PDB-4dqs: Binary complex of Bacillus DNA Polymerase I Large Fragment and du...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dqs

タイトル

Binary complex of Bacillus DNA Polymerase I Large Fragment and duplex DNA with rC in primer terminus paired with dG of template

要素

DNA (5'-D(*GP*A*CP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
DNA polymerase
DNA/RNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*A)-R(P*C)-3')

キーワード

TRANSFERASE/DNA / DNA Polymerase I / protein-DNA complex / rC-dG / TRANSFERASE-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

5'-3' exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus kaustophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Wang, W. / Beese, L.S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural factors that determine selectivity of a high fidelity DNA polymerase for deoxy-, dideoxy-, and ribonucleotides.
著者: Wang, W. / Wu, E.Y. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S.

履歴

登録	2012年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月13日	Group: Database references
改定 1.2	2012年11月21日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dqs.cif.gz	403.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dqs.ent.gz	327.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dqs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/4dqs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/4dqs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dqiC 4dqpC 4dqqC 4dqrC 4ds4C 4ds5C 4dseC 4dsfC 4e0dC 1l5uS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ds4-2 7k5s-d 1l5u-d 4uqg-d 7k5p-d 3tap-d 4b9s-d 2hhs-d 4cch-d 1ua1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
類似性 (1)
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アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
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lac転写抑制因子 (lac Repressor)
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類似性 (1)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA polymerase

B: DNA/RNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*A)-R(P*C)-3')

C: DNA (5'-D(*GP*A*CP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*A)-3')

ヘテロ分子

76.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.410, 93.410, 105.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

biological unit is the same as asym.

-
タンパク質 / DNA/RNAハイブリッド / DNA鎖 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	DNA polymerase 分子量: 67518.297 Da / 分子数: 1 / 断片: un residues 287-878 / 変異: H539R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア) 株: HTA426 / 遺伝子: polA, GK2730 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q5KWC1, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA/RNAハイブリッド	DNA/RNA (5'-D(GPCPGPAPTPCPAPCPGPTPA)-R(PC)-3') 分子量: 3663.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Primer Strand
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(GPACPGPTPAPCPGPTPGPAPTPCPGPCPA)-3') 分子量: 4923.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Template Strand

-
非ポリマー , 3種, 860分子

#4: 化合物	ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP 分子量: 483.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₄P₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 857 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM A STRAIN OF GEOBACILLUS SPECIES WHOSE SEQUENCE IS ...AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM A STRAIN OF GEOBACILLUS SPECIES WHOSE SEQUENCE IS NOT AVAILABLE IN THE UNIPROT DATABASE. IT DIFFERS FROM UNP Q5KWC1 BY THIS SINGLE RESIDUE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.14 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 44%-49% Saturated Ammonium Sulfate, 2.5% MPD, 10mM MnSO4, 100mM MES (pH 5.8), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.1158 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1158 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.66→100 Å / Num. obs: 103591 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 28.649 Å² / R_merge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 22.18

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.66-1.76	0.489	3.34	1	99.9
1.76-1.88	0.28	5.74	1	100
1.88-2.03	0.15	10.23	1	99.8
2.03-2.22	0.079	17.71	1	99.9
2.22-2.48	0.053	25.62	1	99.4
2.48-2.87	0.037	33.31	1	99.9
2.87-3.51	0.026	45.15	1	99.9
3.51-4.95	0.02	57.19	1	99.8
4.95-100	0.017	63.57	1	97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_1026	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: pdb entry 1L5U

1l5u

解像度: 1.66→45.382 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1808	5031	4.86 %
R_work	0.1604	-	-
obs	0.1614	103589	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.2036 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.1548 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.0488 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→45.382 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4600	468	39	857	5964

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5336
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.291	7338
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.33	2074
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	826
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	871

