+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4f3o | ||||||
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Title | DNA Polymerase I Large Fragment Complex 5 | ||||||
Components |
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Keywords | Transferase/DNA / DNA Polymerase I / protein-DNA complex / closed form / Transferase-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Geobacillus kaustophilus (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.57 Å | ||||||
Authors | Wang, W. / Beese, L.S. | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Structures of a High-fidelity DNA Polymerase Authors: Wang, W. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S. #1: Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2011 Title: Structural evidence for the rare tautomer hypothesis of spontaneous mutagenesis. Authors: Wang, W. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4f3o.cif.gz | 763.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4f3o.ent.gz | 631.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4f3o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4f3o_validation.pdf.gz | 923.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4f3o_full_validation.pdf.gz | 939.2 KB | Display | |
Data in XML | 4f3o_validation.xml.gz | 57.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4f3o_validation.cif.gz | 89.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/4f3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/4f3o | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4ez6C 4ez9C 4f2rC 4f2sC 4f4kC 4f8rC 2hviS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AD
#1: Protein | Mass: 67490.289 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: unp residues 287-878 / Mutation: D598A, F710Y Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacillus kaustophilus (bacteria) / Gene: GK2730, polA / Plasmid: pET30a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)pLysS / References: UniProt: Q5KWC1, DNA-directed DNA polymerase |
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-DNA chain , 2 types, 4 molecules BECF
#2: DNA chain | Mass: 2650.762 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: DNA Primer Strand / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: DNA chain | Mass: 4040.647 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: DNA Template Strand / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 5 types, 1373 molecules
#4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | ChemComp-MPD / ( | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-D3T / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM A STRAIN OF GEOBACILLUS SPECIES WHOSE SEQUENCE IS ...AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM A STRAIN OF GEOBACILLU |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.8 Details: 49%-51% Saturated Ammonium Sulfate, 2.5% MPD, 10mM MnSO4, 100mM MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 12.3.1 / Wavelength: 1.1158 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Mar 3, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1158 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.57→100 Å / Num. obs: 199455 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 27.766 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 26.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: PDB ENTRY 2HVI WITH INSERTION SITE BASE PAIR, METAL IONS, AND PROTEIN RESIDUES 681-721 DELETED Resolution: 1.57→79.565 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.03 / SU ML: 0.15 / σ(F): 2.35 / Phase error: 19.57 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 104.94 Å2 / Biso min: 6.63 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.57→79.565 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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