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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hvh | |||||||||
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タイトル | ddCTP:O6MeG pair in the polymerase active site (0 position) | |||||||||
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![]() | Transferase/DNA / DNA polymerase I / DNA replication / Klenow fragment / Protein-DNA complex / O6-methyl-guanine / Transferase-DNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Warren, J.J. / Forsberg, L.J. / Beese, L.S. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The structural basis for the mutagenicity of O6-methyl-guanine lesions. 著者: Warren, J.J. / Forsberg, L.J. / Beese, L.S. | |||||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE THE DNA POLYMERASE GENE WAS CLONED FROM AN ORGANISM THAT WAS CLASSIFIED AS A THERMOSTABLE ...SEQUENCE THE DNA POLYMERASE GENE WAS CLONED FROM AN ORGANISM THAT WAS CLASSIFIED AS A THERMOSTABLE STRAIN OF BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS BY RIBOSOMAL RNA SEQUENCING. HOWEVER, THIS PARTICULAR GENE HAS MUCH GREATER HOMOLOGY WITH THE ANALOGOUS GENE FROM GEOBACILLUS KAUSTOPHILUS, UNP ACCESSION, Q5KWC1_GEOKA. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 274.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 215.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 46.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 65.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2hhqC ![]() 2hhsC ![]() 2hhtC ![]() 2hhuC ![]() 2hhvC ![]() 2hhwSC ![]() 2hhxC ![]() 2hviC ![]() 2hw3C ![]() 2hhy S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains two complete biological assemblies, each of which consists of a DNA polymerase, two DNA strands, and an incoming ddCTP + Mn. |
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要素
-DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF
#1: DNA鎖 | 分子量: 2675.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA primer strand #2: DNA鎖 | 分子量: 4030.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA template strand |
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-タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 AD
#3: タンパク質 | 分子量: 66202.945 Da / 分子数: 2 Fragment: residues 299-876 (analogous to E. coli Klenow fragment) 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: polA / プラスミド: PUC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5KWC1, UniProt: Q45458*PLUS, DNA-directed DNA polymerase #4: 多糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 287分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/DCT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/DCT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.78 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 55% saturated ammonium sulfate, 100 mM MES, 2.5% MPD, 10mM MnSO4, 10mM MgSO4, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月7日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.492→47.298 Å / Num. all: 54569 / Num. obs: 54569 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.492→2.63 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. measured all: 36059 / Num. unique all: 7420 / Rsym value: 0.414 / % possible all: 93.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 2HHW 解像度: 2.492→47.298 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 10.804 / SU ML: 0.236 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.537 / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.483 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.492→47.298 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.492→2.557 Å / Total num. of bins used: 20
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