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- PDB-4dqr: Ternary complex of Bacillus DNA Polymerase I Large Fragment E658A... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dqr | ||||||
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Title | Ternary complex of Bacillus DNA Polymerase I Large Fragment E658A, DNA duplex, and rCTP (paired with dG of template) in presence of Mn2+ | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | TRANSFERASE/DNA / DNA Polymerase I / protein-DNA complex / rCTP-dG / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, W. / Beese, L.S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural factors that determine selectivity of a high fidelity DNA polymerase for deoxy-, dideoxy-, and ribonucleotides. Authors: Wang, W. / Wu, E.Y. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S. #1: ![]() Title: Structural evidence for the rare tautomer hypothesis of spontaneous mutagenesis. Authors: Wang, W. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 639.2 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 51.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 77.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4dqiC ![]() 4dqpC ![]() 4dqqSC ![]() 4dqsC ![]() 4ds4C ![]() 4ds5C ![]() 4dseC ![]() 4dsfC ![]() 4e0dC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AD
#1: Protein | Mass: 67416.250 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: unp residues 287-878 / Mutation: D598A, E658A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-DNA chain , 2 types, 4 molecules BECF
#2: DNA chain | Mass: 2635.751 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: DNA Primer Strand #3: DNA chain | Mass: 4056.646 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: DNA Template Strand |
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-Non-polymers , 5 types, 830 molecules ![](data/chem/img/CTP.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.8 Details: 47%-60% Saturated Ammonium Sulfate, 2.5% MPD, 10mM MnSO4, 100mM MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: May 23, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1159 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→100 Å / Num. obs: 106445 / % possible obs: 94.5 % / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 20.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: pdb entry 4DQQ Resolution: 1.95→36.789 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.05 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.59 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→36.789 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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