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- PDB-3uwc: Structure of an aminotransferase (DegT-DnrJ-EryC1-StrS family) fr... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3uwc | ||||||
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Title | Structure of an aminotransferase (DegT-DnrJ-EryC1-StrS family) from Coxiella burnetii in complex with PMP | ||||||
![]() | Nucleotide-sugar aminotransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / lipopolysaccharide biosynthesis | ||||||
Function / homology | ![]() polysaccharide biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cheung, J. / Franklin, M. / Rudolph, M. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii. Authors: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 138.3 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 465.2 KB | Display | |
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Data in CIF | ![]() | 30.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3tq8C ![]() 3tq9C ![]() 3tqaC ![]() 3tqbC ![]() 3tqcC ![]() 3tqdC ![]() 3tqeC ![]() 3tqfC ![]() 3tqgC ![]() 3tqhC ![]() 3tqiC ![]() 3tqjC ![]() 3tqlC ![]() 3tqmC ![]() 3tqnC ![]() 3tqoC ![]() 3tqpC ![]() 3tqqC ![]() 3tqrC ![]() 3tqsC ![]() 3tqtC ![]() 3tquC ![]() 3tqwC ![]() 3tqxC ![]() 3tqyC ![]() 3tqzC ![]() 3tr0C ![]() 3tr1C ![]() 3tr2C ![]() 3tr3C ![]() 3tr4C ![]() 3tr5C ![]() 3tr6C ![]() 3tr7C ![]() 3tr8C ![]() 3tr9C ![]() 3trbC ![]() 3trcC ![]() 3trdC ![]() 3treC ![]() 3trfC ![]() 3trgC ![]() 3trhC ![]() 3triC ![]() 3tthC ![]() 3ty2C ![]() 4f3qC ![]() 4f3rC ![]() 4nbqC ![]() 4ng4C ![]() 3frkS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
| |||||||||
Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 42811.492 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: B5U8Q1, Transferases; Transferring nitrogenous groups; Transaminases |
---|
-Non-polymers , 5 types, 403 molecules ![](data/chem/img/DIO.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PMP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PMP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-DIO / | ||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Chemical | ChemComp-PMP / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.74 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 1.6 M ammonium sulfate, 10% dioxane, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944 / Detector: CCD / Date: Nov 7, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: VARIMAX HF / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→30 Å / Num. all: 41059 / Num. obs: 40977 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.051 / Net I/σ(I): 10.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3FRK Resolution: 1.8→27.997 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.27 / FOM work R set: 0.8854 / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 17.4 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.989 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 73.28 Å2 / Biso mean: 24.8721 Å2 / Biso min: 8.39 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→27.997 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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