PDB-4dse: Ternary complex of Bacillus DNA Polymerase I Large Fragment F710Y...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dse

タイトル

Ternary complex of Bacillus DNA Polymerase I Large Fragment F710Y, DNA duplex, and rCTP (paired with dG of template) in presence of Mg2+

要素

DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(DOC))-3')
DNA polymerase

キーワード

Transferase/DNA / DNA Polymerase I / Transferase-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

5'-3' exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus kaustophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Wang, W. / Beese, L.S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural factors that determine selectivity of a high fidelity DNA polymerase for deoxy-, dideoxy-, and ribonucleotides.
著者: Wang, W. / Wu, E.Y. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S.

履歴

登録	2012年2月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月13日	Group: Database references
改定 1.2	2012年11月21日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dse.cif.gz	746.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dse.ent.gz	620.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dse.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4dse_validation.pdf.gz	835.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dse_full_validation.pdf.gz	847.6 KB	表示
XML形式データ	4dse_validation.xml.gz	55 KB	表示
CIF形式データ	4dse_validation.cif.gz	84.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/4dse ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/4dse	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4dqiC 4dqpC 4dqqC 4dqrC 4dqsC 4ds4C 4ds5C 4dsfC 4e0dC 2hviS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3px4-1 4f8r-2 4f3o-1 4ez6-1 1u49-d 4ds4-2 4dsf-1 6ur2-d 4ds5-2 6p5c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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類似性 (1)
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類似性 (1)
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アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA polymerase

D: DNA polymerase

B: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(DOC))-3')

C: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')

E: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(DOC))-3')

F: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')

ヘテロ分子

149 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA polymerase

B: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(DOC))-3')

C: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: DNA polymerase

E: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(DOC))-3')

F: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.850, 109.510, 150.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A, B, & C and chains D, E, & F).

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質	DNA polymerase 分子量: 67490.289 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 287-878 / 変異: D598A, F710Y / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア) 株: HTA426 / 遺伝子: polA, GK2730 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q5KWC1, DNA-directed DNA polymerase

#1: タンパク質

DNA polymerase

分子量: 67490.289 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 287-878 / 変異: D598A, F710Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
株: HTA426 / 遺伝子: polA, GK2730 / プラスミド: pET30a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q5KWC1, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#2: DNA鎖	DNA (5'-D(CPCPTPGPAPCPTPCP(DOC))-3') 分子量: 2635.751 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成 / 詳細: DNA Primer Strand
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(CPAPTPGPGPGPAPGPTPCPAPGPG)-3') 分子量: 4056.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成 / 詳細: DNA Template Strand

-
非ポリマー , 3種, 1271分子

#4: 化合物	ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP 分子量: 483.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₄P₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM A STRAIN OF GEOBACILLUS SPECIES WHOSE SEQUENCE IS ...AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM A STRAIN OF GEOBACILLUS SPECIES WHOSE SEQUENCE IS NOT AVAILABLE IN THE UNIPROT DATABASE. IT DIFFERS FROM UNP Q5KWC1 BY THIS SINGLE RESIDUE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.84 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 50% Saturated Ammonium Sulfate, 2.5% MPD, 10mM MgSO4, 100mM MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.1159 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1159 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.67→100 Å / Num. obs: 163886 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.1 % / B_iso Wilson estimate: 30.806 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 21.51

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.67-1.77	0.493	3.68	1	99.8
1.77-1.89	0.285	6.13	1	99.7
1.89-2.04	0.248	12.11	1	59.4
2.04-2.23	0.158	18.11	1	98.3
2.23-2.5	0.095	26.32	1	77.6
2.5-2.88	0.068	33.21	1	100
2.88-3.53	0.047	40.71	1	100
3.53-4.98	0.039	46.83	1	98.9
4.98-100	0.033	51.22	1	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_1026	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: pdb entry 2HVI

2hvi

解像度: 1.67→79.65 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU ML: 0.16 / σ(F): 2.35 / 位相誤差: 19.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1998	7003	4.48 %
R_work	0.1749	-	-
obs	0.1761	156214	86.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2328 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.0837 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.3165 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→79.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9021	790	49	1266	11126

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	10201
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.374	13973
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.723	3938
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	1563
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1676

