+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4f4k | ||||||
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Title | DNA Polymerase I Large Fragment Complex 6 | ||||||
Components |
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Keywords | Transferase/DNA / DNA Polymerase I / protein-DNA complex / closed form / Transferase-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA repair / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Geobacillus kaustophilus (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Wang, W. / Beese, L.S. | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Structures of a High-fidelity DNA Polymerase Authors: Wang, W. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S. #1: Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2011 Title: Structural evidence for the rare tautomer hypothesis of spontaneous mutagenesis. Authors: Wang, W. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4f4k.cif.gz | 773 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4f4k.ent.gz | 640.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4f4k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/4f4k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/4f4k | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4ez6C 4ez9C 4f2rC 4f2sC 4f3oC 4f8rC 2hviS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AD
#1: Protein | Mass: 67490.289 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: unp residues 287-878 / Mutation: D598A, F710Y Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacillus kaustophilus (bacteria) / Gene: polA, GK2730 / Plasmid: pET30a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)pLysS / References: UniProt: Q5KWC1, DNA-directed DNA polymerase |
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-DNA chain , 2 types, 4 molecules BECF
#2: DNA chain | Mass: 2675.775 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: DNA Primer Strand / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: DNA chain | Mass: 3991.610 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: DNA Template Strand / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 5 types, 1442 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-DG3 / | #6: Chemical | ChemComp-MN / | #7: Chemical | ChemComp-MPD / ( | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM A STRAIN OF GEOBACILLUS SPECIES WHOSE SEQUENCE IS ...AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM A STRAIN OF GEOBACILLU |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.8 Details: 53% Saturated Ammonium Sulfate, 2.5% MPD, 10mM MnSO4, 100mM MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 19, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 187320 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 27.797 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 21.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: PDB ENTRY 2HVI Resolution: 1.6→30.062 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.14 / SU ML: 0.15 / σ(F): 2.35 / Phase error: 18.45 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 110.12 Å2 / Biso min: 5.72 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→30.062 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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