[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4dqs: Binary complex of Bacillus DNA Polymerase I Large Fragment and du... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dqs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Binary complex of Bacillus DNA Polymerase I Large Fragment and duplex DNA with rC in primer terminus paired with dG of template | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | TRANSFERASE/DNA / DNA Polymerase I / protein-DNA complex / rC-dG / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Geobacillus kaustophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.66 Å | ||||||
Authors | Wang, W. / Beese, L.S. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2012 Title: Structural factors that determine selectivity of a high fidelity DNA polymerase for deoxy-, dideoxy-, and ribonucleotides. Authors: Wang, W. / Wu, E.Y. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S. #1: Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2011 Title: Structural evidence for the rare tautomer hypothesis of spontaneous mutagenesis Authors: Wang, W. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4dqs.cif.gz | 403.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4dqs.ent.gz | 327.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4dqs.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4dqs_validation.pdf.gz | 889.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4dqs_full_validation.pdf.gz | 894.6 KB | Display | |
Data in XML | 4dqs_validation.xml.gz | 31.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4dqs_validation.cif.gz | 51.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/4dqs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/4dqs | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4dqiC 4dqpC 4dqqC 4dqrC 4ds4C 4ds5C 4dseC 4dsfC 4e0dC 1l5uS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Details | biological unit is the same as asym. |
-Components
-Protein / DNA/RNA hybrid / DNA chain , 3 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 67518.297 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: un residues 287-878 / Mutation: H539R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacillus kaustophilus (bacteria) / Strain: HTA426 / Gene: polA, GK2730 / Plasmid: pET30a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)pLysS / References: UniProt: Q5KWC1, DNA-directed DNA polymerase |
---|---|
#2: DNA/RNA hybrid | Mass: 3663.393 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: DNA Primer Strand |
#3: DNA chain | Mass: 4923.204 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: DNA Template Strand |
-Non-polymers , 3 types, 860 molecules
#4: Chemical | ChemComp-CTP / | ||
---|---|---|---|
#5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Sequence details | AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM A STRAIN OF GEOBACILLUS SPECIES WHOSE SEQUENCE IS ...AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM A STRAIN OF GEOBACILLU |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.14 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.8 Details: 44%-49% Saturated Ammonium Sulfate, 2.5% MPD, 10mM MnSO4, 100mM MES (pH 5.8), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 12.3.1 / Wavelength: 1.1158 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Mar 21, 2009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1158 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.66→100 Å / Num. obs: 103591 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 28.649 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 22.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: pdb entry 1L5U Resolution: 1.66→45.382 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.99 / Phase error: 17.89 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.66→45.382 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|