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.66-1.6789	0.2572	171	0.2466	3252	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6789-1.6986	0.2412	172	0.2301	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6986-1.7193	0.227	169	0.2139	3220	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7193-1.7411	0.2304	171	0.2071	3243	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7411-1.764	0.2038	172	0.1953	3272	X-RAY DIFFRACTION	100
1.764-1.7882	0.2193	171	0.1935	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7882-1.8137	0.2301	172	0.1885	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8137-1.8408	0.2291	170	0.1821	3241	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8408-1.8696	0.2094	172	0.185	3261	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8696-1.9002	0.248	170	0.1886	3222	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9002-1.933	0.2879	172	0.223	3281	X-RAY DIFFRACTION	99
1.933-1.9681	0.1943	132	0.1731	3279	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9681-2.006	0.179	128	0.1736	3302	X-RAY DIFFRACTION	100
2.006-2.0469	0.1756	136	0.1564	3312	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0469-2.0915	0.1781	149	0.1548	3267	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0915-2.1401	0.1686	170	0.1497	3290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1401-2.1936	0.1807	170	0.1493	3276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1936-2.2529	0.1867	163	0.1653	3244	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2529-2.3192	0.1705	190	0.1487	3213	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3192-2.3941	0.1436	174	0.1456	3285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3941-2.4796	0.1746	184	0.1434	3270	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4796-2.5789	0.1839	173	0.1457	3303	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5789-2.6963	0.1847	162	0.1565	3301	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6963-2.8384	0.1678	188	0.1555	3276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8384-3.0162	0.1852	163	0.1579	3329	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0162-3.249	0.1883	151	0.1625	3320	X-RAY DIFFRACTION	100
3.249-3.5759	0.1772	189	0.143	3329	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5759-4.093	0.1493	168	0.1374	3344	X-RAY DIFFRACTION	100
4.093-5.1556	0.1393	164	0.1331	3414	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1556-45.3987	0.194	195	0.1901	3438	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6916	0.6817	-0.4587	1.5344	0.01	1.024	-0.0906	0.2526	-0.1469	-0.2148	0.0482	-0.0784	0.1077	-0.0399	0.0257	0.1298	-0.0054	0.0161	0.1456	-0.0163	0.1144	9.5438	25.902	5.872
2	0.3472	-0.2585	-0.4996	1.0864	-0.3219	1.3405	0.0151	-0.2389	0.1954	0.1166	-0.1375	-0.1999	-0.1001	0.4285	0.0618	0.0878	-0.0262	-0.0043	0.2327	0.0442	0.1111	23.9971	43.4717	25.1647
3	0.5001	-0.5698	1.3303	1.0756	-0.0367	2.0928	0.0681	0.0771	0.0312	0.4675	0.1016	-0.1042	0.7291	0.63	-0.0405	0.5029	0.137	-0.0526	0.4227	0.0311	0.2604	36.1207	37.7457	39.4699
4	0.5975	-0.0339	-0.0493	0.7195	0.0734	0.6515	0.0269	-0.0669	0.014	0.1079	-0.0267	-0.0771	0.0378	0.0169	0.005	0.1116	-0.0138	-0.0054	0.1165	0.0041	0.1354	7.9236	44.5852	35.9732
5	5.6544	-1.1539	2.1992	6.9064	2.026	5.704	0.0185	0.9779	-0.0946	-0.6227	-0.0299	-0.2613	0.2953	-0.182	0.1876	1.5614	0.3906	0.0767	0.9026	-0.359	1.0534	31.0657	20.3172	25.8
6	6.6924	-2.7718	1.0902	5.3789	-0.5692	3.5724	-0.0634	0.0228	-0.3929	0.551	0.0055	-0.1543	0.7003	0.3948	0.1204	0.3953	0.0328	-0.0231	0.2848	0.0249	0.2286	24.3843	35.7362	36.9031
7	1.5938	-0.3422	0.8595	2.2495	0.8692	0.9801	-0.1619	-0.2686	0.0083	0.449	0.0673	-0.3136	0.5474	0.4123	0.1289	0.2971	0.0443	-0.0348	0.3022	0.0594	0.2542	21.5789	33.5134	33.4713
8	5.0173	-2.0482	-1.8409	3.2667	1.868	2.0706	-0.2146	-0.0193	-1.4181	0.452	0.0041	0.2891	1.0894	0.205	-0.0572	1.6083	0.8321	-0.2919	0.4955	-0.2491	0.7147	36.5798	21.1057	33.2135

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 298:467)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 468:522)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 523:604)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 605:876)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 18:22)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 23:29)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resseq 3:10)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resseq 11:16)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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