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.67-1.689	0.2797	254	0.2425	4833	X-RAY DIFFRACTION	86
1.689-1.7089	0.2537	262	0.2262	4977	X-RAY DIFFRACTION	88
1.7089-1.7297	0.2552	263	0.2181	4980	X-RAY DIFFRACTION	89
1.7297-1.7516	0.2564	266	0.2114	5063	X-RAY DIFFRACTION	90
1.7516-1.7746	0.2653	269	0.2123	5103	X-RAY DIFFRACTION	90
1.7746-1.799	0.2506	271	0.2055	5162	X-RAY DIFFRACTION	92
1.799-1.8247	0.2351	273	0.2011	5184	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8247-1.8519	0.2432	273	0.1972	5186	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8519-1.8808	0.2254	271	0.194	5155	X-RAY DIFFRACTION	91
1.8808-1.9117	0.2471	85	0.1962	1598	X-RAY DIFFRACTION	71
1.9446-1.98	0.2173	254	0.1864	4832	X-RAY DIFFRACTION	86
1.98-2.0181	0.2073	193	0.1812	5551	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0181-2.0593	0.1907	191	0.1719	5612	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0593-2.1041	0.1862	216	0.1663	5604	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1041-2.153	0.1926	233	0.1659	5630	X-RAY DIFFRACTION	98
2.153-2.2069	0.188	226	0.1626	5566	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2069-2.2665	0.1795	90	0.1779	1684	X-RAY DIFFRACTION	72
2.2665-2.3332	0.1992	162	0.1708	4314	X-RAY DIFFRACTION	89
2.3332-2.4085	0.2161	229	0.1635	5680	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4085-2.4946	0.2031	226	0.1643	5670	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4946-2.5945	0.1929	235	0.1658	5684	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5945-2.7126	0.1839	250	0.1723	5712	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7126-2.8556	0.2177	249	0.1809	5710	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8556-3.0346	0.2107	270	0.1844	5713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0346-3.2689	0.1949	294	0.1785	5740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2689-3.5978	0.1882	291	0.1616	5761	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5978-4.1184	0.1693	291	0.1563	5631	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1184-5.1886	0.1799	305	0.1487	5841	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1886-79.7406	0.2075	311	0.2027	6028	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3741	0.3783	-0.2992	1.7064	0.4787	1.9784	-0.1163	0.2858	-0.4826	-0.3734	-0.002	-0.416	0.5214	0.0726	0.146	0.6436	0.1139	0.1713	0.3454	-0.0218	0.4537	119.0415	-64.3653	24.5527
2	1.001	0.4434	-0.2835	1.7584	0.3768	1.355	-0.1706	0.2474	-0.1126	-0.2853	0.1384	-0.0579	0.3316	0.2044	0.0487	0.426	0.0826	0.1047	0.371	0.0464	0.2662	119.4875	-50.462	23.9821
3	0.8592	-1.022	0.1654	3.471	-0.6879	1.1424	-0.0526	-0.1858	0.0487	0.3865	0.0989	0.348	-0.1762	-0.0319	-0.037	0.3967	-0.0381	0.0581	0.2494	-0.0267	0.2838	104.8559	-25.6177	52.2124
4	0.9048	0.0905	-0.6661	1.3905	0.1567	2.8616	0.0818	-0.3238	0.1134	0.0897	-0.073	-0.4482	-0.3717	0.9595	0.0134	0.278	-0.1114	0.0143	0.6141	-0.0072	0.3284	129.9863	-29.6952	37.3962
5	1.5621	-0.3258	0.3468	1.5311	0.5055	1.3067	0.0557	0.0346	-0.1415	-0.0625	0.0106	-0.0948	0.1301	0.0947	-0.0381	0.0981	0.0291	-0.0104	0.0875	-0.0217	0.0973	138.0781	-47.9373	-9.4029
6	0.5724	0.374	-0.078	1.3543	-0.6915	1.2361	-0.0772	0.1849	0.1354	-0.3337	0.1907	0.1285	-0.1035	-0.0912	-0.1027	0.2277	0.0132	0.0077	0.1431	-0.0116	0.15	122.728	-20.5077	-30.6364
7	1.2673	-0.0356	-0.0455	1.1805	0.6667	1.1735	0.0453	0.1282	0.2307	-0.143	-0.0661	0.0849	-0.1904	-0.0698	0.021	0.0869	0.011	0.0085	0.0943	0.024	0.1273	118.3419	-18.3904	-8.7002
8	3.8708	0.3326	0.2974	1.9046	0.4349	3.8288	-0.4272	0.0864	0.1186	-0.6384	0.1312	0.3685	-0.3093	0.1763	0.218	0.4468	-0.0517	-0.065	0.2032	-0.0356	0.3321	108.7192	-28.2795	40.2683
9	3.8766	0.3057	-0.4881	3.269	0.2062	2.3687	-0.0819	-0.0995	0.1835	-0.179	-0.0447	0.599	-0.0741	0.0528	0.2243	0.2844	-0.0105	0.0038	0.214	0.0262	0.2691	108.7296	-31.1949	39.2013
10	2.4981	1.2062	-1.3723	0.936	-0.6562	3.7413	-0.0738	0.1795	0.2139	-0.0146	0.1511	-0.3663	0.0375	0.0687	-0.1017	0.2068	0.0337	0.0388	0.1559	0.0196	0.283	129.8698	-18.6334	-27.1326
11	1.2134	-0.5211	-0.7105	0.7034	-0.5184	1.7015	0.1386	0.1314	0.2774	-0.3717	0.0863	-0.3314	-0.364	0.1197	-0.2134	0.2156	-0.0366	0.0872	0.1809	0.0042	0.2157	131.3453	-17.3897	-23.9008

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 297:372)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 373:496)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 497:604)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 605:876)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resseq 298:467)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resseq 468:604)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resseq 605:876)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 21:29)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resseq 2:12)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resseq 21:29)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'F' and (resseq 1:12)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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