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Yorodumi- PDB-4dse: Ternary complex of Bacillus DNA Polymerase I Large Fragment F710Y... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dse | ||||||
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Title | Ternary complex of Bacillus DNA Polymerase I Large Fragment F710Y, DNA duplex, and rCTP (paired with dG of template) in presence of Mg2+ | ||||||
Components |
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Keywords | Transferase/DNA / DNA Polymerase I / Transferase-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA repair / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Geobacillus kaustophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.67 Å | ||||||
Authors | Wang, W. / Beese, L.S. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2012 Title: Structural factors that determine selectivity of a high fidelity DNA polymerase for deoxy-, dideoxy-, and ribonucleotides. Authors: Wang, W. / Wu, E.Y. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S. #1: Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2011 Title: Structural evidence for the rare tautomer hypothesis of spontaneous mutagenesis. Authors: Wang, W. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4dse.cif.gz | 746.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4dse.ent.gz | 620.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4dse.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/4dse ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/4dse | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4dqiC 4dqpC 4dqqC 4dqrC 4dqsC 4ds4C 4ds5C 4dsfC 4e0dC 2hviS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A, B, & C and chains D, E, & F). |
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AD
#1: Protein | Mass: 67490.289 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: unp residues 287-878 / Mutation: D598A, F710Y Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacillus kaustophilus (bacteria) / Strain: HTA426 / Gene: polA, GK2730 / Plasmid: pET30a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)pLysS / References: UniProt: Q5KWC1, DNA-directed DNA polymerase |
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-DNA chain , 2 types, 4 molecules BECF
#2: DNA chain | Mass: 2635.751 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: DNA Primer Strand #3: DNA chain | Mass: 4056.646 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: DNA Template Strand |
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-Non-polymers , 3 types, 1271 molecules
#4: Chemical | ChemComp-CTP / | ||
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#5: Chemical | ChemComp-SO4 / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Sequence details | AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM A STRAIN OF GEOBACILLUS SPECIES WHOSE SEQUENCE IS ...AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM A STRAIN OF GEOBACILLU |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.8 Details: 50% Saturated Ammonium Sulfate, 2.5% MPD, 10mM MgSO4, 100mM MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 12.3.1 / Wavelength: 1.1159 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jan 11, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1159 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.67→100 Å / Num. obs: 163886 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 30.806 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 21.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: pdb entry 2HVI Resolution: 1.67→79.65 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU ML: 0.16 / σ(F): 2.35 / Phase error: 19.88 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.67→79.65 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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