.7382	0.1724	305	0.1507	4892	5197
4.7382-45.7931	0.1988	286	0.1804	5138	5424

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.647	0.6948	0.401	1.2246	-0.318	1.0735	-0.0204	0.0089	0.2569	-0.1188	0.1555	0.4627	-0.0463	-0.159	-0.0925	0.1639	0.0228	-0.0145	0.2877	0.1029	0.3428	8.7525	42.7024	58.7726
2	1.1157	0.3185	0.626	1.6016	0.3169	1.4413	-0.0444	-0.0604	0.0027	-0.1234	0.1801	0.6337	0.0437	-0.4921	-0.1251	0.1566	-0.0331	-0.0153	0.3326	0.1508	0.3467	5.7839	35.4341	59.953
3	1.2012	-0.124	-0.8114	1.9743	-0.8064	1.3623	-0.269	0.463	-0.1057	0.0105	-0.2069	-0.2705	0.0245	0.0843	0.3125	0.1641	-0.057	-0.0368	0.4209	0.1324	0.2622	36.0762	36.8908	70.2189
4	2.8736	0.5784	1.1899	1.3452	0.0456	1.044	0.0195	0.6279	-0.2143	-0.1478	-0.0489	-0.3666	0.1012	0.5728	0.0709	0.2395	0.0795	0.0364	0.4869	0.0865	0.2889	37.3337	21.8243	67.3311
5	0.6254	-0.1509	0.0397	2.1242	-0.2056	0.9231	-0.0029	-0.0751	0.0436	0.105	0.0439	0.1607	-0.0049	-0.125	-0.0488	0.1544	-0.0058	0.0335	0.2871	0.0946	0.1828	20.5553	30.9732	72.5057
6	2.8245	0.376	0.4144	0.8286	-0.5671	2.061	0.0806	-0.2723	0.5467	0.3955	-0.1218	-0.073	-0.7701	-0.118	0.0237	0.5459	0.0528	-0.0137	0.2522	-0.045	0.4472	24.3829	64.2622	71.5711
7	2.5594	0.0173	-1.3289	1.4102	0.1205	0.5304	-0.7606	0.6312	-0.4643	0.3907	0.5446	0.0834	0.2557	-0.0504	0.1865	0.3749	0.0052	-0.062	0.2367	0.1723	0.4343	25.8264	56.4422	47.0981
8	2.1372	1.5311	-1.0903	5.8968	-0.0835	1.1538	-0.3601	0.211	-0.3358	-0.5473	0.363	-1.1253	0.2101	0.0334	0.0271	0.4212	0.0018	0.1004	0.3411	0.0328	0.4424	33.4435	48.0538	41.8023
9	7.5955	-2.3123	0.1359	1.9186	1.4358	1.917	0.2569	-1.6929	1.5637	-0.2171	-0.1641	-0.2609	0.2272	0.1905	-0.2888	0.452	0.1074	0.4006	0.7229	-0.0598	1.0872	52.6882	59.4327	44.0607
10	2.1748	1.0122	-0.1188	3.408	0.302	1.2848	-0.1867	0.1007	0.3045	-0.3519	0.2256	-0.4507	-0.4295	0.0148	-0.059	0.349	-0.0307	0.0306	0.2019	0.1351	0.4004	31.0018	64.3546	47.639

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:46)	A	2 - 46
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 47:138)	A	47 - 138
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 139:201)	A	139 - 201
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 202:306)	A	202 - 306
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 307:426)	A	307 - 426
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 2:138)	B	2 - 138
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 139:160)	B	139 - 160
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 164:251)	B	164 - 251
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 254:260)	B	254 - 260
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 261:425)	B	261 - 425

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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